Burkhard Rost es un científico que dirige el Departamento de Biología Computacional y Bioinformática de la Facultad de Informática de la Universidad Técnica de Munich (TUM) . [10] Rost preside la Sección de Estudios de Bioinformática de Múnich, en la que participan el TUM y la Universidad Ludwig Maximilian de Múnich (LMU) en Múnich. De 2007 a 2014, Rost fue presidente de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB). [6] [11] [12] [13] [14] [15] [16]
Burkhard Rost | |
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![]() Burkhard Rost hablando en ISMB | |
Nació | Alemania | 11 de julio de 1961
alma mater | Universidad de Heidelberg [1] |
Conocido por |
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Esposos) | Karima Djabali [3] |
Premios | Profesor Alexander von Humboldt , premio ISCB Fellows [4] |
Carrera científica | |
Campos | |
Instituciones | |
Tesis | Redes neuronales y evolución: predicción avanzada de la estructura secundaria de proteínas (1994) |
Asesor de doctorado | Chris Sander [1] [9] |
Sitio web | www |
Carrera profesional
Rost originalmente comenzó su carrera científica como físico teórico. Después de estudiar física en la Universidad de Giessen y física, historia, filosofía y psicología en la Universidad de Heidelberg , Rost recibió su doctorado en la Universidad de Heidelberg por su trabajo en el Laboratorio Europeo de Biología Molecular (EMBL) en 1994. [1] Siguiente pasantías de investigación en EMBL y el Instituto Europeo de Bioinformática en Cambridge (Reino Unido), en 1998, se convirtió en profesor asistente en el Departamento de Bioquímica y Biofísica Molecular en el Colegio de Cirujanos y Médicos del Centro Médico CU de la Universidad de Columbia en la ciudad de New York . En 2000, se convirtió en profesor asociado en la Universidad de Columbia y en 2009 aceptó un nombramiento para la Cátedra de Bioinformática en la Universidad Técnica de Munich . Es miembro de la Academia de Ciencias de Nueva York y ha sido presidente de ISCB, la Sociedad Internacional de Biología Computacional de 2007 a 2014. A partir de 2021[actualizar], Rost es autor o coautor de más de 300 publicaciones científicas con un índice h de Google Académico de 100. [6] [11] [12] [13]
Investigar
La investigación de Rost se ha centrado en combinar el aprendizaje automático y la información evolutiva para predecir aspectos de importancia crítica para avanzar en nuestra comprensión de la evolución, la estructura de las proteínas y la función de las proteínas. Ejemplos de investigación llevada a cabo en su laboratorio incluyen la predicción de actividad enzimática (ECGO), socios de interacción (ISIS, DISIS, PiNAT), localización subcelular (LOCtree, LOCnet, PredictNLS), efectos funcionales de mutaciones puntuales / SNPs (SNAP), desorden regiones (MD, NORSnet, Ucon), segmentos que atraviesan la membrana (PROF / PHDhtm), estructura secundaria (PROF / PHD, RePROF, DSSPcont), [17] accesibilidad a disolventes (PROF / PHD, RePROF), contactos internos residuo-residuo (PROFcon ) y la agrupación de proteínas en familias (CHOP). [18]
Su enfoque actual es predecir los efectos de mutaciones individuales principalmente en el nivel de cambios no sinónimos en las regiones codificantes, es decir, cambios de un solo nucleótido (o polimorfismos de un solo nucleótido ) que alteran la secuencia de aminoácidos.
Su grupo se ha dedicado a hacer que sus herramientas estén disponibles en línea, como se demostró a través del primer servidor de Internet para la predicción de la estructura de proteínas y el análisis de secuencias, Predictprotein , [2] que se lanzó en 1992, y ha estado continuamente en servicio desde entonces. El trabajo de Rost se ha publicado en las principales revistas científicas revisadas por pares, como Nature , [9] [19] [20] [21] Science , [22] PLOS Genetics . [23]
ISCB
En 2007, Rost fue elegido presidente de la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB), reemplazando a Michael Gribskov . Rost se desempeñó como presidente hasta 2014; su sucesor fue Alfonso Valencia .
Conferencias
Rost ha copresidido la reunión anual más grande en biología computacional ISMB, Intelligent Systems for Molecular Biology , en 2007 ( Viena ), 2008 ( Toronto ), 2011 ( Viena ), 2012 ( Long Beach ). [24] Ha iniciado y participado en la organización de varias series de conferencias internacionales fuera del hemisferio norte habitual, a saber, ISCB África (2010: Bamako , Malí ; 2011: Ciudad del Cabo , Sudáfrica ; 2013: Túnez , Túnez ) en cooperación con la Sociedad Africana de Bioinformática y Biología Computacional , ISCB Latinoamérica (2010: Montevideo , Uruguay ; 2012: Santiago de Chile , Chile ; 2014: Río de Janeiro , Brasil ), y más recientemente ISCB Asia (2011: Kuala Lumpur , Malasia ; 2012: Shen Zhen , China ). [25]
Rost también ha sido coorganizador de las reuniones de Evaluación crítica de la predicción de la estructura de las proteínas (CASP) de 2002 a 2008 (CASP4-CASP8).
