Lynch era hijo de Dominick Dubh Lynch , el segundo alcalde de Galway, y sobrino de Peirce Lynch , el primer alcalde.
Fue su esposa, Margaret Athy , quien fundó el monasterio agustino de Forthill mientras él estaba en un viaje comercial. Pudo haber tenido una segunda esposa, una hija del alcalde John Bodkin. Tuvo al menos siete hijos, uno de los cuales, Nicolás, fue alcalde en 1554 y 1561.
Tras la repentina muerte por ahogamiento del alcalde Arthur Lynch, Stephen Lynch fue elegido para completar su mandato. Permaneció alcalde hasta septiembre de 1510, uno de los pocos alcaldes tempranos en ocupar el cargo durante períodos sucesivos.
Continuó el trabajo de su padre y su madre, Anastacia Martin, ampliando lo que se conocería como Pasillo de Lynch en la Colegiata de San Nicolás . Los brazos de Lynch y su esposa, junto con los de sus padres, adornan la parte superior de dos ventanas en el pasillo.