El término variante preocupante ( VOC ) para el síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) es una categoría que se usa cuando las mutaciones en el dominio de unión al receptor (RBD) aumentan sustancialmente la afinidad de unión (p. Ej., N501Y) en el complejo RBD-hACE2 ( datos genéticos), mientras que también está relacionado con la rápida propagación en las poblaciones humanas (datos epidemiológicos). [1]
Antes de esto, una variante emergente puede haber sido etiquetada como una "variante de interés". [2] Durante o después de una evaluación más completa como una "variante de interés", la variante se asigna típicamente a un linaje en el sistema de nomenclatura PANGOLIN [3] ya clados en los sistemas Nextstrain [4] y GISAID [5] .
Durante la pandemia de COVID-19 , se observó que el virus SARS-CoV-2 mutaba, y ciertas combinaciones de mutaciones puntuales específicas demostraron ser más preocupantes que otras. [6] Esto fue principalmente por razones de transmisibilidad y virulencia , y también con respecto a la posible aparición de mutaciones de escape .
Criterios considerados durante COVID-19
Varias organizaciones de salud nacionales e internacionales (por ejemplo, los Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades (CDC) (EE. UU.), Public Health England (PHE) y el COVID-19 Genomics UK Consortium para el Reino Unido, y la Canadian COVID Genomics Network (CanCOGeN)) utilizan algunos o todos los siguientes criterios para evaluar variantes : [7] [8]
- Mayor transmisibilidad
- Aumento de la morbilidad
- Aumento de la mortalidad
- Mayor riesgo de " COVID prolongado "
- Capacidad para evadir la detección mediante pruebas de diagnóstico.
- Disminución de la susceptibilidad a los medicamentos antivirales (si dichos medicamentos están disponibles)
- Disminución de la susceptibilidad a los anticuerpos neutralizantes , ya sea terapéuticos (p. Ej., Plasma de convalecencia o anticuerpos monoclonales) o en experimentos de laboratorio.
- Capacidad para evadir la inmunidad natural (p. Ej., Provocar reinfecciones)
- Capacidad para infectar a personas vacunadas.
- Mayor riesgo de afecciones particulares como el síndrome inflamatorio multisistémico o el COVID de larga duración.
- Mayor afinidad por grupos demográficos o clínicos particulares, como niños o individuos inmunodeprimidos .
Terminología
Las variantes que parecen cumplir uno o más de estos criterios pueden etiquetarse como "variantes de interés" o "variantes en investigación" ('VUI') en espera de la verificación y validación de estas propiedades. Una vez validadas, las variantes de interés / VUI pueden ser renombradas como "variantes de interés" por organizaciones de monitoreo, como los CDC. [2] [6] [9] Una categoría relacionada es "variante de gran consecuencia", utilizada por los CDC si hay pruebas claras de que la eficacia de las medidas de prevención o intervención para una variante en particular se reduce sustancialmente. [10]
Ejemplos de
Canadá
Al 12 de mayo de 2021, Canadá estaba rastreando específicamente tres variantes de preocupación, B.1.1.7, B.1.351 y P.1. [11]
Europa
Al 11 de mayo de 2021, el Centro Europeo para la Prevención y el Control de Enfermedades había declarado interés en cuatro variantes de interés, B.1.1.7, B.1.1.7 + E484K, B.1.351 y P.1. Nombraron otras nueve variantes de interés (VOI): B.1.525, B.1.427 / B.1.429, P.3, B.1.616, B.1.617.1, B.1.617.2, B.1.617.3, B.1.620 y B.1.621, mientras que 17 más se describieron como variantes en seguimiento. [12]
Reino Unido
A partir del 5 de marzo de 2021, el Reino Unido tiene ocho variantes en su 'lista de vigilancia', 4 con estado de 'VOC' y 4 calificadas como 'VUI', con PHE agregando el cuarto VUI después de que 16 personas dieron positivo en las fechas de inicio. con el 15 de febrero. [13] La última variante es VUI-21FEB-04 (Lineage B.1.1.318), y fue designada como VUI el 24 de febrero. Otros VUI son P.2, VUI-21FEB-01 (A.23.1 con E484K) y B.1.525, mientras que los VOC son Lineage B.1.1.7 , Lineage B.1.351 y Lineage P.1 . [14] [15]
Tenga en cuenta que en marzo de 2021, PHE cambió su convención de nomenclatura para usar el formato [YY] [MMM] - [NN], donde el mes se escribe usando un código de tres letras. [dieciséis]
Estados Unidos
El CDC mantiene una lista de variantes de interés. A mayo de 2021, están rastreando B.1.1.7, B.1.351, las variantes relacionadas B.1.427 y B.1.429 y P.1. [17]
Organización Mundial de la Salud
La OMS mantiene una lista de variantes de preocupación mundial. [18] [19]
Referencias
- ^ Shahhosseini, Nariman; Babuadze, George (Giorgi); Wong, Gary; Kobinger, Gary P. (mayo de 2021). "Firmas de mutación y acoplamiento in silico de nuevas variantes preocupantes del SARS-CoV-2" . Microorganismos . 9 (5): 926. doi : 10.3390 / microorganisms9050926 . PMC 8146828 . PMID 33925854 .
