David Haussler (nacido en 1953) es un bioinformático estadounidense conocido por su trabajo al frente del equipo que reunió la primera secuencia del genoma humano en la carrera para completar el Proyecto Genoma Humano y, posteriormente, para el análisis comparativo del genoma que profundiza la comprensión de la función molecular y la evolución del genoma. . [12] [13] [14] Es investigador del Instituto Médico Howard Hughes (HHMI), profesor de ingeniería biomolecular y director científico fundador del Instituto de Genómica de UC Santa Cruz en la Universidad de California, Santa Cruz , director del Instituto de California para biociencias cuantitativas(QB3) en el campus de UC Santa Cruz, y profesor consultor en la Facultad de Medicina de la Universidad de Stanford y el Departamento de Ciencias Biofarmacéuticas de UC San Francisco . [10] [15]
David Haussler | |
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Nació | David Haussler Octubre de 1953 (edad 67) [1] |
Nacionalidad | Estados Unidos |
alma mater | |
Conocido por | |
Premios |
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Carrera científica | |
Campos | |
Instituciones | Universidad de California, Universidad de Santa Cruz de Colorado |
Tesis | Inserción e inserción iterada como operaciones sobre lenguaje formal (1982) |
Asesor de doctorado | Andrzej Ehrenfeucht [8] |
Estudiantes de doctorado | |
Otros estudiantes notables | Anders Krogh [10] |
Influenciado | Katherine Pollard [11] |
Sitio web | www .soe .ucsc .edu / people / haussler |
Educación
Haussler estudió arte brevemente en la Academy of Art en San Francisco en 1971 y luego psicoterapia en Immaculate Heart College en Hollywood hasta 1973, cuando se transfirió a Connecticut College , terminando en 1975 con una especialización en matemáticas y una especialización en física. Obtuvo una maestría en matemáticas aplicadas de la Universidad Politécnica de California en San Luis Obispo en 1979. Haussler recibió su doctorado en ciencias de la computación de la Universidad de Colorado en Boulder en 1982.
Carrera e investigación
Durante los veranos, mientras estaba en la universidad, Haussler trabajó para su hermano, Mark Haussler, un bioquímico de la Universidad de Arizona, el estudio de la vitamina D metabolismo . Fueron los primeros en medir los niveles de calcitriol , la forma hormonal de la vitamina D, en el torrente sanguíneo humano. [16] Entre 1975 y 1979 viajó y trabajó en una variedad de trabajos, incluido un trabajo en una refinería de petróleo en Burghausen, Alemania, cultivo de tomates en Creta y cultivo de kiwis, almendras y nueces en Templeton, CA. Mientras estaba en Templeton, trabajó en su maestría en la cercana Universidad Politécnica de California . [10]
Haussler fue profesor asistente de Matemáticas e Informática en la Universidad de Denver en Colorado de 1982 a 1986. Desde 1986 hasta la actualidad, ha estado en UC Santa Cruz, inicialmente en el Departamento de Ciencias de la Computación, y en 2004 como miembro inaugural del Departamento de Ingeniería Biomolecular. [10]
Mientras cursaba su doctorado en informática teórica en la Universidad de Colorado , Haussler se interesó en el análisis matemático del ADN junto con sus compañeros de estudios Gene Myers , Gary Stormo y Manfred Warmuth . La investigación actual de Haussler proviene de sus primeros trabajos en aprendizaje automático. En 1988 organizó el primer Workshop de Teoría del aprendizaje computacional con Leonard Pitt. Con Blumer, Ehrenfeucht y Warmuth introdujo el marco Vapnik-Chervonenkis a la teoría del aprendizaje computacional, resolviendo algunos problemas planteados por Leslie Valiant . En la década de 1990 obtuvo varios resultados en teoría de la información , procesos empíricos, inteligencia artificial , [17] redes neuronales , [18] teoría de decisiones estadísticas y reconocimiento de patrones . [19]
La investigación de Haussler combina matemáticas, informática y biología molecular. [7] Desarrolla nuevos métodos estadísticos y algorítmicos para explorar la función molecular y la evolución del genoma humano, integrando datos genómicos comparativos y de alto rendimiento entre especies para estudiar la estructura, función y regulación de los genes. [20] [21] [22] [23] Se le atribuye ser pionero en el uso de modelos ocultos de Markov (HMM), gramáticas estocásticas libres de contexto y el método de núcleo discriminativo para analizar secuencias de ADN , ARN y proteínas . Fue el primero en aplicar estos últimos métodos a la búsqueda de biomarcadores de expresión génica en el cáncer en todo el genoma, ahora un gran esfuerzo de su laboratorio.
