Sequerome es una herramienta de creación de perfiles de secuencia basada en la web para integrar los resultados de un informe de alineación de secuencia BLAST con herramientas de investigación externas y servidores que realizan manipulaciones de secuencia avanzadas y que permite al usuario registrar los pasos de dicho análisis. Sequerome es una herramienta Java basada en la web que actúa como una interfaz para las consultas BLAST y proporciona acceso simplificado a los recursos distribuidos en la web para el análisis de proteínas y ácidos nucleicos .
Desarrollador (es) | Bennett NF, Universidad Ganesan N Georgetown |
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Lanzamiento estable | N / A |
Sistema operativo | Linux , Mac , MS-Windows |
Tipo | Bioinformática : herramienta de creación de perfiles de secuencia |
Licencia | Freeware |
Sitio web | www |
Desde su creación en 2005, la herramienta ha aparecido en Science [1] y está oficialmente vinculada a muchos portales de bioinformática de todo el mundo.
Descripción
Sequerome tiene las siguientes características: generación de perfiles Informes de alineación de secuencias de BLAST al vincular la página de resultados a un panel de servicios de terceros, navegación con pestañas que permite al usuario volver a operaciones anteriores, visitar servicios de terceros para realizar manipulaciones de secuencia personalizadas, una casilla en cualquier lugar. formato de entrada de secuencia y opciones alternativas para la entrada de secuencia, incluida la visita a sitios de terceros, almacenamiento en caché de secuencias de entrada y recuperación, un entorno de exploración de tres paneles que permite la entrada y el análisis simultáneos de múltiples secuencias, y opciones de archivo en la parte superior de cada icono, para obtener los resultados de cada uno cristal
Se puede acceder directamente a la aplicación de software. La página de inicio muestra tres paneles: panel de consulta, panel de resultados y panel de historial de búsqueda. El usuario puede cambiar el tamaño de estos paneles para realizar acciones paralelas en cualquiera de estos paneles. En un solo navegador es posible ejecutar búsquedas BLAST paralelas en diferentes secuencias, analizándolas o viendo los resúmenes de restricción para cada documento de un resultado BLAST.
Panel de consultas
Cada sesión del navegador se puede iniciar sin hacer demasiadas preguntas al principio. El usuario solo tiene que volcar la secuencia en el panel de Consulta y BLAST la secuencia de inmediato bajo los parámetros estándar. Los usuarios experimentados tienen la opción de realizar más operaciones especiales en las opciones avanzadas. Algunas de las características incluyen la selección de bases de datos específicas para BLAST, la función de carga para trabajar con archivos FASTA almacenados en computadoras individuales, la recuperación de secuencias usando las ID de NCBI y visitar cualquier URL definida por el usuario para arrastrar y soltar las secuencias. Alternativamente, el usuario también puede realizar una variedad de otras acciones, incluida la manipulación, el análisis y la alineación de secuencias utilizando las herramientas existentes disponibles en la web. El One-box any-sequence toma la entrada en cualquier formato (FASTA, con o sin espacios / números ...). También existen alertas para advertir sobre la selección incorrecta de opciones (ADN / ARN / Proteína). Los resultados obtenidos de la "manipulación de la secuencia", por ejemplo, la traducción, se pueden continuar para realizar un análisis BLAST adicional mientras se conserva el historial de la búsqueda anterior.
Panel de resultados
Sequerome consulta directamente la secuencia de entrada en una variedad de bases de datos / herramientas ('dominios públicos populares' y 'servicios alojados de forma privada'), incluidos BLAST, Protein Data Bank (PDB), REBASE y otros, y genera resultados que son intuitivos y fácilmente comprensibles. El acceso a varias herramientas de análisis (incluida la visualización de un visor de estructuras 3D desde un PDBid ) se proporciona como botones de comando separados para analizar cada registro de un informe BLAST antes de hacer una selección final. En el caso de los resultados de una proteína BLAST, las PDBids se muestran de manera destacada en los casos apropiados junto al registro BLAST, de modo que la estructura de la molécula con una coincidencia se pueda ver directamente (con una versión ya descargada del visor de estructuras moleculares, por ejemplo, Cn3D , PyMOL , Rasmol, etc.) Una vez que el informe BLAST se muestra en el panel de Resultados, el usuario puede realizar directamente un análisis en cualquiera de los resultados BLAST usando una serie de botones de comando que están vinculados a los respectivos servidores / sitios. La mayoría de los resultados de los servidores de terceros se pueden ver directamente en el panel Resultados sin abrir tantos navegadores, por ejemplo , predicción ORF , Protparam .
Panel de historial de búsqueda
Una de las características clave de un perfil de datos de secuencia de entrada es almacenar, recuperar y combinar y reutilizar de manera efectiva las entradas más antiguas. Estos se pueden mejorar aún más si hay opciones de recuperación para cada una de las operaciones realizadas. El panel inferior derecho del navegador hace esto al mismo tiempo que almacena todas las secuencias de entrada ingresadas anteriormente. Por tanto, el navegador proporciona un entorno para realizar la navegación por pestañas . Para cada uno de los íconos que enlazan con los resultados almacenados, el usuario tiene la opción de archivarlos, incluidas las opciones de impresión, guardado y correo. Estos se pueden ver como pequeñas imágenes de colores en la parte superior de cada icono.
Implementación
Sequerome tiene una arquitectura de tres niveles que utiliza tecnologías Java servlet y Server Page con conectividad de base de datos Java (JDBC), lo que lo hace independiente del servidor y de la plataforma. Sequerome es compatible con prácticamente todos los navegadores gráficos habilitados para Java, pero se accede mejor a través de Internet Explorer y se puede ejecutar en la mayoría de los sistemas operativos equipados con una máquina virtual Java (JVM) y un servidor Tomcat de Jakarta . Los usuarios finales deben descargar complementos para ver la estructura de las moléculas del Protein Data Bank (por ejemplo, PyMOL, Cn3D, Rasmol, SwissPDB, etc.).
Direcciones adicionales
La era " posgenómica " ha dado lugar a una variedad de herramientas y software basados en la web para compilar, organizar y entregar grandes cantidades de información de secuencias primarias , así como estructuras de proteínas , anotaciones de genes, alineaciones de secuencias y otras bioinformáticas comunes. Tareas. Una simple búsqueda en la web devuelve cualquier número de dichos servicios y herramientas de software.
Referencias
- ^ "A Bigger BLAST", NetWatch, Science VOL 309, 23 de septiembre de 2005, p-1971 doi : 10.1126 / science.309.5743.1971b , "Seq and Find"
Otras lecturas
- "A Bigger BLAST ", NetWatch, Science VOL 309, 23 de septiembre de 2005, p-1971 doi : 10.1126 / science.309.5743.1971b .
- "Seq and Find", función WebWatch, Biotechniques , Volumen 39, Número 5: págs. 629.
- "Una interfaz basada en web que facilita el análisis de secuencia a estructura de los informes de alineación BLAST ", Biotechniques Volumen 39, Número 2: págs. 186-188.