Variante gamma del SARS-CoV-2
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Número total de secuencias P.1 por país al 21 de abril de 2021 [1]
Leyenda:
  1000+ secuencias confirmadas
  500–999 secuencias confirmadas
  100–499 secuencias confirmadas
  2-99 secuencias confirmadas
  1 secuencia confirmada
  Ninguno o ningún dato disponible

La variante gamma , también conocida como linaje P.1 , [a] es una de las variantes del SARS-CoV-2 , el virus que causa el COVID-19 . [6] Esta variante de SARS-CoV-2 se ha denominado linaje P.1 y tiene 17 sustituciones de aminoácidos , diez de las cuales están en su proteína de pico, incluidas las tres designadas como de especial preocupación: N501Y , E484K y K417T. [5] [7] Esta variante de SARS-CoV-2 fue detectada por primera vez por el Instituto Nacional de Enfermedades Infecciosas (NIID) de Japón, el 6 de enero de 2021 en cuatro personas que habían llegado aTokio después de haber visitado Amazonas , Brasil , cuatro días antes. [5] [8] Posteriormente se declaró en circulación en Brasil. [5] Bajo el esquema de nomenclatura simplificado propuesto por la Organización Mundial de la Salud , P.1 se ha etiquetado como variante Gamma y actualmente se considera una variante preocupante . [9]

Gamma causó una infección generalizada a principios de 2021 en la ciudad de Manaus , la capital de Amazonas, aunque la ciudad ya había experimentado una infección generalizada en mayo de 2020, [10] con un estudio [11] que indica una alta seroprevalencia de anticuerpos para el SARS-CoV-2. . [12] Un artículo de investigación publicado en Science Journal indica que las personas infectadas con P.1 tienen una mayor probabilidad de transmisibilidad y muerte que las infectadas con B.1.1.28. [13]

La variante Gamma comprende las dos subvariantes distintas 28-AM-1 y 28-AM-2, que portan las mutaciones K417T, E484K, N501Y, y que se desarrollaron independientemente entre sí dentro de la misma región brasileña de Amazonas. [14]

Gamma es notablemente diferente de la variante Zeta (linaje P.2) que también está circulando con fuerza en Brasil. En particular, Zeta solo porta la mutación E484K y no tiene ninguna de las otras dos mutaciones de interés, N501Y y K417T. [14] [7]

Clasificación

Los informes iniciales afirmaron que tanto P.1 como P.2 eran dos descendientes separados y diferentes del linaje brasileño B.1.1.248. [15] [16] Sin embargo, B.1.1.248 luego perdió su estatus como un linaje distinto y fue reclasificado a B.1.1.28. [17] P.1 también se ha denominado B.1.1.28.1, [18] mientras que P.2 ha sido B.1.1.28.2 o VUI-202101/01. [19] Dado que sólo se permiten tres subniveles en el sistema de nomenclatura del linaje PANGO , de ahí la designación de B.1.1.28.1 a P.1 y B.1.1.28.2 a P.2. [5] [20]

Tras su detección, los datos del genoma de cuatro muestras de la nueva variante se compartieron con GISAID habiéndosele asignado el rango de ID: EPI_ISL_792680a EPI_ISL_792683. [21]

Mutaciones

  • Mutaciones de aminoácidos de la variante Gamma del SARS-CoV-2 representadas en un mapa del genoma del SARS-CoV-2 con un enfoque en Spike. [22]

Definición de mutaciones en la variante Gamma
GeneAminoácidos
ORF1absynT733C
synC2749T
S1188L
K1795Q
del11288-11296 (3675-3677 SGF)
synC12778T
synC13860T
E5665D
PicoL18F
T20N
P26S
D138Y
R190S
K417T
E484K
N501Y
H 655Y
T1027I
ORF8E92K
ins28269-28273
norteP80R
Fuente: Faria et al. (2021) , Figura  1.B

Variantes de SARS-CoV-2 Además de tener ocho mutaciones (cuatro de estas mutaciones genéticas sinónimas ) en sus marcos de lectura abiertos (ORF1a y ORF1b), una de las cuales es un conjunto de deleciones, Gamma tiene 10 mutaciones definitorias en su proteína de pico. , incluidos N501Y y E484K. También tiene dos mutaciones, una de inserción, en su región ORF8 y otra en su región N. [5] [23]

Descendiente y sublinajes

El linaje de coronavirus B.1.1.28 ha originado cuatro linajes conocidos clasificados como variante de interés (VOI) o variante de interés (VOC): linajes P.1, P.2, P.3 y P.4.

