La competición de atletismo de las Jornadas Olímpicas de Verano de la Juventud Europea de 1999 se celebró del 11 al 14 de julio. Los hechos tuvieron lugar en Esbjerg , Dinamarca. Los niños y niñas nacidos en 1982 o 1983 o después participaron en 24 eventos de pista y campo , divididos en partes iguales entre los sexos. El programa se redujo ese año, con los eventos de 1500 metros , 400 metros con vallas y lanzamiento de disco para niños y niñas. Fue la primera vez que se disputaron el salto con pértiga de niñas y los 3000 metros .