Van Hoogstraten nació en Utrecht , y estudió violín desde los ocho años, incluidos los estudios con Alexander Schmuller, y se matriculó en el conservatorio de Colonia a los dieciséis años, donde estudió con Bram Eldering . También estudió violín con Otakar Ševcik en Praga.
Comenzó su carrera como director en un balneario y luego dirigió la orquesta en Kleefeld 1914-1918.
Estuvo casado durante dieciséis años, de 1911 a 1927, con la pianista Elly Ney . Se conocieron en 1907 en el conservatorio de Colonia donde Ney era profesor. Viajaron por toda Europa interpretando música de cámara, reclutando al violonchelista Fritz Reitz para formar un trío. Hicieron su hogar en Tutzing en Starnberger See . Los dos grabaron los últimos tres conciertos para piano de Beethoven juntos para Colosseum Records. Les nació una hija, la actriz Eleonore van Hoogstraten . La pareja se divorció en 1927.
Van Hoogstraten dirigió un festival de Brahms en Viena y el festival de Mozart en Salzburgo , así como dirección invitada en toda Europa. Dirigió la Filarmónica de Nueva York en la serie de conciertos de verano del Estadio Lewisohn de 1922 a 1939, donde también se desempeñó como director asociado de 1923 a 1925. En el Lewisohn, en 1927 dirigió NYPhil tocando Rhapsody in Blue y Concerto in F con George Gershwin . como solista. Van Hoogstraten fue designado por la Sociedad Filarmónica para servir como director de la orquesta entre Josef Stransky y Willem Mengelberg., sirviendo la mitad de la temporada de la orquesta hasta que Mengelberg estuvo disponible.
Después de la prematura muerte de Theodore Spiering en 1925, Van Hoogstraten fue nombrado director musical de la Sinfónica de Oregón , donde se desempeñó durante trece temporadas. De 1939 a 1945 fue director titular del Mozarteum de Salzburgo .
Van Hoogstraten murió en 1965 en Tutzing y está enterrado allí con su ex esposa, Elly Ney, en Neuer Friedhof.