El dominio transmembrana normalmente denota un segmento transmembrana de una única hélice alfa de una proteína transmembrana . [1] En términos más generales, un dominio transmembrana es cualquier dominio proteico que atraviesa la membrana .
Identificación de hélices transmembrana
Hélices transmembrana son visibles en las estructuras de proteínas de membrana determinadas por difracción de rayos X . También pueden predecirse sobre la base de escalas de hidrofobicidad . Debido a que el interior de la bicapa y el interior de la mayoría de las proteínas de estructura conocida son hidrófobos , se presume que es un requisito de los aminoácidos que atraviesan una membrana que también sean hidrófobos. Sin embargo, las bombas de membrana y los canales iónicos también contienen numerosos residuos cargados y polares dentro de los segmentos transmembrana generalmente no polares.
El uso del análisis de hidrofobicidad para predecir hélices transmembrana permite una predicción a su vez de la "topología transmembrana" de una proteína; es decir, predicción de qué partes de ella sobresalen hacia la célula, qué partes sobresalen y cuántas veces la cadena de proteínas atraviesa la membrana.
Las hélices transmembrana también se pueden identificar in silico utilizando la herramienta bioinformática , TMHMM . [2]
Ejemplos de
- Las tetraspaninas tienen 4 dominios transmembrana conservados.
- Las proteínas del locus o ( mlo ) del mildiú tienen 7 dominios transmembrana conservados que codifican hélices alfa. [3]
Referencias
- ^ Hayley J. Sharpe; Tim J. Stevens; Sean Munro (9 de julio de 2010). "Una comparación completa de dominios transmembrana revela propiedades específicas de orgánulos" . Celular . 142 (1): 158-169. doi : 10.1016 / j.cell.2010.05.037 . PMC 2928124 . PMID 20603021 .
- ^ Krogh, Anders; Larsson, Björn; von Heijne, Gunnar; Sonnhammer, Erik LL "Predicción de la topología de proteínas transmembrana con un modelo de Markov oculto: aplicación para completar genomas11Editado por F. Cohen" . Revista de Biología Molecular . 305 (3): 567–580. doi : 10.1006 / jmbi.2000.4315 .
- ^ Devoto, Alessandra; Hartmann, H. Andreas; Piffanelli, Pietro; Elliott, Candace; Simmons, Carl; Taramino, Graziana; Goh, Chern-Sing; Cohen, Fred E .; Emerson, Brent C .; Schulze-Lefert, Paul; Panstruga, Ralph (enero de 2003). "Filogenia molecular y evolución de la familia MLO de siete transmembranas específicas de plantas" . Revista de evolución molecular . 56 (1): 77–88. doi : 10.1007 / s00239-002-2382-5 . ISSN 0022-2844 .