El linaje P.2 (B.1.1.28.2, variante Zeta), detectado por primera vez en octubre de 2020 en el estado de Río de Janeiro , Brasil, solo comparte una mutación preocupante con P.1, que es el E484K. [24] Las otras mutaciones de P.2 son indiferentes y rara vez se encuentran para otras variantes. Las cinco mutaciones específicas de P.2 son: E484K en el gen S, A119S en el gen N, 5'UTR C100U, más L3468V y synC11824U en el gen ORF1ab . Otras mutaciones que se encuentran comúnmente en P.2 son: 3'UTR C29754U, F120F (synC28253U) en ORF8, M234I en el gen N, más L3930F y synA12964G en ORF1ab . [25]

El linaje P.3 ( variante Theta ) se identificó por primera vez en Filipinas el 18 de febrero de 2021 cuando se detectaron dos mutaciones preocupantes en Visayas centrales . [26]

El virus derivado de B.1.1.28 restante es el linaje P.4. Aunque los investigadores no han identificado su origen preciso, primero se secuenció en Itirapina , Brasil, y ya circulaba en varios municipios del estado de São Paulo del mismo país. Lleva una mutación preocupante en la proteína de pico llamada L452R que también está presente en el linaje B.1.617 ( variantes Delta y Kappa ) detectado en India, variante Epsilon (linajes B.1.427 y B.1.429) de California , Estados Unidos. [27] [28] La rama de este linaje es P.4.1 (VUI-NP13L), que se sospecha que surgió en Goiás., Brasil, alrededor de junio-julio de 2020, también se extendió rápidamente al sureste del país, donde, por ejemplo, Taquara tuvo su primera secuencia genómica, y al noreste de la nación. Se detectó internacionalmente, con casos reportados en Japón, Holanda e Inglaterra. El P.4.1 tiene mutaciones V1176F y D614G en la proteína de pico. [29]

Prevención

Ver también: Vacuna Oxford-AstraZeneca COVID-19 § Efectividad , vacuna Pfizer – BioNTech COVID-19 § Efectividad , vacuna Moderna COVID-19 § Efectividad , vacuna Sputnik V COVID-19 § Variantes , CoronaVac § Efectividad y Abdala (vacuna) § Eficacia

Circulación

Desarrollo de la variante Gamma
(proporción de pruebas positivas de SARS-CoV-2 analizadas en una semana determinada)
PaísRegiónSectorPruebaSemana 12 [30]Semana 13Semana 14 [31]Semana 15Semana 16Semana 17
 PerúLimaLima Metropolitana39,70%
Lima Este63,20%
Lima Norte50,00%
Lima Sur41,90%
Lima Central25,00%
CajamarcaDesconocido75,00%
CuzcoDesconocido70,00%
Madre de diosDesconocido52,50%
UcayaliDesconocido47,60%
PiuraDesconocido25,00%
La libertadDesconocido25,00%
AyacuchoDesconocido20,00%
LoretoDesconocido08,10%08,10%
AncashDesconocido02,50%

