La secuenciación por hibridación es una clase de métodos para determinar el orden en que aparecen los nucleótidos en una hebra de ADN . Normalmente se utiliza para buscar pequeños cambios en relación con una secuencia de ADN conocida . [1] La unión de una hebra de ADN a su hebra complementaria en la doble hélice del ADN (conocida como hibridación ) es sensible incluso a los desajustes de una sola base cuando la región híbrida es corta o si hay proteínas especializadas de detección de desajustes. Esto se explota de diversas formas, principalmente a través de chips de ADN o microarrays con miles o miles de millones de oligonucleótidos sintéticos.encontrado en un genoma de interés más muchas variaciones conocidas o incluso todas las posibles variaciones de una sola base. [2] [3]
El tipo de secuenciación por hibridación descrito anteriormente ha sido desplazado en gran medida por otros métodos, incluida la secuenciación por síntesis y la secuenciación por ligación (así como métodos basados en poros). Sin embargo, la hibridación de oligonucleótidos todavía se usa en algunos esquemas de secuenciación, incluida la secuenciación basada en poros asistida por hibridación y la hibridación reversible. [4]
Ejemplos de sistemas comerciales
- Affymetrix (verdadera secuenciación por hibridación)
- NABsys (secuenciación basada en poros asistida por hibridación)
- Complete Genomics Inc. (hibridación reversible de sondas que llaman a una sola base con cada hibridación)
Ver también
Referencias
- ^ Drmanac, Radoje; Drmanac, Snezana; Chui, Gloria; Díaz, Robert; Hou, Aaron; Jin, Hui; Jin, Paul; Kwon, Sunhee; Lacy, Scott; Moeur, Bill; Shafto, Jay; Swanson, Don; Ukrainczyk, Tatjana; Xu, Chongjun; Little, Deane (2002). "Secuenciación por hibridación (SBH): ventajas, logros y oportunidades". 77 : 75-101. doi : 10.1007 / 3-540-45713-5_5 . ISSN 0724-6145 . Cite journal requiere
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( ayuda ) PDF - ^ Preparata, FP; Upfal, E (2000). "Secuenciación por hibridación en el límite de la teoría de la información: un algoritmo óptimo". J. Comput. Biol . 7 (3): 621-30. CiteSeerX 10.1.1.61.3325 . doi : 10.1089 / 106652700750050970 . PMID 11108482 .
- ^ Hanna, GJ; et al. (Julio de 2000). "Comparación de secuenciación por hibridación y secuenciación cíclica para genotipado de transcriptasa inversa del virus de inmunodeficiencia humana tipo 1" . J Clin Microbiol . 38 (7): 2715–2721. PMC 87006 . PMID 10878069 .
- ^ Church, George M. (enero de 2006). "Genomas para todos". Scientific American . 294 (1): 46–54. doi : 10.1038 / scientificamerican0106-46 . PMID 16468433 .