TIGRFAMs es una base de datos de familias de proteínas diseñada para admitir la anotación del genoma manual y automatizada . [1] [2] [3] Cada entrada incluye una alineación de secuencia múltiple y un modelo de Markov oculto (HMM) construido a partir de la alineación. Las secuencias que puntúan por encima de los límites definidos de un HMM de TIGRFAM dado se asignan a esa familia de proteínas y se les pueden asignar las anotaciones correspondientes. La mayoría de los modelos describen familias de proteínas que se encuentran en Bacteria y Archaea.
Al igual que Pfam , TIGRFAMs usa el paquete HMMER escrito por Sean Eddy. [4]
Historia
TIGRFAM se produjo originalmente en el Instituto de Investigación Genómica (TIGR) y su sucesor, el Instituto J. Craig Venter (JCVI), pero se trasladó en abril de 2018 al Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI). TIGRFAMs sigue siendo una base de datos de miembros en InterPro . La última versión de JCVI, la versión 15.0, contenía 4488 modelos. TIGRFAM ahora continúa en NCBI como parte de una colección más grande de HMM, llamados NCBIFAM, que se utilizan en sus canales de anotación de genoma RefSeq y PGAP. [5] La curación y revisión activa de los modelos TIGRFAM continúa en NCBI, pero la creación de modelos TIGRFAM en sí ha terminado, ya que los HMM recién construidos del grupo RefSeq reciben diferentes designaciones cuando se agregan a NCBIFAM.
Referencias
- ^ Haft, DH; Selengut, JD; White, O (2003). "La base de datos TIGRFAMs de familias de proteínas" . Investigación de ácidos nucleicos . 31 (1): 371–3. doi : 10.1093 / nar / gkg128 . PMC 165575 . PMID 12520025 .
- ^ Selengut, JD; Haft, DH; Davidsen, T; Ganapatía, A; Gwinn-Giglio, M; Nelson, WC; Richter, AR; Blanco, O (2007). "TIGRFAMs y propiedades del genoma: herramientas para la asignación de función molecular y proceso biológico en genomas procariotas" . Investigación de ácidos nucleicos . 35 (Problema de la base de datos): D260–4. doi : 10.1093 / nar / gkl1043 . PMC 1781115 . PMID 17151080 .
- ^ Haft, DH; Selengut, JD; Richter, RA; Harkins, DM; Basu, MK; Beck, E (2012). "TIGRFAMs y propiedades del genoma en 2013" . Investigación de ácidos nucleicos . 41 (Problema de la base de datos): D387-95. doi : 10.1093 / nar / gks1234 . PMC 3531188 . PMID 23197656 .
- ^ Eddy, SR (2009). "Una nueva generación de herramientas de búsqueda de homología basada en inferencia probabilística". Informática del genoma. Congreso Internacional de Informática del Genoma . 23 (1): 205-11. PMID 20180275 .
- ^ Li W, O'Neill KR, Haft DH, DiCuccio M, Chetvernin V, Badretdin A; et al. (2021). "RefSeq: ampliar el alcance del canal de anotación del genoma procariótico con la curación del modelo de familia de proteínas" . Ácidos nucleicos Res . 49 (D1): D1020 – D1028. doi : 10.1093 / nar / gkaa1105 . PMC 7779008 . PMID 33270901 .CS1 maint: varios nombres: lista de autores ( enlace )
enlaces externos
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/tigrfams/ - Página de inicio de TIGRFAM
- https://www.ebi.ac.uk/interpro/ - Página de inicio de InterPro
- https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protfam/?term=TIGRFAM%5Bfilter%5D - Búsqueda de texto de TIGRFAM en NCBI
- https://ftp.ncbi.nih.gov/hmm/current : sitio FTP con las versiones más recientes de TIGRFAM, como parte de una colección más grande