Estadísticas

Casos por país (PANGO)
PaísCasos confirmadosCasos sospechososPrimera detecciónReferencias
 Canadá19,64307 de febrero de 2021[32] [33] [34] [35]
 Brasil10,556014 de enero de 2021[36] [5] [32]
 Italia838025 de enero de 2021[37] [38] [39] [32]
 Alemania276022 de enero de 2021[40] [32]
 Japón9606 de enero de 2021[41] [42] [32]
 Dinamarca4003 de marzo de 2021[43] [44] [32]
 Corea del Sur3018 de enero de 2021[45]
 Islas Faroe1018 de enero de 2021[46] [32]
 Finlandia2018 de febrero de 2021[47]
 Irlanda25019 de febrero de 2021[48] [49] [50] [51] [52] [32]
 Estados Unidos15,786025 de enero de 2021[53] [54] [55] [32]
 Perú10304 de febrero de 2021[56] [57] [58] [59] [60]
 Países Bajos499029 de enero de 2021[61] [32]
 Colombia165030 de enero de 2021[62] [63] [32]
 Croacia2018 de febrero de 2021[64]
 pavo16603 de febrero de 2021[65] [66] [32] [67]
 Francia21904 de febrero de 2021[32] [68]
 Argentina23008 de febrero de 2021[69] [32]
 Portugal148011 de febrero de 2021[70] [71] [72] [32]
 Bélgica1,333016 de febrero de 2021[32]
 Guayana Francesa225016 de febrero de 2021[32]
 España635016 de febrero de 2021[32]
  Suiza153016 de febrero de 2021[32]
 México814028 de enero de 2021[32]
 Suecia68020 de febrero de 2021[73] [32]
 Reino Unido155028 de febrero de 2021[32] [74] [75] [76] [77]
 India2017 de febrero de 2021[78]
 Australia506 de marzo de 2021[32]
 Rumania508 de marzo de 2021[79] [32]
 Sint Maarten1010 de marzo de 2021[32]
 Filipinas2013 de marzo de 2021[80] [81]
 Nueva Zelanda7018 de marzo de 2021[32]
 Eslovenia4021 de marzo de 2021[32]
 Uruguay112022 de marzo de 2021[82]
 Chile975024 de marzo de 2021[83] [32]
 Paraguay53025 de marzo de 2021[84] [32]
 Aruba96029 de marzo de 2021[32]
 Luxemburgo43030 de marzo de 2021[32]
 Jordán504 de abril de 2021[32]
 Costa Rica32011 de abril de 2021[32]
 Surinam106011 de abril de 2021[32]
 Ecuador27014 de abril de 2021[32]
 Singapur8016 de abril de 2021[32]
 Noruega4024 de febrero de 2021[32]
 Polonia5013 de abril de 2021[32]
 Tailandia105 de abril de 2021[32]
 Guyana103 de mayo de 2021[32]
 Bangladesh103 de mayo de 2021[32]
 porcelana2010 de mayo de 2021[32]
 Lituania3010 de mayo de 2021[32]
 Curacao6024 de abril de 2021[32]
 Malta22018 de abril de 2021[32]
 Austria17015 de abril de 2021[32]
 Trinidad y Tobago14023 de abril de 2021[85] [86] [87]
 Haití46015 de mayo de 2021[32]
 Islas Caimán1017 de junio de 2021[32]
 Bolivia10019 de marzo de 2021[32]
 República Checa9021 de abril de 2021[32]
 República Dominicana4011 de marzo de 2021[32]
 Israel9011 de abril de 2021[32]
 Venezuela17010 de febrero de 2021[32]
 Taiwán4020 de febrero de 2021[32]
 Hungría1022 de julio de 2021[88]
 
