Formato de archivo XYZ

Formato XYZ (químico)

Extensión de nombre de archivo	.xyz
Tipo de medio de Internet	químico / x-xyz
Tipo de formato	formato de archivo químico

El formato de archivo XYZ es un formato de archivo químico . No existe un estándar formal y existen varias variaciones, pero un formato XYZ típico especifica la geometría de la molécula dando el número de átomos con coordenadas cartesianas que se leerán en la primera línea, un comentario en la segunda y las líneas de coordenadas atómicas en las siguientes líneas. ^[1] El formato de archivo se utiliza en programas de química computacional para importar y exportar geometrías. Las unidades están generalmente en ångströms . Algunas variaciones incluyen el uso de números atómicos en lugar de símbolos atómicos u omitir la línea de comentarios. Los archivos que utilizan el formato XYZ normalmente tienen laExtensión .xyz .

Formato

El formato del archivo .xyz es el siguiente:

<número de átomos>
línea de comentario
<elemento> <X> <Y> <Z>
...

La información de conectividad en el formato de archivo XYZ está implícita en lugar de explícita. Según la página principal de XYZ (parte de XMol),

Tenga en cuenta que el formato XYZ no contiene información de conectividad. Esta omisión intencional permite una mayor flexibilidad: para crear un archivo XYZ, no es necesario saber dónde están los enlaces de una molécula; solo necesitas saber dónde están sus átomos. La información de conectividad se genera automáticamente para los archivos XYZ a medida que se leen en las aplicaciones relacionadas con XMol. Brevemente, si la distancia entre dos átomos es menor que la suma de sus radios covalentes, se consideran enlazados. ^[2]

Ejemplo

La molécula de piridina se puede describir en el formato XYZ de la siguiente manera:

11
C -0,180226841 0,360945118 -1,120304970
C -0.180226841 1.559292118 -0.407860970
C -0,180226841 1,503191118 0,986935030
N -0,180226841 0,360945118 1,29018350
C -0,180226841 -0,781300882 0,986935030
C -0,180226841 -0,837401882 -0,407860970
H -0,180226841 0,360945118 -2,206546970
H -0,180226841 2,517950118 -0,917077970
H -0,180226841 2,421289118 1,572099030
H -0,180226841 -1,699398882 1,572099030
H -0,180226841 -1,796059882 -0,917077970

Animación

La mayoría de los visores de moléculas, como Jmol y VMD, pueden mostrar animaciones utilizando archivos .xyz. El siguiente es un ejemplo de formato xyz para m instantáneas sucesivas que se pueden representar como una animación:

<número de átomos>
línea de comentario
átomo_símbolo 11 x-coord 11 y-coord 11 z-coord 11
átomo_symbol 12 x-coord 12 y-coord 12 z-coord 12...
atom_symbol 1n x-coord 1N y-coord 1N z-coord 1N<número de átomos>
línea de comentario
átomo_símbolo 21 x-coord 21 y-coord 21 z-coord 21
átomo_symbol 22 x-coord 22 y-coord 22 z-coord 22...
atom_symbol 2n x-coord 2n y-coord 2n z-coord 2n.
.
.
<número de átomos>
línea de comentario
atom_symbol m1 x-coord m1 y-coord m1 z-coord m1
atom_symbol m2 x-coord m2 y-coord m2 z-coord m2
... 
atom_symbol mn x-coord mn y-coord mn z-coord mn

Tenga en cuenta que el estándar xyz no requiere que el número o la naturaleza química de los átomos sea el mismo en las instantáneas posteriores, lo que permite que los átomos desaparezcan o entren en el campo de visión durante la animación.

Ver también

• Formato XYZ extendido

Referencias

1. "La especificación del archivo XYZ" . OpenBabel .
2. "Página de manual de XYZ (parte de XMol)" . Consultado el 22 de septiembre de 2015 .