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BacDive
Contenido
Descripcióninformación sobre cepas de bacterias y arqueas
Tipos de datos capturadosmetadatos
Contacto
Centro de InvestigaciónInstituto Leibniz DSMZ - Colección alemana de microorganismos y cultivos celulares GmbH
Cita primariaPMID  26424852
Fecha de lanzamiento2012
Acceso
Sitio webhttp://bacdive.dsmz.de/
URL del servicio webhttp://bacdive.dsmz.de/api/

Bac Dive ( la base de metadatos de diversidad bacteriana ) es una base de metadatos de bacterias que proporciona información vinculada a cepas sobre la biodiversidad de bacterias y arqueas .

Introducción [ editar ]

Bac Dive es un recurso para diferentes tipos de metadatos como taxonomía, morfología, fisiología, medio ambiente y biología molecular.[1] [2] [3] [4] [5] [6] La mayoría de los datos se anotan y seleccionan manualmente. Con el lanzamiento en julio de 2018, Bac Dive ofrece información para 63,669 cepas. [7] La base de datos está alojada en el Instituto Leibniz DSMZ - Colección Alemana de Microorganismos y Cultivos Celulares GmbH y es parte de de.NBI la Red Alemana de Infraestructura Bioinformática.

Contenido y funciones [ editar ]

Base de datos [ editar ]

La publicación de julio de 2018 de la base de datos abarcó más de 600 campos de datos diferentes, divididos en las categorías "Nombre y clasificación taxonómica", "Morfología y fisiología", "Condiciones de cultivo y crecimiento", "Aislamiento, muestreo e información ambiental". "Aplicación e interacción", "Biología molecular" y "Disponibilidad de cepas". La base de datos constaba de 712.958 entradas, vinculadas a la cepa y referencia correspondientes. [7] Los datos se obtienen de descripciones internas de colecciones de cultivos, compendios compilados por expertos sobre cepas y literatura científica primaria.

Acceso a datos [ editar ]

Se puede acceder a los datos a través de una GUI o mediante el servicio web RESTful . Usando la GUI, el usuario puede elegir entre una búsqueda simple para buscar los campos principales como taxonomía o ID de cepa, o el usuario puede usar la búsqueda avanzada, que permite la búsqueda en 130 campos de datos y brinda la oportunidad de consultas complejas al combinar varios campos. . Los datos se pueden descargar en formato PDF (para cepas individuales) o en formato CSV para conjuntos de datos más grandes (para múltiples cepas). A través del portal de servicios web, no solo se puede acceder al contenido de Bac Dive , sino también a la lista de referencias de taxones Prokaryotic Nomenclature Up-To-Date .

Otras bases de datos [ editar ]

Para los datos que están fuera del enfoque de Bac Dive , se proporcionan enlaces a otras bases de datos que brindan datos asociados a la cepa:

Referencias [ editar ]

  1. ↑ Söhngen, C; Boyke, B; Podstawka, A; Gleim, D; Overmann, J (13 de octubre de 2013). "Bac Dive - la metadatabase de diversidad bacteriana" . Investigación de ácidos nucleicos . 42 (Problema de la base de datos): D592 – D599. doi : 10.1093 / nar / gkt1058 . PMC 3965005 . PMID 24214959 .  
  2. ^ Fernández-Suárez, XM; Rigden, DJ; Galperin, MY (5 de diciembre de 2013). "El problema de la base de datos de investigación de ácidos nucleicos de 2014 y una colección de base de datos de biología molecular en línea actualizada de NAR" . Investigación de ácidos nucleicos . 42 (Problema de la base de datos): D1 – D6. doi : 10.1093 / nar / gkt1282 . PMC 3965027 . PMID 24316579 .  
  3. ^ Laboratorio Cohan (23 de octubre de 2015). "Base de datos de diversidad bacteriana BacDive de DSMZ" .
  4. ^ Abu-Jamous, Basilea; Fa, Rui; Nandi, Asoke K. (2015). Análisis Integrativo de Clústeres en Bioinformática . John Wiley e hijos. pag. 448. ISBN 9781118906552.
  5. ^ Zhulin, IB (1 de agosto de 2015). "Bases de datos para microbiólogos" . Revista de bacteriología . 197 (15): 2458–2467. doi : 10.1128 / JB.00330-15 . PMC 4505447 . PMID 26013493 .  
  6. ↑ Söhngen, C; Podstawka, A; Boyke, B; Gleim, D; Vetcininova, A; Reimer, LC; Ebeling, C; Pendarovski, C; Overmann, J (30 de septiembre de 2015). "Bac Dive - La base de metadatos de diversidad bacteriana en 2016" . Investigación de ácidos nucleicos . 44 (Problema de la base de datos): D581 – D585. doi : 10.1093 / nar / gkv983 . PMC 4702946 . PMID 26424852 .  
  7. ^ a b Reimer, LC; Vetcininova, A; Sardà Carbasse, J; Söhngen, C; Gleim, D; Ebeling, C; Overmann, J (17 de septiembre de 2018). "Bac Dive en 2019: datos fenotípicos bacterianos para análisis de biodiversidad de alto rendimiento" . Investigación de ácidos nucleicos . 47 (Problema de la base de datos): D631 – D636. doi : 10.1093 / nar / gky879 . PMC 6323973 . PMID 30256983 .  

Enlaces externos [ editar ]

  • Búsqueda simple en Bac Dive
  • Búsqueda avanzada en Bac Dive
  • Servicios web en Bac Dive