BindingDB [1] [2] [3] [4] es una base de datos pública y accesible en la web de afinidades de unión medidas, que se centra principalmente en las interacciones de proteínas consideradas como dianas farmacológicas candidatas con ligandos que son moléculas pequeñas similares a las de las drogas . En marzo de 2011, BindingDB contiene alrededor de 650.000 datos de unión, para 5.700 objetivos de proteínas y 280.000 moléculas pequeñas. BindingDB también incluye una pequeña colección de datos de unión huésped-huésped de interés para los químicos que estudian sistemas supramoleculares.
Contenido | |
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Descripción | Base de datos de productos químicos |
Tipos de datos capturados | Moléculas con propiedades farmacológicas y actividad biológica. |
Contacto | |
Autores | Michael Gilson, líder del equipo |
Cita primaria | PMID 17145705 |
Fecha de lanzamiento | 1995 |
Acceso | |
Sitio web | BindingDB |
URL de descarga | Descargas |
Diverso | |
Licencia | Los datos de BindingDB están disponibles en una licencia Creative Commons Attribution-Share Alike 3.0 Unported |
El propósito de BindingDB es apoyar la química médica y el descubrimiento de fármacos mediante el conocimiento de la literatura y el desarrollo de relaciones estructura-actividad (SAR y QSAR); validación de métodos de modelado molecular y de química computacional , como métodos de acoplamiento , puntuación y energía libre; biología química y genómica química; y estudios básicos de la química física del reconocimiento molecular .
La recopilación de datos se deriva de una variedad de técnicas de medición, que incluyen inhibición y cinética de enzimas, calorimetría de titulación isotérmica, RMN y ensayos de radioligando y competencia. BindingDB incluye datos extraídos de la literatura científica por el proyecto BindingDB, seleccionados PubChem bioensayos de confirmación, y chembl entradas para las que se proporciona una proteína objetivo bien definido ( "TARGET_TYPE = 'PROTEIN'").
Historia y Financiamiento
El proyecto BindingDB se concibió a mediados de la década de 1990, basado en el reconocimiento del amplio valor de los datos de afinidad cuantitativa y la insuficiencia de los artículos de revistas como un medio para hacer que estos datos sean accesibles. Un taller patrocinado por el NIST en septiembre de 1997 validó el concepto, y la financiación de NSF y NIST permitió el desarrollo inicial de la base de datos con una colección de datos para sistemas de muchos tipos, incluyendo proteína-ligando, proteína-proteína y unión huésped-huésped. . Sin embargo, las esperanzas de que la base de datos se completara principalmente a través de declaraciones de experimentadores no se confirmaron, y quedó claro que el proyecto tendría que asumir la responsabilidad de extraer datos de la literatura. Dada la amplitud de la literatura sobre reconocimiento molecular y las limitaciones en los recursos disponibles, esto significaba que la creación de una base de datos útil requeriría limitar la atención a un conjunto bien definido de datos vinculantes de alto valor.
Se tomó la decisión de centrarse en la unión de datos de moléculas pequeñas con proteínas que son objetivos de fármacos, o posibles objetivos de fármacos, y para los que la estructura tridimensional está disponible en el PDB o puede modelarse potencialmente con alta precisión basada en la estructura de una proteína similar. Esta elección ayudaría al descubrimiento de fármacos para las dianas seleccionadas, así como al desarrollo de métodos de diseño computacional de ligandos basados tanto en ligandos como en estructuras. Este es el enfoque actual de BindingDB, que está dirigido por Michael Gilson , con sede en la Universidad de California San Diego 's Facultad de Farmacia y Ciencias Farmacéuticas de Skaggs , y apoyado por una subvención del NIH .
Capacidades
La interfaz web de BindingDB proporciona una variedad de herramientas de navegación, consulta y descarga de datos. Estos incluyen navegar por el nombre de una proteína Target o por cita de una revista, consultas por similitud química y subestructura, y descargas por destino o resultado de la consulta.
Ver también
Referencias
- ^ Liu, T., Lin, Y., Wen, X., Jorrisen, RN y Gilson, MK BindingDB: una base de datos accesible en la web de afinidades de unión proteína-ligando determinadas experimentalmente Nucleic Acids Research 35: D198-D201 (2007).
- ^ Chen, X., Lin, Y. y Gilson, MK The Binding Database: descripción general y guía del usuario Biopolymers Nucleic Acid Sci. 61: 127-141 (2002).
- ^ Chen, X., Lin, Y., Liu, M. y Gilson, MK The Binding Database: Data Management and Interface Design Bioinformatics 18: 130-139 (2002).
- ^ Chen, X., Liu, M. Y Gilson, MK Binding DB: Una base de datos de reconocimiento molecular accesible en la web J. Combi. Chem. Pantalla de alto rendimiento 4: 719-725 (2001).