Total mundial : 63 países		Total: 52.079Total: 0Total al 27 de junio de 2021
Casos por país (actualizado al 9 de agosto de 2021) GISAID [89]
PaísCasos confirmadosFecha de colección
 Estados Unidos23,37329 de junio de 2021
 Brasil16.20013 de junio de 2021
 Canadá8.0705 de julio de 2021
 Bélgica1.9741 de julio de 2021
 México2,27824 de junio de 2021
 Chile2.52213 de junio de 2021
 España95726 de junio de 2021
 Italia2,18129 de junio de 2021
 Países Bajos56617 de junio de 2021
 Colombia3461 de junio de 2021
 Alemania80622 de junio de 2021
 Francia57723 de junio de 2021
 Trinidad y Tobago25515 de junio de 2021
 Argentina32912 de mayo de 2021
 Guayana Francesa31811 de junio de 2021
 Reino Unido22423 de junio de 2021
 Portugal19023 de junio de 2021
 Uruguay17315 de abril de 2021
  Suiza18721 de junio de 2021
 Aruba12120 de junio de 2021
 Japón11813 de junio de 2021
 Surinam11725 de mayo de 2021
 Suecia14114 de junio de 2021
 Paraguay544 de mayo de 2021
 Dinamarca6329 de junio de 2021
 Haití4720 de mayo de 2021
 Luxemburgo219 de abril de 2021
 Finlandia723 de mayo de 2021
 Bangladesh118 de febrero de 2021
 Barbados322 de mayo de 2021
 Islas Caimán117 de junio de 2021
 Islas Faroe112 de enero de 2021
 Guam130 de abril de 2021
 Guayana318 de enero de 2021
 Filipinas221 de febrero de 2021
 Puerto Rico19 de junio de 2021
 Costa Rica6929 de junio de 2021
 Ecuador14521 de julio de 2021
 pavo8829 de junio de 2021
 Perú4214 de junio de 2021
 República Dominicana3810 de junio de 2021
 Malta3222 de junio de 2021
 Irlanda2921 de junio de 2021
 Austria2818 de junio de 2021
 Polonia2414 de julio de 2021
 República Checa2022 de junio de 2021
 Israel196 de julio de 2021
 Bolivia172 de junio de 2021
 Venezuela1726 de mayo de 2021
 Curacao1424 de junio de 2021
 Rumania1212 de junio de 2021
 Corea del Sur103 de julio de 2021
 Noruega91 de julio de 2021
 Australia825 de abril de 2021
 Singapur811 de junio de 2021
 Eslovenia74 de junio de 2021
 Nueva Zelanda731 de mayo de 2021
 Croacia629 de junio de 2021
 Lituania630 de junio de 2021
 Jordán528 de abril de 2021
 Taiwán428 de enero de 2021
 India312 de mayo de 2021
 Bosnia y Herzegovina35 de julio de 2021
 porcelana217 de abril de 2021
 Pakistán117 de mayo de 2021
 Angola122 de marzo de 2021
 Letonia11 de abril de 2021
 Tailandia15 de abril de 2021
 Rusia121 de mayo de 2021
 Grecia114 de mayo de 2021
 Bonaire17 de julio de 2021
Mundo (71 países)Total: 63.769Total al 9 de agosto de 2021

Historia

El 12 de enero de 2021, el Centro CADDE Brasil-Reino Unido confirmó 13 casos locales de linaje P.1 en Manaus, estado de Amazonas, la ciudad más grande de la selva amazónica. [5] El nuevo linaje estuvo ausente en 27 muestras recolectadas de marzo a noviembre de 2020 en Manaus, pero se identificó para la misma ciudad en el 42% (n = 13/31) de las muestras recolectadas entre el 15 y el 23 de diciembre de 2020, seguido de 52,2% (n = 35/67) entre el 15 y el 31 de diciembre de 2020 y el 85,4% (n = 41/48) entre el 1 y el 9 de enero de 2021. En particular, el P.2 fue rápidamente superado por el P1 al pasar del segundo semestre de Diciembre al 1–9 de enero, donde la participación del linaje P.2 para Manaus disminuyó del 25,4% al 6,3%. [5] [90]

Un estudio de 180 muestras brasileñas secuenciadas recolectadas en el estado de Río de Janeiro durante 2020, identificó el surgimiento del nuevo linaje P.2 de SARS-CoV-2 (originario de B.1.1.28). P.2 se detectó por primera vez mediante secuenciación del genoma en octubre de 2020, pero se estimó que surgió a principios de julio de 2020. [25] En diciembre de 2020, aunque había aumentado significativamente en frecuencia en todo el estado, todavía se limitaba en gran medida a la capital del estado de Río de Janeiro . En mayo de 2020 los principales linajes detrás de los positivos de COVID-19 fueron B.1.1.33 (70%) y B.1.1.28 (20%), mientras que para septiembre los principales linajes fueron B.1.1.33 (50%) y B.1.1.28 (40%), sin detectarse presencia de P.2, mientras que durante octubre y noviembre P.2 fue el linaje más común con una participación cercana al 50% (según elHerramienta pangolín ). [91] El estudio también encontró que la mutación E484K estaba "ampliamente diseminada" en todas las muestras P.2 analizadas (36 de 38). [91]

