La superfamilia de aminoácido-poliamina-organocatión ( APC ) es la segunda superfamilia más grande de proteínas portadoras secundarias conocidas actualmente, [1] y contiene varios portadores de solutos . [2] [3] Originalmente, la superfamilia APC constaba de subfamilias bajo el número de clasificación del transportador (TC # 2.A.3 ). Desde entonces, esta superfamilia se ha ampliado para incluir dieciocho familias diferentes.
Las familias más recientes añadidas incluyen PAAP (permeasa de aminoácidos putativos), LIVCS (aminoácidos de cadena ramificada: simportador de cationes), NRAMP (proteína de macrófagos asociados a la resistencia natural), CstA (proteína A de inanición de carbono), KUP ( permeasa de absorción de K + ), BenE (benzoato: H + Virginia Symporter) y AE (intercambiador de aniones). El análisis bioinformático y filogenético se utiliza para expandir continuamente las familias y superfamilias existentes actualmente.
Otros constituyentes de la superfamilia APC son la familia AAAP ( TC# 2.A.18 ), la familia HAAAP ( TC# 2.A.42 ) y la familia LCT ( TC# 2.A.43 ). Algunas de estas proteínas exhiben 11 TMS. Los miembros eucarióticos de esta superfamilia han sido revisados por Wipf et al. (2002) [4] y Fischer et al. (1998). [5] [6]
Hay varias proteínas APC expresadas en humanos y son proteínas SLC . [3] [7] [2] Hay 11 familias de SLC que incluyen proteínas APC: SLC4, 5, 6, 7, 11, 12, 23, 26, 32, 36 y 38. [3] El SLC atípico TMEM104 también es agrupados en el clan APC. [3]
La topología del intercambiador aniónico humano bien caracterizado 1 (AE1) se ajusta a una topología similar a UraA de 14 TMS (12 TMS α-helicoidales y 2 TMS mixtos de bobina/helicoidal). Todos los miembros funcionalmente caracterizados de la superfamilia APC usan el simporte de cationes para la acumulación de sustrato, excepto algunos miembros de la familia AE que usan con frecuencia el intercambio anión:anión. Todas las entradas nuevas contienen las dos unidades repetidas de 5 o 7 TMS características de la superfamilia APC, a veces con TMS adicionales en los extremos, probablemente como resultado de una adición antes de la duplicación. La familia CstA contiene la mayor variación en TMS. Los nuevos miembros funcionalmente caracterizados transportan aminoácidos, péptidos y aniones o cationes inorgánicos. A excepción de los aniones, estos son sustratos típicos de los miembros de la superfamilia APC establecidos.
En CadB de E. coli ( 2.A.3.2.2 ), los residuos de aminoácidos implicados tanto en la captación como en la excreción, o únicamente en la excreción, se encuentran en las asas citoplasmáticas y el lado citoplasmático de los segmentos transmembrana, mientras que los residuos implicados en la captación son Localizado en las asas periplásmicas y los segmentos transmembrana. [8] Se propone que una cavidad hidrofílica esté formada por los segmentos transmembrana II, III, IV, VI, VII, X, XI y XII. [8] Sobre la base de las estructuras tridimensionales de los miembros de la superfamilia APC, Rudnick (2011) propuso la vía de transporte y sugirió un mecanismo de "paquete oscilante" . [6] [9] [10]