Herramienta de investigación de arquitectura modular simple

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INTELIGENTE
Contenido
Descripción	Esquema de identificación de dominios proteicos .
Tipos de datos capturados	Dominios proteicos
Organismos	todas
Contacto
Centro de Investigación	Laboratorio Europeo de Biología Molecular
Cita primaria	PMID 18978020
Acceso
Sitio web	http://smart.embl-heidelberg.de
Diverso
Licencia	Gratis para académicos, pero no para usuarios comerciales
Versión	7
Política de curación	sí

La herramienta de investigación de arquitectura modular simple ( SMART ) es una base de datos biológica que se utiliza en la identificación y análisis de dominios de proteínas dentro de secuencias de proteínas. ^[1]^[2] SMART utiliza modelos de Markov de perfil oculto construidos a partir de múltiples alineamientos de secuencia para detectar dominios de proteínas en secuencias de proteínas. La versión más reciente de SMART contiene 1204 modelos de dominio. ^{[3] Los} datos de SMART se utilizaron para crear la colección de la base de datos de dominios conservados y también se distribuyen como parte de la base de datos de InterPro . ^[4] La base de datos está alojada enLaboratorio Europeo de Biología Molecular en Heidelberg.

Referencias [ editar ]

^ Schultz J, Milpetz F, Bork P, Ponting CP (mayo de 1998). "SMART, una sencilla herramienta de investigación de arquitectura modular: identificación de dominios de señalización" (PDF) . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 95 (11): 5857–64. Código Bibliográfico : 1998PNAS ... 95.5857S . doi : 10.1073 / pnas.95.11.5857 . PMC 34487 . PMID 9600884 .
^ Letunic I, Doerks T, Bork P (enero de 2009). "SMART 6: actualizaciones recientes y nuevos desarrollos" . Ácidos nucleicos Res . 37 (Problema de la base de datos): D229–32. doi : 10.1093 / nar / gkn808 . PMC 2686533 . PMID 18978020 .
^ Letunic, Ivica; Doerks, Tobías; Bork, Peer (enero de 2015). "INTELIGENTE: actualizaciones recientes, novedades y estado en 2015" . Investigación de ácidos nucleicos . 43 (Problema de la base de datos): D257–260. doi : 10.1093 / nar / gku949 . ISSN 1362-4962 . PMC 4384020 . PMID 25300481 .
^ Mulder NJ, Apweiler R, Attwood TK, et al. (Septiembre de 2002). "InterPro: un recurso de documentación integrado para familias de proteínas, dominios y sitios funcionales" . Breve. Bioinformática . 3 (3): 225–35. doi : 10.1093 / bib / 3.3.225 . PMID 12230031 .

Enlaces externos [ editar ]

Sitio web SMART

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[pmid9600884-1] Schultz J, Milpetz F, Bork P, Ponting CP (mayo de 1998). "SMART, una sencilla herramienta de investigación de arquitectura modular: identificación de dominios de señalización" (PDF) . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 95 (11): 5857–64. Código Bibliográfico : 1998PNAS ... 95.5857S . doi : 10.1073 / pnas.95.11.5857 . PMC 34487 . PMID 9600884 .

[pmid18978020-2] Letunic I, Doerks T, Bork P (enero de 2009). "SMART 6: actualizaciones recientes y nuevos desarrollos" . Ácidos nucleicos Res . 37 (Problema de la base de datos): D229–32. doi : 10.1093 / nar / gkn808 . PMC 2686533 . PMID 18978020 .

[3] Letunic, Ivica; Doerks, Tobías; Bork, Peer (enero de 2015). "INTELIGENTE: actualizaciones recientes, novedades y estado en 2015" . Investigación de ácidos nucleicos . 43 (Problema de la base de datos): D257–260. doi : 10.1093 / nar / gku949 . ISSN 1362-4962 . PMC 4384020 . PMID 25300481 .

[pmid12230031-4] Mulder NJ, Apweiler R, Attwood TK, et al. (Septiembre de 2002). "InterPro: un recurso de documentación integrado para familias de proteínas, dominios y sitios funcionales" . Breve. Bioinformática . 3 (3): 225–35. doi : 10.1093 / bib / 3.3.225 . PMID 12230031 .

[1]