Investigadores de la Fundación Oswaldo Cruz publicaron un estudio epidemiológico genómico preimpreso de 250 genomas recolectados de diferentes lugares en Amazonas y encontraron que las infecciones por P.1 pueden producir casi 10 veces más carga viral que en otras personas infectadas con COVID-19 que involucran linajes B.1.1 .28 y B.1.195. El linaje también mostró una transmisibilidad 2.2 veces mayor con la misma capacidad de infectar tanto a adultos (18-59 años) como a personas mayores (60 años o más), lo que sugiere que P.1 y sus sublinajes tienen más éxito en infectar a humanos más jóvenes sin diferencial de género. [92]

El Centro de Descubrimiento, Diagnóstico, Genómica y Epidemiología de Arbovirus (CADDE) produjo otro artículo de revista con muestras recolectadas en Manaus entre noviembre de 2020 y enero de 2021. El estudio indicó que el linaje P.1 es ≈2,0 veces (50% CrI ,1,7 -2,4 veces ) más transmisible y se demostró que es capaz de evadir ≈32% (50% CrI ,21 -46% ) de inmunidad heredada de enfermedades anteriores por coronavirus, lo que lleva a la posibilidad de reinfección . Este aumento de las estadísticas también tuvo el mismo reflejo en la mortalidad, ya que las infecciones P.1 pueden ser ≈50% (50% CrI ,20 -90% ) más letal. [93] [94] [95] Como parte de la investigación en curso, los científicos evaluaron la capacidad de la variante para neutralizar anticuerpos en un trabajo preliminar publicado que demuestra que 8 personas inmunizadas con CoronaVac tenían una respuesta deficiente del plasma sanguíneo contra el linaje P.1. Dado que el estudio solo tuvo una pequeña cantidad de participantes, no fue posible establecer ninguna conclusión estadística, ya que sería necesario estudiar una mayor cantidad de personas vacunadas. [96] Científicos del MIT, Harvard y Cambridge, y médicos de hospitales en Boston, corroboraron que las personas estaban completamente vacunadas con las vacunas Pfizer y Moderna.han disminuido significativamente la neutralización con P.1, en un trabajo de preimpresión. [97]

Ver también

  • Variante alfa del SARS-CoV-2
  • Variante beta del SARS-CoV-2
  • Variante delta del SARS-CoV-2
  • Variante Theta del SARS-CoV-2
  • Variante Iota del SARS-CoV-2
  • Variante Kappa del SARS-CoV-2
  • Variante Lambda del SARS-CoV-2
  • Variantes de SARS-CoV-2

Notas

  1. ^ Otros nombres incluyen:
    - 20J / 501Y.V3
    - Variant of Concern 202101/02 ( VOC-202101/02 ) [2]
    - Variante brasileña o variante Brasil [3] [4] [5]

Referencias

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  2. ^ Public Health England (27 de febrero de 2021). "Variantes: distribución de datos de casos" . GOV.UK . Consultado el 27 de febrero de 2021 .
  3. ^ "Covid-19: virus de Brasil ya en Reino Unido 'no variante de preocupación', dice el científico" . www.bbc.com . 15 de enero de 2021 . Consultado el 15 de enero de 2021 .
  4. ^ "COVID-19: Virólogo dice que la variante del coronavirus brasileño detectada en el Reino Unido no es la 'preocupante ' " . news.sky.com . 15 de enero de 2021 . Consultado el 15 de enero de 2021 .
  5. ^ a b c d e f g h i Faria, Nuno R .; Claro, Ingra Morales (12 de enero de 2021). "Caracterización genómica de un linaje emergente SARS-CoV-2 en Manaus: hallazgos preliminares" . Virológico . Consultado el 23 de enero de 2021 .
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enlaces externos

  • Linajes PANGO: Nuevo informe de variantes - Informe sobre la distribución global de 3 variantes, incluida la P.1, descendiente de B.1.1.28
  • Informe del COG-Reino Unido sobre mutaciones de pico de interés del SARS-CoV-2 en el Reino Unido
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