- ^ a b "Variantes: distribución de datos de casos" . GOV.UK . 28 de enero de 2021. En "Diferencias entre una variante de preocupación y una variante bajo investigación" . Consultado el 19 de febrero de 2021 .
Las variantes del SARS-CoV-2, si se considera que tienen propiedades epidemiológicas, inmunológicas o patogénicas, se plantean para una investigación formal. En este punto, se denominan Variante en investigación (VUI) con un año, mes y número. Después de una evaluación de riesgos con el comité de expertos correspondiente, pueden ser designados como Variante de preocupación (VOC).
- ^ Rambaut, A .; Holmes, EC; O'Toole, Á .; et al. (2020). "Una propuesta de nomenclatura dinámica para linajes de SARS-CoV-2 para ayudar a la epidemiología genómica" . Microbiología de la naturaleza . 5 (11): 1403–1407. doi : 10.1038 / s41564-020-0770-5 . PMC 7610519 . PMID 32669681 . S2CID 220544096 .
- ^ Bedford, Trevor; Hodcroft, Emma B; Neher, Richard A (6 de enero de 2021). "Estrategia de nomenclatura de clade Nextstrain SARS-CoV-2 actualizada" . nextstrain.org/blog . Consultado el 19 de enero de 2021 .
- ^ "árbol de clados (de 'nomenclatura de clados y linajes')" . www.gisaid.org . 4 de julio de 2020 . Consultado el 7 de enero de 2021 .
- ^ a b Griffiths, Emma; Tanner, Jennifer; Knox, Natalie; Hsiao, Will; Van Domselaar, Gary (15 de enero de 2021). "Recomendaciones provisionales de CanCOGeN para nombrar, identificar y notificar variantes preocupantes del SARS-CoV-2" (PDF) . CanCOGeN (nccid.ca) . Consultado el 25 de febrero de 2021 .
- ^ Colaborador, IDSA (2 de febrero de 2021). "COVID" Mega-variante "y ocho criterios para una plantilla para evaluar todas las variantes" . Science Speaks: Global ID News . Consultado el 20 de febrero de 2021 .
- ^ CENTROS PARA EL CONTROL Y LA PREVENCIÓN DE ENFERMEDADES. "Variantes emergentes del SARS-CoV-2" . Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades . Consultado el 4 de enero de 2021 . Este artículo incorpora texto de esta fuente, que es de dominio público .
- ^ Investigación de variantes preocupantes del SARS-CoV-2 en Inglaterra Informe técnico 6 13 de febrero de 2021 (Ver sección: Nomenclatura de variantes en el Reino Unido, P.3) assets.publishing.service.gov.uk , consultado el 27 de febrero de 2021
- ^ CDC (11 de febrero de 2020). "Casos, datos y vigilancia" . Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades . Consultado el 16 de marzo de 2021 .
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- ^ Public Health England (22 de marzo de 2021). "Variantes: distribución de datos de casos" . GOV.UK . Consultado el 22 de marzo de 2021 .
- ^ "Clasificaciones y definiciones de variantes del SARS-CoV-2" . Centros para el Control y la Prevención de Enfermedades . 11 de febrero de 2020 . Consultado el 30 de abril de 2021 .
- ^ "La OMS dice que India Covid es una variante de 'preocupación global ' " . BBC . 11 de mayo de 2021.
- ^ "Seguimiento de variantes del SARS-CoV-2" . www.who.int . Consultado el 16 de junio de 2021 .