Anders Krogh es bioinformático en la Universidad de Copenhague , [1] donde dirige el centro de bioinformática de la universidad . Es conocido por su trabajo pionero en el uso de modelos ocultos de Markov en bioinformática (junto con David Haussler ), [2] [3] [4] y es coautor de un libro de texto ampliamente utilizado en bioinformática. [5] Además, también fue coautor de uno de los primeros libros de texto sobre redes neuronales . [6] Sus intereses de investigación actuales incluyen el análisis de promotores , [7] [8] [9] ARN no codificante , [10] [11] [12] predicción de genes [13] [14] [15] y predicción de estructura de proteínas . [16] [17] [18] [19] [20]
Anders Krogh | |
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Nacionalidad | danés |
alma mater | Universidad de Copenhague |
Ocupación | Profesor |
Conocido por | modelos ocultos de Markov , redes neuronales |
Premios | Becario ISCB (2017) |
Carrera científica | |
Campos | Bioinformática |
Instituciones | Universidad de Copenhague |
Sitio web | gente |
En 2017, Krogh fue elegido miembro de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB). [21]
Ver también
Referencias
- ^ "Copia archivada" . Archivado desde el original el 2 de septiembre de 2011 . Consultado el 14 de abril de 2011 .CS1 maint: copia archivada como título ( enlace ) Profesor Anders Krogh, Centro de Bioinformática, Departamento de Biología Molecuar, Universidad de Copenhague
- ^ Krogh A, Brown M, Mian IS, Sjölander K, Haussler D (1994). "Modelos ocultos de Markov en biología computacional. Aplicaciones al modelado de proteínas". J. Mol. Biol . 235 (5): 1501–31. doi : 10.1006 / jmbi.1994.1104 . PMID 8107089 .
- ^ Krogh A, Mian IS, Haussler D (1994). "Un modelo de Markov oculto que encuentra genes en el ADN de E. coli" . Ácidos nucleicos Res . 22 (22): 4768–78. doi : 10.1093 / nar / 22.22.4768 . PMC 308529 . PMID 7984429 .
- ^ Sjölander K, Karplus K, Brown M y col. (1996). "Mezclas de Dirichlet: un método para la detección mejorada de homología de secuencia de proteína débil pero significativa" . Computación. Apl. Biosci . 12 (4): 327–45. doi : 10.1093 / bioinformatics / 12.4.327 . PMID 8902360 .
- ^ Durbin, Richard M .; Eddy, Sean R .; Krogh, Anders ; Mitchison, Graeme (1998), Análisis de secuencia biológica: Modelos probabilísticos de proteínas y ácidos nucleicos (1a ed.), Cambridge, Nueva York: Cambridge University Press , doi : 10.2277 / 0521629713 , ISBN 0-521-62971-3, OCLC 593254083
- ^ Introducción a la Teoría de la Computación Neural (Estudios del Instituto Santa Fe en Ciencias de la Complejidad). (1991) John A. Hertz, Richard G. Palmer, Anders Krogh, Westview Press
- ^ Marstrand TT, Frellsen J, Moltke I y col. (2008). Copley R (ed.). "Asap: un marco para las estadísticas de sobrerrepresentación para sitios de unión de factores de transcripción" . PLOS ONE . 3 (2): e1623. Código Bibliográfico : 2008PLoSO ... 3.1623M . doi : 10.1371 / journal.pone.0001623 . PMC 2229843 . PMID 18286180 .
- ^ Frith MC, Valen E, Krogh A, Hayashizaki Y, Carninci P, Sandelin A (2008). "Un código para el inicio de la transcripción en genomas de mamíferos" . Genome Res . 18 (1): 1–12. doi : 10.1101 / gr.6831208 . PMC 2134772 . PMID 18032727 .
- ^ Bryne JC, Valen E, Tang MH y col. (2008). "JASPAR, la base de datos de acceso abierto de perfiles de unión a factores de transcripción: nuevos contenidos y herramientas en la actualización de 2008" . Ácidos nucleicos Res . 36 (Problema de la base de datos): D102–6. doi : 10.1093 / nar / gkm955 . PMC 2238834 . PMID 18006571 .
