Bam HI (pronunciado "Bam H one") (de Bacillus amyloliquefaciens ) es una endonucleasa de restricción de tipo II, que tiene la capacidad de reconocer secuencias cortas (6 pb) de ADN y escindirlas específicamente en un sitio objetivo . Esta exhibición se enfoca en las relaciones estructura-función de BamHI según lo descrito por Newman, et al. (1995). BamHI se une a la secuencia de reconocimiento 5'-GGATCC-3' y escinde estas secuencias justo después de la 5'-guanina en cada hebra. Esta escisión da como resultado extremos cohesivos que tienen una longitud de 4 pb. En su forma no unida, BamHI muestra una lámina b central , que reside entre las hélices α .
BamHI sufre una serie de cambios conformacionales no convencionales tras el reconocimiento del ADN . Esto permite que el ADN mantenga su conformación normal de ADN-B sin distorsionarse para facilitar la unión a la enzima. BamHI es un dímero simétrico . El ADN está unido en una gran hendidura que se forma entre los dímeros; la enzima se une de manera "cruzada". Cada subunidad BamHI establece la mayoría de los contactos de su columna vertebral con los fosfatos de un medio sitio de ADN, pero se establecen contactos de pares de bases entre cada subunidad BamHI y las bases nitrogenadas en el surco mayor del medio sitio de ADN opuesto. La proteína se une a las bases a través de enlaces de hidrógeno directoso enlaces de H mediados por agua entre la proteína y cada grupo donador/aceptor de enlaces de H en el surco principal. Los contactos de ranura principal están formados por átomos que residen en el extremo amino de un haz paralelo de 4 hélices. Este paquete marca la interfaz del dímero BamHI y se cree que los momentos dipolares de los átomos terminales NH2 en este paquete pueden contribuir a la estabilización electrostática .
La enzima BamHI es capaz de establecer un gran número de contactos con el ADN. Los enlaces de hidrógeno mediados por agua, así como las interacciones tanto de la cadena principal como de la cadena lateral ayudan en la unión de la secuencia de reconocimiento de BamHI. En el surco mayor, la mayoría de los contactos enzima/ADN tienen lugar en el extremo amino del haz de 4 hélices paralelas, formado por a4 y a6 de cada subunidad. Aunque a6 de cada subunidad no ingresa al surco principal del ADN, sus bucles anteriores interactúan con los extremos externos del sitio de reconocimiento. Por el contrario, a4 de cada subunidad entra en el surco mayor en el centro de la secuencia de reconocimiento. Se forman un total de 18 enlaces entre la enzima y el ADN a lo largo de la secuencia de reconocimiento de 6 pares de bases (12 enlaces directos y 6 mediados por agua). Arg155 y Asp154 ubicados en un anillo espiral antes de a6 están conectados con G: Los pares de bases C están afuera, mientras que los pares G:C del medio están conectados con Asp154, Arg122 y Asn116 (enlace directo). El enlace de hidrógeno entre el agua y Asn116 da como resultado la unión en los pares de bases A:T en el interior (unión mediada por agua).[1] Como se discutió anteriormente, las subunidades L y R se unen de manera cruzada, por lo que la subunidad R de Bam HI entra en contacto con el medio sitio izquierdo del ADN de la secuencia de reconocimiento. La unión de cada subunidad Bam H I es precisamente la misma que la de su pareja simétrica. El sitio de reconocimiento para Bam H I tiene una secuencia palindrómica que se puede cortar por la mitad para mostrar fácilmente los enlaces.