Un Biositemap es una forma en que una institución de investigación biomédica de la organización muestra cómo se distribuye la información biológica a través de sus sistemas y redes de tecnología de la información . Esta información puede compartirse con otras organizaciones e investigadores.
Biositemap permite a los navegadores web , rastreadores y robots acceder y procesar fácilmente la información para usar en otros sistemas, medios y formatos computacionales. Los protocolos de Biositemaps proporcionan pistas para los recolectores web de Biositemap , lo que les permite encontrar recursos y contenido en toda la interconexión del sistema Biositemap. Esto significa que los usuarios humanos o de máquinas pueden acceder a cualquier información relevante sobre cualquier tema en todas las organizaciones a través del sistema Biositemap y llevarla a sus propios sistemas para su asimilación o análisis.
Marco de archivo
La información normalmente se almacena en un archivo biositemap.rdf o biositemap.xml que contiene listas de información sobre los datos, software, material de herramientas y servicios proporcionados o mantenidos por esa organización. La información se presenta en metacampos y se puede crear en línea a través de sitios como el editor en línea de biositemaps. [1]
La información es una combinación de mapas del sitio y feeds RSS y se crea utilizando el Modelo de información (IM) y la Ontología de recursos biomédicos (BRO). El IM es responsable de definir los datos almacenados en los metacampos y el BRO controla la terminología de los datos almacenados en el campo resource_type. El BRO es fundamental para ayudar a la interactividad tanto de las otras organizaciones como de terceros para buscar y refinar esas búsquedas.
Formatos de datos
El protocolo Biositemaps [2] permite a los científicos, ingenieros, centros e instituciones dedicados al modelado, el desarrollo de herramientas de software y el análisis de datos biomédicos e informáticos difundir y difundir al mundo la información sobre sus últimos recursos de biología computacional (datos, herramientas de software y web servicios). El concepto de mapa de sitio se basa en ideas de la recolección de recursos web automatizada y eficiente [3] y los servidores web compatibles con rastreadores , [4] e integra las características de mapas de sitio y feeds RSS en un mecanismo descentralizado para biólogos computacionales y bioinformáticos para abrir Difundir y recuperar metadatos sobre recursos biomédicos.
Estas descripciones de mapas de biositios específicas de sitios, instituciones o investigadores se publican en formato RDF en línea y se buscan, analizan, monitorean e interpretan mediante motores de búsqueda web, aplicaciones web específicas para mapas de biositios y ontologías, y otras aplicaciones interesadas en descubrir recursos actualizados o novedosos para bioinformática. e investigaciones de investigación biomédica. El mecanismo del mapa de sitios biológicos separa a los proveedores de recursos biomédicos (investigadores o instituciones) de los consumidores de contenido de recursos (investigadores, médicos, medios de comunicación, agencias de financiación, iniciativas educativas y de investigación).
Un Biositemap es un archivo RDF que enumera los recursos biomédicos y bioinformáticos para un grupo de investigación o consorcio específico. Permite a los desarrolladores de recursos biomédicos describir la funcionalidad y usabilidad de cada una de sus herramientas de software, bases de datos o servicios web. [2] [5]
Los mapas biológicos complementan y no reemplazan los marcos existentes para la difusión de datos, herramientas y servicios. El uso de un biositmap no garantiza que los recursos se incluyan en los índices de búsqueda ni influye en la forma en que la comunidad clasifica o percibe las herramientas. Lo que hará el protocolo Biositemaps es proporcionar pistas, información y directivas a todos los recolectores web de Biositemap que apuntan a la existencia y contenido de recursos biomédicos en diferentes sitios.
Modelo de información de mapa de biositio
El protocolo Biositemap se basa en un modelo de información extensible que incluye propiedades específicas [6] que se utilizan comúnmente y son necesarias para caracterizar los recursos biomédicos:
- Nombre
- Descripción
- URL
- Etapa de desarrollo
- Organización
- Etiqueta de ontología de recursos
- Palabras clave
- Licencia
La documentación actualizada sobre el modelo de información está disponible en el sitio web de Biositemaps.
Ver también
Referencias
- ^ Editor en línea de Biositemaps Archivado el 30 de julio de 2010 en Wayback Machine.
- ^ a b ID de Dinov, Rubin D, Lorensen W, et al. (2008). "iTools: un marco para la clasificación, categorización e integración de recursos de biología computacional" . PLOS ONE . 3 (5): e2265. Código Bibliográfico : 2008PLoSO ... 3.2265D . doi : 10.1371 / journal.pone.0002265 . PMC 2386255 . PMID 18509477 .
- ^ ML Nelson; JA Smith; del Campo; H. Van de Sompel; X. Liu (2006). "Recolección de recursos web automatizada y eficiente" (PDF) . WIDM'06 .
- ^ Brandman O; Cho J; García-Molina H ; Shivakumar N (2000). "Servidores web compatibles con rastreadores". Revisión de la evaluación del desempeño de ACM SIGMETRICS . 28 (2): 9-14. CiteSeerX 10.1.1.34.7957 . doi : 10.1145 / 362883.362894 . S2CID 5732912 .
- ^ Cannata N, Merelli E, Altman RB (diciembre de 2005). "Es hora de organizar el recurso bioinformático" . PLOS Comput. Biol . 1 (7): e76. Código Bibliográfico : 2005PLSCB ... 1 ... 76C . doi : 10.1371 / journal.pcbi.0010076 . PMC 1323464 . PMID 16738704 .
- ^ Chen YB, Chattopadhyay A, Bergen P, Gadd C, Tannery N (enero de 2007). "La colección de recursos bioinformáticos en línea en el sistema de bibliotecas de ciencias de la salud de la Universidad de Pittsburgh: una puerta de entrada única a las bases de datos bioinformáticas en línea y herramientas de software" . Ácidos nucleicos Res . 35 (Problema de la base de datos): D780–5. doi : 10.1093 / nar / gkl781 . PMC 1669712 . PMID 17108360 .
enlaces externos
- Página web oficial
- Ontología de recursos biomédicos
- Editor en línea de Biositemaps