APBS (anteriormente también Advanced Poisson-Boltzmann Solver ) es un software gratuito y de código abierto para resolver las ecuaciones de la electrostática continua destinado principalmente a los grandes sistemas biomoleculares. [1] [2] Está disponible bajo la licencia MIT .
Autor (es) original (es) | Baker NA, septiembre D, Joseph S, Holst MJ, McCammon JA (APBS); Dolinsky TJ, Czodrowski P, Li H, Nielsen JE, Jensen JH, Klebe G, Baker NA (PDB2PQR) |
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Repositorio | github |
Escrito en | Python , C ++ , C |
Sistema operativo | Linux |
Tipo | Electrostática molecular |
Licencia | Licencia MIT |
Sitio web | www |
PDB2PQR prepara los archivos de estructura de proteínas del Protein Data Bank para su uso con APBS. Los pasos de preparación incluyen, entre otros, agregar átomos pesados faltantes a las estructuras y asignar cargas de varios campos de fuerza . [3] [4] El formato de archivo de salida es PQR [5] y de ahí proviene el nombre del software.
Referencias
- ^ Jurrus, Elizabeth; Engel, Dave; Star, Keith; Monson, Kyle; Brandi, Juan; Felberg, Lisa E .; Brookes, David H .; Wilson, Leighton; Chen, Jiahui (24 de agosto de 2017). "Mejoras a la suite de software de solvatación biomolecular APBS: Mejoras a la suite de software APBS" . Ciencia de las proteínas . 27 (1): 112–128. doi : 10.1002 / pro.3280 . PMC 5734301 . PMID 28836357 .
- ^ McCammon, J. Andrew; Holst, Michael J .; Joseph, Simpson; Sept, David; Baker, Nathan A. (28 de agosto de 2001). "Electrostática de nanosistemas: Aplicación a los microtúbulos y al ribosoma" . Actas de la Academia Nacional de Ciencias . 98 (18): 10037–10041. Código Bibliográfico : 2001PNAS ... 9810037B . doi : 10.1073 / pnas.181342398 . ISSN 0027-8424 . PMC 56910 . PMID 11517324 .
- ^ Baker, Nathan A .; McCammon, J. Andrew; Nielsen, Jens E .; Dolinsky, Todd J. (1 de julio de 2004). "PDB2PQR: una tubería automatizada para la configuración de cálculos electrostáticos de Poisson-Boltzmann" . Investigación de ácidos nucleicos . 32 (supl_2): W665 – W667. doi : 10.1093 / nar / gkh381 . ISSN 0305-1048 . PMC 441519 . PMID 15215472 .
- ^ Baker, Nathan A .; Klebe, Gerhard; Jensen, Jan H .; Nielsen, Jens E .; Li, Hui; Czodrowski, Paul; Dolinsky, Todd J. (1 de julio de 2007). "PDB2PQR: ampliación y mejora de la preparación automatizada de estructuras biomoleculares para simulaciones moleculares" . Investigación de ácidos nucleicos . 35 (supl_2): W522 – W525. doi : 10.1093 / nar / gkm276 . ISSN 0305-1048 . PMC 1933214 . PMID 17488841 .
- ^ "Formato de estructura molecular PQR - documentación APBS-PDB2PQR 1.6" . apbs-pdb2pqr.readthedocs.io . Consultado el 23 de mayo de 2019 .
enlaces externos
- Página web oficial
- Documentación oficial
- APBS, PDB2PQR y software relacionado - GitHub