A partir de su tercera temporada, el 2009 Red Bull Rookies Cup temporada continuó la búsqueda de futuros campeones del mundo. La temporada 2009 comienza con dos carreras durante el fin de semana del Gran Premio de España en Jerez el 2 de mayo y el 3 de mayo y termina con otro doble título en el Gran Premio de República Checa en Brno el 15 de agosto y el 16 de agosto. Otros seis GP de Europa ven carreras individuales de novatos. cada sábado, lo que lo convierte en un campeonato de ocho carreras, que son dos carreras más que la temporada pasada.
Los derechos comerciales del campeonato pertenecen a los titulares de los derechos del Campeonato del Mundo de MotoGP , Dorna Sports .
El checo Jakub Kornfeil se proclamó campeón en la última carrera, en tan solo su segunda temporada en ruta .