En biología molecular , el dominio de la proteína El motivo alfa estéril (o SAM ) es un módulo de interacción de proteínas putativo presente en una amplia variedad de proteínas [1] implicadas en muchos procesos biológicos. El dominio SAM que se extiende por alrededor de 70 residuos se encuentra en diversos organismos eucariotas. [2] Se ha demostrado que los dominios SAM se homo y heterooligomerizan, formando múltiples arquitecturas de autoasociación y también uniéndose a varias proteínas que no contienen dominios SAM, [3] sin embargo con una constante de baja afinidad. [4]
Dominio SAM (motivo alfa estéril) | ||||||||||
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Identificadores | ||||||||||
Símbolo | SAM_1 | |||||||||
Pfam | PF00536 | |||||||||
InterPro | IPR001660 | |||||||||
INTELIGENTE | SAM | |||||||||
SCOP2 | 1b0x / SCOPe / SUPFAM | |||||||||
CDD | cd09487 | |||||||||
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Ste50p-SAM | ||||||||
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![]() Dominio SAM de la proteína fúngica Ste50p | ||||||||
Identificadores | ||||||||
Símbolo | Ste50p-SAM | |||||||
Pfam | PF09235 | |||||||
Clan pfam | CL0003 | |||||||
InterPro | IPR015316 | |||||||
SCOP2 | 1uqv / SCOPe / SUPFAM | |||||||
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Los dominios SAM también parecen poseer la capacidad de unirse al ARN . [5] Smaug , una proteína que ayuda a establecer un gradiente de morfógeno en los embriones de Drosophila reprimiendo la traducción de nanos (nos) mRNA , se une a la región no traducida 3 '(UTR) del nos mRNA a través de dos estructuras similares en horquilla. La estructura cristalina 3D de la región de unión al ARN de Smaug muestra un grupo de residuos cargados positivamente en el dominio Smaug-SAM, que podría ser la superficie de unión al ARN. Este potencial electropositivo es único entre todas las estructuras de dominio SAM previamente determinadas y se conserva entre los homólogos de Smaug-SAM. Estos resultados sugieren que el dominio SAM podría tener un papel principal en la unión del ARN.
Los análisis estructurales muestran que el dominio SAM está organizado en un pequeño paquete de cinco hélices con dos grandes interfaces. [3] En el caso del dominio SAM de EPHB2 , cada una de estas interfaces puede formar dímeros. La presencia de la superficie de unión de estos dos intermonómeros distintos sugiere que SAM podría formar estructuras poliméricas extendidas. [4]
SAM por hongos
En biología molecular , el dominio proteico Ste50p se encuentra principalmente en hongos y algunos otros tipos de eucariotas . Desempeña un papel en las cascadas de proteína quinasa activada por mitógenos , un tipo de señalización celular que ayuda a la célula a responder a los estímulos externos, más específicamente el apareamiento, el crecimiento celular y la osmo-tolerancia [6] en los hongos.
