El Chemistry Development Kit ( CDK ) es un software de computadora , una biblioteca en el lenguaje de programación Java , para quimioinformática y bioinformática . [4] [5] Está disponible para Windows , Linux , Unix y macOS . Es un software gratuito y de código abierto distribuido bajo la GNU Lesser General Public License (LGPL) 2.0.
Autor (es) original (es) | Christoph Steinbeck , Egon Willighagen y Dan Gezelter |
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Desarrollador (es) | El proyecto CDK |
Versión inicial | 11 de mayo de 2001 [1] |
Lanzamiento estable | 2.3 [2] (9 de agosto de 2019 ) [±] |
Versión de vista previa | 2.2 [3] (30 de octubre de 2018 ) [±] |
Repositorio | github |
Escrito en | Java |
Sistema operativo | Windows , Linux , Unix , macOS |
Plataforma | IA-32 , x86-64 |
Disponible en | inglés |
Tipo | Quimioinformática , modelado molecular , bioinformática |
Licencia | LGPL 2.0 |
Sitio web | cdk |
Historia
El CDK fue creado por Christoph Steinbeck , Egon Willighagen y Dan Gezelter, entonces desarrolladores de Jmol y JChemPaint , para proporcionar una base de código común, del 27 al 29 de septiembre de 2000 en la Universidad de Notre Dame . La primera publicación del código fuente se realizó el 11 de mayo de 2011. [6] Desde entonces, más de 100 personas han contribuido al proyecto, [7] dando lugar a un rico conjunto de funciones, como se indica a continuación. Entre 2004 y 2007, CDK News fue el boletín del proyecto del cual todos los artículos están disponibles en un archivo público. [8] Debido a una tasa inestable de contribuciones, el boletín se suspendió.
Idioma | inglés |
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Editado por | Egon Willighagen y Christoph Steinbeck |
Detalles de la publicación | |
Historia | 2004-2007 |
Abreviaturas estándarISO 4 ( alt ) · Bluebook ( alt1 · alt2 ) NLM ( alt ) · MathSciNet ( alt ) | |
ISO 4 | Noticias CDK |
IndexaciónCODEN · JSTOR ( alt ) · LCCN ( alt ) MIAR · NLM ( alt ) · Scopus | |
ISSN | 1614-7553 |
Más tarde, se introdujeron las pruebas unitarias, la verificación de la calidad del código y la validación de Javadoc . Rajarshi Guha desarrolló un sistema de construcción nocturno, llamado Nightly, que todavía funciona en la Universidad de Uppsala . [9] En 2012, el proyecto se convirtió en un apoyo de InChI Trust , para fomentar el desarrollo continuo. La biblioteca utiliza JNI-InChI [10] para generar identificadores químicos internacionales (InChI). [11] En abril de 2013, John Mayfield (né May) se unió a las filas de los administradores de versiones del CDK, para manejar la rama de desarrollo. [12]
Biblioteca
El CDK es una biblioteca, en lugar de un programa de usuario. Sin embargo, se ha integrado en varios entornos para que sus funciones estén disponibles. CDK se utiliza actualmente en varias aplicaciones, incluido el lenguaje de programación R , [13] CDK-Taverna (un complemento de banco de trabajo de Taverna ), [14] Bioclipse , PaDEL, [15] y Cinfony. [16] Además, existen extensiones CDK para Konstanz Information Miner ( KNIME ) [17] y para Excel , llamadas LICSS ( [1] ). [18]
En 2008, se eliminaron de la biblioteca fragmentos de código con licencia GPL. Si bien esos bits de código eran independientes de la biblioteca principal de CDK, y no se involucró el copylefting, para reducir las confusiones entre los usuarios, se creó una instancia del proyecto ChemoJava. [19]
Características principales
Quimioinformática
- Editor y generador de moléculas 2D
- Generación de geometría 3D