- ^ Lindow M, Jacobsen A, Nygaard S, Mang Y, Krogh A (2007). "Coincidencia intragenómica revela un enorme potencial para la regulación mediada por miARN en plantas" . PLOS Comput. Biol . 3 (11): e238. Código Bibliográfico : 2007PLSCB ... 3..238L . doi : 10.1371 / journal.pcbi.0030238 . PMC 2098865 . PMID 18052543 .
- ^ Lindgreen S, Gardner PP, Krogh A (2007). "MASTR: predicción de alineación múltiple y estructura de ARN no codificantes mediante hibridación simulada". Bioinformática . 23 (24): 3304-11. CiteSeerX 10.1.1.563.7072 . doi : 10.1093 / bioinformatics / btm525 . PMID 18006551 .
- ^ Lindgreen S, Gardner PP, Krogh A (2006). "Medición de la covariación en alineaciones de ARN: el realismo físico mejora las medidas de información" . Bioinformática . 22 (24): 2988–95. doi : 10.1093 / bioinformatics / btl514 . PMID 17038338 .
- ^ Munch K, Krogh A (2006). "Generación automática de buscadores de genes para especies eucariotas" . BMC Bioinformática . 7 : 263. doi : 10.1186 / 1471-2105-7-263 . PMC 1522026 . PMID 16712739 .
- ^ Munch K, Gardner PP, Arctander P, Krogh A (2006). "Un enfoque de modelo de Markov oculto para determinar la expresión de micro matrices de mosaico genómico" . BMC Bioinformática . 7 : 239. doi : 10.1186 / 1471-2105-7-239 . PMC 1481622 . PMID 16672042 .
- ^ Nielsen P, Krogh A (2005). "Predicción de genes procarióticos a gran escala y comparación con la anotación del genoma" . Bioinformática . 21 (24): 4322–9. doi : 10.1093 / bioinformática / bti701 . PMID 16249266 .
- ^ Krogh A, Larsson B, von Heijne G, Sonnhammer EL (2001). "Predicción de la topología de proteínas transmembrana con un modelo de Markov oculto: aplicación para completar genomas". J Mol Biol . 305 (3): 567–580. doi : 10.1006 / jmbi.2000.4315 . PMID 11152613 .
- ^ Winther O, Krogh A (2004). "Enseñar a las computadoras a plegar proteínas". Phys. Rev. E . 70 (3): 030903. arXiv : cond-mat / 0309497 . Código Bibliográfico : 2004PhRvE..70c0903W . doi : 10.1103 / PhysRevE.70.030903 . PMID 15524499 . S2CID 103560 .
- ^ Won KJ, Hamelryck T, Prügel-Bennett A, Krogh A (2007). "Un método evolutivo para el aprendizaje de la estructura HMM: predicción de la estructura secundaria de la proteína" . BMC Bioinformática . 8 : 357. doi : 10.1186 / 1471-2105-8-357 . PMC 2072961 . PMID 17888163 .
- ^ Hamelryck T, Kent JT, Krogh A (2006). "Muestreo de conformaciones de proteínas realistas utilizando sesgos estructurales locales" . PLOS Comput. Biol . 2 (9): e131. Código Bibliográfico : 2006PLSCB ... 2..131H . doi : 10.1371 / journal.pcbi.0020131 . PMC 1570370 . PMID 17002495 .
- ^ Boomsma W, Mardia KV, Taylor CC, Ferkinghoff-Borg J, Krogh A, Hamelryck T (2008). "Un modelo probabilístico generativo de la estructura de la proteína local" . PNAS . 105 (26): 8932–8937. Código bibliográfico : 2008PNAS..105.8932B . doi : 10.1073 / pnas.0801715105 . PMC 2440424 . PMID 18579771 .
- ^ "13 de febrero de 2017: la Sociedad Internacional de Biología Computacional nombra a siete miembros como la clase de becarios de ISCB de 2017" . www.iscb.org . Consultado el 13 de febrero de 2017 .
enlaces externos
- Página de inicio de la Universidad de Copenhague