WHAT IF es un programa de computadora utilizado en una amplia variedad de campos de investigación de estructuras macromoleculares computacionales ( in silico ). El software proporciona un entorno flexible para mostrar, manipular y analizar moléculas pequeñas y grandes , proteínas , ácidos nucleicos y sus interacciones. [1] [2]
La primera versión del software WHAT IF fue desarrollada por Gert Vriend en 1987 en la Universidad de Groningen , Groningen , Países Bajos. [2] La mayor parte de su desarrollo ocurrió durante 1989-2000 en el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL) en Heidelberg , Alemania. Otros contribuyentes incluyen Chris Sander y Wolfgang Kabsch. [3] A partir de 2016 [actualizar], el software es mantenido por el grupo Vriend en el Centro Holandés de Informática Molecular y Biomolecular (CMBI) en Nijmegen , Países Bajos. Está disponible para uso interno o como recurso basado en la web. [4]A partir de 2015 [actualizar], el documento original que describe ¿Y SI SI? Se ha citado más de 3.000 veces.
WHAT IF proporciona un entorno flexible para mostrar, manipular y analizar moléculas pequeñas , proteínas, ácidos nucleicos y sus interacciones. Un uso notable fue la detección de muchos millones de errores (a menudo pequeños, pero a veces catastróficos) en archivos de Protein Data Bank (PDB). [5] ¿Y SI también proporciona un entorno para: modelado de homología de estructuras terciarias y estructuras cuaternarias de proteínas ; validar las estructuras de proteínas, en particular las depositadas en el AP; corregir estructuras de proteínas ; visualizar macromoléculas y sus compañeros de interacción (por ejemplo, lípidos , fármacos, iones y agua ) y manipulando macromoléculas de forma interactiva.
Y SI es compatible con varios otros paquetes de software de bioinformática , incluidos YASARA y Jmol . [1]