Función
El dominio proteico Ste50p tiene un papel en la detección de feromonas para apareamiento . Se cree que se encuentra unido a Ste11p para prolongar la respuesta de señalización inducida por feromonas. Además, también participa en ayudar a la célula a responder a la falta de nitrógeno . [7]
Estructura
El hongo Ste50p SAM consta de seis hélices , que forman un pliegue globular compacto . Es un monómero en solución y a menudo sufre heterodimerización (y en algunos casos oligomerización) de la proteína . [7]
Interacción de proteínas
El dominio SAM de Ste50p a menudo interactúa con el dominio SAM de Ste11p. Forman vínculos a través de esta asociación. Es importante señalar que el dominio SAM de una proteína se unirá al SAM de una proteína diferente. Los dominios SAM no se autoasocian in vitro. [7] Existe evidencia significativa de la oligomerización de Ste50p in vivo. [8]
Proteínas humanas que contienen este dominio
ANKS1A ; ANKS1B ; ANKS3 ; ANKS4B ; ANKS6 ; BFAR ; BICC1 ; CASKIN1 ; CASKIN2 ; CENTD1 ; CNKSR2 ; CNKSR3 ; DDHD2 ; EPHA1 ; EPHA10 ; EPHA2 ; EPHA5 ; EPHA6 ; EPHA7 ; EPHA8 ; EPHB1 ; EPHB2 ; EPHB3 ; EPHB4 ; FAM59A ; HPH2 ; INPPL1 ; L3MBTL3 ; PHC1 ; PHC2 ; PHC3 ; PPFIA1 ; PPFIA2 ; PPFIA3 ; PPFIA4 ; PPFIBP1 ; PPFIBP2 ; SAMD1 ; SAMD13 ; SAMD14 ; SAMD3 ; SAMD4A ; SAMD4B ; SAMD5 ; SAMD7 ; SAMD8 ; SAMD9 ; SCMH1 ; SCML1 ; SCML2 ; SEC23IP ; SGMS1 ; SHANK1 ; SHANK2 ; SHANK3 ; STARD13 ; UBP1 ; USH1G ; ZCCHC14 ; p63 ; p73 ;
Referencias
- ^ Bork P, Ponting CP, Hofmann K, Schultz J (1997). "SAM como un dominio de interacción de proteínas implicado en la regulación del desarrollo" . Protein Sci . 6 (1): 249-253. doi : 10.1002 / pro.5560060128 . PMC 2143507 . PMID 9007998 .
- ^ Pawson T, Stapleton D, Balan I, Sicheri F (1999). "La estructura cristalina de un dominio SAM del receptor Eph revela un mecanismo de dimerización modular". Nat. Struct. Biol . 6 (1): 44–49. doi : 10.1038 / 4917 . PMID 9886291 . S2CID 1202526 .
- ^ a b Simon J, Peterson AJ, Kyba M, Bornemann D, Morgan K, Brock HW (1997). "Un dominio compartido por las proteínas del grupo Polycomb Scm y ph media interacciones heterotípicas y homotípicas" . Mol. Célula. Biol . 17 (11): 6683–6692. doi : 10.1128 / MCB.17.11.6683 . PMC 232522 . PMID 9343432 .
- ^ a b Goodwill KE, Thanos CD, Bowie JU (1999). "Estructura oligomérica del dominio SAM del receptor EphB2 humano" . Ciencia . 283 (5403): 833–836. doi : 10.1126 / science.283.5403.833 . PMID 9933164 .
- ^ Bowie JU, Kim CA (2003). "Dominios SAM: estructura uniforme, diversidad de funciones". Trends Biochem. Sci . 28 (12): 625–628. doi : 10.1016 / j.tibs.2003.11.001 . PMID 14659692 .
- ^ Posas, F .; Witten, EA; Saito, H. (1998). "Requisito de STE50 para la activación inducida por osmostress de la proteína quinasa quinasa quinasa quinasa activada por mitógenos STE11 en la vía de respuesta de glicerol de alta osmolaridad" . Biología Molecular y Celular . 18 (10): 5788–5796. doi : 10.1128 / mcb.18.10.5788 . PMC 109165 . PMID 9742096 .
- ^ a b c Grimshaw SJ, Mott HR, Stott KM, Nielsen PR, Evetts KA, Hopkins LJ, Nietlispach D, Owen D (enero de 2004). "Estructura del dominio del motivo alfa estéril (SAM) de la proteína STE50 moduladora de la vía de la proteína quinasa activada por mitógenos de Saccharomyces cerevisiae y análisis de su interacción con el SAM STE11" . J. Biol. Chem . 279 (3): 2192-201. doi : 10.1074 / jbc.M305605200 . PMID 14573615 .
- ^ Masacre, BD; Huff JM; Wiegraebe W; Schwartz JW; Li R (2008). "Oligomerización de proteínas basada en el dominio SAM observada por espectroscopia de fluctuación de fluorescencia de células vivas" . PLOS ONE . 3 (4): e1931. doi : 10.1371 / journal.pone.0001931 . PMC 2291563 . PMID 18431466 .
Evolución estructural de p53, p63 y p73: implicación para la formación de heterotetrámeros