La reacción en cadena de la polimerasa touchdown o la reacción en cadena de la polimerasa estilo touchdown es un método de reacción en cadena de la polimerasa mediante el cual los cebadores evitan amplificar secuencias inespecíficas. [1] La temperatura de hibridación durante una reacción en cadena de la polimerasa determina la especificidad de la hibridación del cebador. El punto de fusióndel cebador establece el límite superior de la temperatura de recocido. A temperaturas justo por encima de este punto, solo se producirá un emparejamiento de bases muy específico entre la imprimación y la plantilla. A temperaturas más bajas, los cebadores se unen de forma menos específica. La unión de cebadores inespecíficos oscurece los resultados de la reacción en cadena de la polimerasa, ya que las secuencias inespecíficas con las que se aparean los cebadores en los primeros pasos de amplificación "anularán" cualquier secuencia específica debido a la naturaleza exponencial de la amplificación de polimerasa . [2]
Los primeros pasos de un ciclo de reacción en cadena de la polimerasa de contacto tienen altas temperaturas de recocido. La temperatura de recocido se reduce en incrementos para cada conjunto posterior de ciclos. El cebador se templará a la temperatura más alta que sea menos permisiva de unión no específica que pueda tolerar. Por tanto, la primera secuencia amplificada es la que se encuentra entre las regiones de mayor especificidad de cebador; lo más probable es que esta sea la secuencia de interés. Estos fragmentos se amplificarán aún más durante rondas posteriores a temperaturas más bajas y competirán con las secuencias inespecíficas a las que los cebadores pueden unirse a esas temperaturas más bajas. Si el cebador inicialmente (durante las fases de temperatura más alta) se une a la secuencia de interés,Se pueden realizar rondas posteriores de reacción en cadena de la polimerasa sobre el producto para amplificar aún más esos fragmentos. Touchdown aumenta la especificidad de la reacción a temperaturas más altas y aumenta la eficiencia hacia el final al reducir la temperatura de recocido.[3]