- anillo de hallazgo [20] [21]
- búsqueda de subestructura utilizando estructuras exactas y especificación de destino arbitraria Smiles (SMARTS) como lenguaje de consulta
- Cálculo del descriptor QSAR [22]
- cálculo de huellas dactilares, incluidas las huellas dactilares ECFP y FCFP [23]
- cálculos de campo de fuerza
- muchos formatos de archivos químicos de entrada-salida , incluido el sistema simplificado de entrada de línea de entrada molecular (SMILES), el lenguaje de marcado químico (CML) y el archivo de tabla química (MDL)
- generadores de estructuras [24]
- Soporte de identificador químico internacional , a través de JNI-InChI
Bioinformática
- detección de sitio activo de proteínas
- detección de ligandos afines [25]
- identificación de metabolitos [26]
- bases de datos de ruta
- Descriptores de proteínas 2D y 3D [27]
General
- Envoltorio de Python ; ver Cinfony
- Envoltorio de rubí
- comunidad de usuarios activa
Ver también
- Bioclipse : un banco de trabajo de quimio-bioinformática basado en Eclipse-RCP
- Obelisco azul
- JChemPaint : aplicación, subprograma y editor de moléculas Java 2D
- Jmol : renderizador, subprograma y aplicación Java 3D
- JOELib : versión Java de Open Babel , OELib
- Lista de paquetes de software gratuitos y de código abierto
- Lista de software para el modelado de mecánica molecular
Referencias
- ^ https://sourceforge.net/projects/cdk/files/OldFiles/
- ^ "cdk / cdk: CDK 2.3". ZENODO . 2019-08-09. doi : 10.5281 / zenodo.3364510 .
- ^ Mayfield, John; Willighagen, Egon; Ujihara, Kazuya; Rahman, Syed Asad; Alvarsson, Jonathan; Gražulis, Saulius; Szisz, Daniel; Williamson, Mark J .; Kochev, Nikolay; Jeliazkova, Nina; Bach, Eric; Berg, Arvid; Clark, Alex; Stephan, Ralf; Wenk, Michael; Stueker, Oliver; Jönsson, Klas; Burgoon, Lyle; Katsubo, Dmitry; Köhler, Uli; Harmon, Cyrus (30 de octubre de 2018). "Cdk / Cdk: Cdk 2.2". Zenodo . doi : 10.5281 / zenodo.1474247 .
- ^ Steinbeck, C .; Han, YQ; Kuhn, S .; Horlacher, O .; Luttmann, E .; Willighagen, EL (2003). "El kit de desarrollo de química (CDK): una biblioteca Java de código abierto para quimio y bioinformática" . Revista de Información Química y Ciencias de la Computación . 43 (2): 493–500. doi : 10.1021 / ci025584y . PMC 4901983 . PMID 12653513 .
- ^ Willighagen, Egon L .; Mayfield, John W .; Alvarsson, Jonathan; Berg, Arvid; Carlsson, Lars; Jeliazkova, Nina; Kuhn, Stefan; Pluskal, Tomáš; Rojas-Chertó, Miquel (6 de junio de 2017). "El kit de desarrollo de química (CDK) v2.0: tipificación de átomos, representación, fórmulas moleculares y búsqueda de subestructura" . Revista de Cheminformatics . 9 (1): 33. doi : 10.1186 / s13321-017-0220-4 . ISSN 1758-2946 . PMC 5461230 . PMID 29086040 .
- ^ http://sourceforge.net/projects/cdk/files/OldFiles/
- ^ https://github.com/cdk/cdk/blob/master/AUTHORS.txt
- ^ https://sourceforge.net/projects/cdk/files/CDK%20News/
- ^ "Copia archivada" . Archivado desde el original el 24 de mayo de 2013 . Consultado el 5 de agosto de 2013 .Mantenimiento de CS1: copia archivada como título ( enlace )
- ^ http://jni-inchi.sourceforge.net/
- ^ Spjuth, O .; Berg, A .; Adams, S .; Willighagen, EL (2013). "Aplicaciones del InChI en quimioinformática con el CDK y Bioclipse" . Revista de Cheminformatics . 5 (1): 14. doi : 10.1186 / 1758-2946-5-14 . PMC 3674901 . PMID 23497723 .
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enlaces externos
- Página web oficial
- Wiki de CDK - el wiki de la comunidad
- Planet CDK - un blog planeta
- Página de Google+ de CDK
- OpenScience.org