El polimorfismo de conformación monocatenario ( SSCP ), o polimorfismo monocatenario de cadena , se define como una diferencia conformacional de secuencias de nucleótidos monocatenarios de longitud idéntica inducidas por diferencias en las secuencias en determinadas condiciones experimentales. Esta propiedad permite distinguir las secuencias mediante electroforesis en gel , que separa los fragmentos según sus diferentes conformaciones. [1]
Antecedentes fisicos
Un cambio de un solo nucleótido en una secuencia particular, como se ve en un ADN de doble hebra, no puede distinguirse mediante técnicas de electroforesis en gel, lo que puede atribuirse al hecho de que; las propiedades físicas de las cadenas dobles son casi idénticas para ambos alelos. Después de la desnaturalización, el ADN monocatenario sufre un plegamiento tridimensional característico y puede asumir un estado conformacional único en función de su secuencia de ADN. La diferencia de forma entre dos hebras de ADN monocatenario con secuencias diferentes puede hacer que migren de manera diferente a través de un gel de electroforesis, aunque el número de nucleótidos es el mismo, que es, de hecho, una aplicación de SSCP.
Aplicaciones en biología molecular
El SSCP solía ser una forma de descubrir nuevos polimorfismos de ADN además de la secuenciación de ADN, pero ahora está siendo reemplazado por técnicas de secuenciación debido a su eficiencia y precisión. [2] En estos días, SSCP es más aplicable como herramienta de diagnóstico en biología molecular. Se puede utilizar en la genotipificación para detectar individuos homocigotos de diferentes estados alélicos, así como individuos heterocigotos que deberían demostrar patrones distintos en un experimento de electroforesis. [3] SSCP también se usa ampliamente en virología para detectar variaciones en diferentes cepas de un virus, la idea es que una partícula de virus particular presente en ambas cepas habrá sufrido cambios debido a la mutación, y que estos cambios harán que las dos partículas se asumir diferentes conformaciones y, por tanto, ser diferenciables en un gel de SSCP. [4]
Referencias
- ^ Masato Orita, Hiroyuki Iwahana, Hiroshi Knazawa, Kenshi Hayashi y Takato Sekiya (1989). "Detección de los polimorfismos de ADN humano por electroforesis como polimorfismos de conformación monocatenaria" . Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 86 (8): 2766–2770. Código Bibliográfico : 1989PNAS ... 86.2766O . doi : 10.1073 / pnas.86.8.2766 . PMC 286999 . PMID 2565038 .Mantenimiento de CS1: utiliza el parámetro de autores ( enlace )
- ^ Tahira, T .; Kukita, Y .; Higasa, K .; Okazaki, Y .; Yoshinaga, A .; Hayashi, K. (2009). Estimación de las frecuencias alélicas de SNP mediante análisis SSCP de ADN combinado . Métodos en Biología Molecular. 578 . págs. 193–207. doi : 10.1007 / 978-1-60327-411-1_12 . ISBN 978-1-60327-410-4. PMID 19768595 .
- ^ Michiei Oto, Satoshi Miyake y Yasuhito Yuasa (1993). "Optimización del análisis de polimorfismo de conformación monocatenario no radioisotópico con un aparato de electroforesis en gel convencional Minislab". Bioquímica analítica . 213 (1): 19-22. doi : 10.1006 / abio.1993.1379 . PMID 8238876 .Mantenimiento de CS1: utiliza el parámetro de autores ( enlace )
- ^ Karen Sumire Kubo, RM Stuart, J. Freitas-Astúa1, R. Antonioli-Luizon, EC Locali-Fabris, HD Coletta-Filho1, MA Machado y EW Kitajima (21 de mayo de 2009). "Evaluación de la variabilidad genética del virus de la mota de la orquídea mediante análisis de polimorfismo conformacional monocatenario y secuenciación de nucleótidos de un fragmento del gen de la nucleocápside". Archivos de Virología . División de Virología de la Unión Internacional de Sociedades Microbiológicas. 154 (6): 1009–14. doi : 10.1007 / s00705-009-0395-8 . PMID 19458901 .Mantenimiento de CS1: utiliza el parámetro de autores ( enlace )