Premios y honores
Rost fue galardonado con la cátedra de la Fundación Alexander von Humboldt en 2009. Fue nombrado miembro de la ISCB en 2015. [26] En 2016, recibió la contribución sobresaliente a la ISCB. [25]
Referencias
- ↑ a b c Rost, Burkhard (1994). Neuronale Netzwerke und evolutionäre Información: verbesserte Vorhersage der Sekundärstruktur von Proteinen (tesis doctoral). Universidad de Heidelberg. OCLC 311916999 .
- ^ a b c Rost, B .; Yachdav, G .; Liu, J. (2004). "El servidor PredictProtein" . Investigación de ácidos nucleicos . 32 (Problema del servidor web): W321 – W326. doi : 10.1093 / nar / gkh377 . PMC 441515 . PMID 15215403 .
- ^ "Hochdotierte Humboldt-Professur für neuen TUM-Spitzenforscher" [Cátedra Humboldt altamente dotada para nuevo investigador superior de TUM] (en alemán). 15 de octubre de 2008 . Consultado el 21 de mayo de 2021 .
- ^ Categoría: Miembros de la Sociedad Internacional de Biología Computacional
- ^ Radivojac, P .; Clark, WT; Oron, TR; Schnoes, AM; Wittkop, T .; Sokolov, A .; Graim, K .; Funk, C .; Verspoor, K .; Ben-Hur, A .; Pandey, G .; Yunes, JM; Talwalkar, AS; Repo, S .; Souza, ML; Piovesan, D .; Casadio, R .; Wang, Z .; Cheng, J .; Fang, H .; Gough, J .; Koskinen, P .; Törönen, P .; Nokso-Koivisto, J .; Holm, L .; Cozzetto, D .; Buchan, DWA; Bryson, K .; Jones, DT; et al. (2013). "Una evaluación a gran escala de la predicción de la función de la proteína computacional" . Métodos de la naturaleza . 10 (3): 221-227. doi : 10.1038 / nmeth.2340 . PMC 3584181 . PMID 23353650 .
- ^ a b c Publicaciones de Burkhard Rost indexadas por Google Scholar
- ^ Rost, B .; Sander, C. (1994). "Combinando información evolutiva y redes neuronales para predecir la estructura secundaria de proteínas". Proteínas: estructura, función y genética . 19 (1): 55–72. doi : 10.1002 / prot.340190108 . PMID 8066087 . S2CID 15203189 .
- ^ Rost, B .; Sander, C. (1993). "Predicción de la estructura secundaria de la proteína con una precisión superior al 70%". Revista de Biología Molecular . 232 (2): 584–599. CiteSeerX 10.1.1.17.1418 . doi : 10.1006 / jmbi.1993.1413 . PMID 8345525 .
- ^ a b Rost, B .; Sander, C. (1992). "Vuelve el jurado sobre la predicción de la estructura". Naturaleza . 360 (6404): 540. Bibcode : 1992Natur.360..540R . doi : 10.1038 / 360540b0 . PMID 1281284 . S2CID 4234785 .
- ^ "¡Bienvenido al Rostlab! | ROSTLAB.ORG" . www.rostlab.org . Consultado el 21 de mayo de 2021 .
- ^ a b Burkhard Rost en el servidor de bibliografía DBLP
- ^ a b Lista de publicaciones de Microsoft Academic
- ^ a b Publicaciones de Burkhard Rost indexadas por la base de datos bibliográfica Scopus . (requiere suscripción)
- ^ Rost, B. (1999). "Zona crepuscular de alineamientos de secuencias de proteínas" . Ingeniería de proteínas . 12 (2): 85–94. doi : 10.1093 / proteína / 12.2.85 . PMID 10195279 .
- ^ Bateman, A .; Kelso, J .; Mietchen, D .; MacIntyre, G .; Di Domenico, TS; Abeel, T .; Logan, DW; Radivojac, P .; Rost, B. (2013). "Concurso de Wikipedia de Biología Computacional ISCB" . PLOS Biología Computacional . 9 (9): e1003242. Código Bibliográfico : 2013PLSCB ... 9E3242B . doi : 10.1371 / journal.pcbi.1003242 . PMC 3777890 . PMID 24068913 .