Como colaborador del Proyecto del Genoma Humano internacional , su equipo, que presenta el trabajo de programación del estudiante graduado Jim Kent , reunió computacionalmente el primer borrador del genoma humano [24] y lo publicó en Internet el 7 de julio de 2000. [25] A continuación Esto, su equipo desarrolló UCSC Genome Browser , [26] [27] [28] una herramienta basada en la web que se utiliza ampliamente en la investigación biomédica y sirve como plataforma para varios proyectos de genómica a gran escala. Estos incluyen el proyecto ENCODE del Instituto Nacional de Investigación del Genoma Humano (NHGRI) para usar métodos ómicos para explorar la función de cada base en el genoma humano (para el cual UCSC sirve como el Centro de Coordinación de Datos), Colección de Gen de Mamíferos de NIH, 1000 genomas de NHGRI proyecto para explorar la variación genética humana, y el proyecto del Atlas del genoma del cáncer del Instituto Nacional del Cáncer (NCI) para explorar los cambios genómicos en el cáncer.
El trabajo informático de su grupo sobre genómica del cáncer, incluido el UCSC Cancer Genomics Browser, [29] proporciona una línea de análisis completa a partir de lecturas de ADN sin procesar a través de la detección e interpretación de mutaciones y expresión genética alterada en muestras tumorales. Su grupo colabora con investigadores de centros médicos a nivel nacional, incluidos los miembros de los “Dream Teams” de Stand Up To Cancer y el Cancer Genome Atlas, para descubrir las causas moleculares del cáncer y desarrollar un nuevo enfoque personalizado basado en la genómica para el tratamiento del cáncer. [30]
Haussler es uno de los ocho miembros del comité organizador de la Alianza Global para el Intercambio de Datos Clínicos y Genómicos, junto con David Altshuler del Broad Institute de Harvard y MIT; Peter Goodhand y Thomas Hudson del Instituto de Ontario para la Investigación del Cáncer ; Brad Margus del Proyecto AT Children's; Elizabeth Nabel del Hospital Brigham and Women's; Charles Sawyers del Memorial Sloan-Kettering; y Michael Stratton del Wellcome Trust Sanger Institute . [31]
Co-fundó el Proyecto Genoma 10K para ensamblar un zoológico genómico, una colección de secuencias de ADN que representan los genomas de 10,000 especies de vertebrados, para capturar la diversidad genética como un recurso para las ciencias de la vida y para los esfuerzos de conservación en todo el mundo. [32] [33]
Premios y honores
Haussler es miembro de la Academia Nacional de Ciencias , [2] la Academia Nacional de Ingeniería , [34] y la Academia Estadounidense de Artes y Ciencias [35] y miembro de la Asociación para el Avance de la Inteligencia Artificial [36] ( AAAI). Sus premios incluyen el Premio Weldon Memorial 2011 de la Universidad de Oxford, el Premio Curt Stern en Genética Humana de la Sociedad Americana de Genética Humana (ASHG) de 2009, el Premio al Científico Senior ISCB 2008 de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (que también lo eligió como un ISCB Miembro en 2009), [5] el Premio Dickson de Ciencia 2005 de la Universidad Carnegie Mellon, y el Premio Allen Newell en Inteligencia Artificial de la Asociación de Maquinaria de Computación (ACM) / Asociación para el Avance de la Inteligencia Artificial (AAAI) de 2003. [37]
Con Cyrus Chothia y Michael Waterman , Haussler recibió el premio Dan David 2015 por sus contribuciones al campo de la bioinformática . [38]
Referencias
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