Visual Molecular Dynamics ( VMD ) es un programa informático de visualización y modelado molecular . [2] VMD se desarrolla principalmente como una herramienta para ver y analizar los resultados de simulaciones de dinámica molecular. También incluye herramientas para trabajar con datos volumétricos, datos de secuencia y objetos gráficos arbitrarios. Las escenas moleculares se pueden exportar a herramientas de renderizado externas como POV-Ray , RenderMan , Tachyon , Virtual Reality Modeling Language ( VRML ) y muchas otras. Los usuarios pueden ejecutar sus propios scripts Tcl y Python dentro de VMD, ya que incluye intérpretes Tcl y Python integrados. VMD se ejecuta en Unix , Apple Mac macOS y Microsoft Windows . [3] VMD está disponible para usuarios no comerciales bajo una licencia específica de distribución que permite tanto el uso del programa como la modificación de su código fuente, sin costo alguno. [4]
VMD se ha desarrollado bajo los auspicios del investigador principal Klaus Schulten en el grupo de Biofísica Teórica y Computacional del Instituto Beckman de Ciencia y Tecnología Avanzadas de la Universidad de Illinois en Urbana-Champaign . [5] [6] Un programa precursor, llamado VRChem, fue desarrollado en 1992 por Mike Krogh, William Humphrey y Rick Kufrin. La versión inicial de VMD fue escrita por William Humphrey, Andrew Dalke, Ken Hamer, Jon Leech y James Phillips. [7] Fue lanzado en 1995. [7] [8] Las primeras versiones de VMD se desarrollaron para estaciones de trabajo de Silicon Graphics y también podían ejecutarse en un entorno virtual automático de cueva (CAVE) y comunicarse con una simulación de dinámica molecular a nanoescala ( NAMD ). . [2] VMD fue desarrollado aún más por A. Dalke, W. Humphrey, J. Ulrich en 1995-1996, seguidos por Sergei Izrailev y J. Stone durante 1997-1998. En 1998, John Stone se convirtió en el principal desarrollador de VMD, portando VMD a muchos otros sistemas operativos Unix y completando la primera versión OpenGL con todas las funciones . [9] La primera versión de VMD para la plataforma Microsoft Windows se lanzó en 1999. [10] En 2001, Justin Gullingsrud, Paul Grayson y John Stone agregaron soporte para dispositivos de retroalimentación háptica y desarrollaron aún más la interfaz entre VMD y NAMD para Realización de simulaciones interactivas de dinámica molecular. [11] [12] En desarrollos posteriores, Jordi Cohen, Gullingsrud y Stone reescribieron por completo las interfaces gráficas de usuario, agregaron soporte integrado para la visualización y el procesamiento de datos volumétricos, [13] y el uso de OpenGL Shading Language . [14]
VMD puede comunicarse con otros programas a través de Tcl / Tk . [3] Esta comunicación permite el desarrollo de varios complementos externos que funcionan junto con VMD. Estos complementos aumentan el conjunto de funciones y herramientas de VMD, convirtiéndolo en uno de los software más utilizados en química computacional , biología y bioquímica.