- ^ "Bienvenidos al Rostlab" . rostlab.org. Archivado desde el original el 21 de diciembre de 2014.
- ^ Rost, B. (1996). PHD: Predicción de la estructura de proteínas unidimensionales mediante redes neuronales basadas en perfiles . Métodos en enzimología . 266 . págs. 525–539. doi : 10.1016 / s0076-6879 (96) 66033-9 . ISBN 9780121821678. PMID 8743704 .
- ^ Liu, J .; Rost, B. (1 de julio de 2004). "CHOP: análisis sintáctico de proteínas en dominios estructurales" . Investigación de ácidos nucleicos . 32 (servidor web): W569 – W571. doi : 10.1093 / nar / gkh481 .
- ^ Chen, YH; Hu, L .; Punta, M .; Bruni, R .; Hillerich, B .; Kloss, B .; Rost, B .; Con amor, J .; Siegelbaum, SA; Hendrickson, WA (2010). "Estructura homóloga del canal aniónico SLAC1 para el cierre de estomas en hojas" . Naturaleza . 467 (7319): 1074–1080. Código Bib : 2010Natur.467.1074C . doi : 10.1038 / nature09487 . PMC 3548404 . PMID 20981093 .
- ^ Cao, Y; Jin, X; Huang, H; Derebe, MG; Levin, EJ; Kabaleeswaran, V; Pan, Y; Punta, M; Con amor, J; Weng, J; Rápido, M; Sí; Kloss, B; Bruni, R; Martínez-Hackert, E; Hendrickson, WA; Rost, B; Javitch, JA; Rajashankar, KR; Jiang, Y; Zhou, M (2011). "Estructura cristalina de un transportador de iones de potasio, TrkH" . Naturaleza . 471 (7338): 336–40. Código Bibliográfico : 2011Natur.471..336C . doi : 10.1038 / nature09731 . PMC 3077569 . PMID 21317882 .
- ^ Cao, Y .; Jin, X .; Levin, EJ; Huang, H .; Zong, Y .; Rápido, M .; Weng, J .; Pan, Y .; Con amor, J .; Punta, M .; Rost, B .; Hendrickson, WA; Javitch, JA; Rajashankar, KR; Zhou, M. (2011). "Estructura cristalina de un transportador de sacáridos acoplado a fosforilación" . Naturaleza . 473 (7345): 50–54. Código Bib : 2011Natur.473 ... 50C . doi : 10.1038 / nature09939 . PMC 3201810 . PMID 21471968 .
- ^ Carninci, P; Kasukawa, T; Katayama, S; Gough, J ; Frith, MC; Maeda, N; Oyama, R; Ravasi, T; Lenhard, B; Wells, C; Kodzius, R; Shimokawa, K; Bajic, VB; Brenner, SE ; Batalov, S; Forrest, AR; Zavolan, M; Davis, MJ; Wilming, LG; Aidinis, V; Allen, JE; Ambesi-Impiombato, A; Apweiler, R ; Aturaliya, RN; Bailey, TL; Bansal, M; Baxter, L; Beisel, KW; Bersano, T; et al. (2005). "El paisaje transcripcional del genoma de los mamíferos". Ciencia . 309 (5740): 1559–63. Código bibliográfico : 2005Sci ... 309.1559F . doi : 10.1126 / science.1112014 . PMID 16141072 . S2CID 8712839 .
- ^ Liu, J .; Gough, J .; Rost, B. (2006). "Distinguir la codificación de proteínas de los ARN no codificantes a través de máquinas de vectores de soporte" . PLOS Genetics . 2 (4): e29. doi : 10.1371 / journal.pgen.0020029 . PMC 1449884 . PMID 16683024 .
- ^ Linial, M .; Mesirov, JP; Morrison Mckay, BJ; Rost, B. (2008). "ISMB 2008 Toronto" . PLOS Biología Computacional . 4 (6): e1000094. Código Bibliográfico : 2008PLSCB ... 4E0094L . doi : 10.1371 / journal.pcbi.1000094 . PMC 2427177 . PMID 18584023 .
- ^ a b "Contribución excepcional de 2016 a ISCB: Burkhard Rost" . www.iscb.org . Consultado el 21 de mayo de 2021 .
- ^ "Conozca la clase de becarios ISCB de 2015" . Sociedad Internacional de Biología Computacional. Archivado desde el original el 20 de febrero de 2015.
enlaces externos
- Sitio web de Rostlab
- Burkhard Rost en TEDx : salud personalizada: aprovechar el poder de la diversidad TEDx )
- Premio Alexander von Humboldt
Precedido por Michael Gribskov | Presidente de la Sociedad Internacional de Biología Computacional 2007 - 2015 | Sucedido por Alfonso Valencia |