Las nucleasas quiméricas son un ejemplo de proteínas diseñadas que deben comprender un dominio de unión al ADN para dar especificidad de secuencia y un dominio de nucleasa para la escisión del ADN .
Los dominios de unión al ADN, incluidos los motivos básicos hélice-bucle-hélice , dedo de cinc , hélice-giro-hélice y cremallera de leucina , se han utilizado en la construcción de nucleasas específicas de secuencia. De estos, se ha sugerido que los dedos de zinc son los más importantes debido a su modularidad, lo que permite la construcción de un dominio de unión al ADN hecho a medida. [1]
El dominio de nucleasa es responsable de la escisión física de las cadenas de ADN y puede introducir roturas de cadena simple o doble. FokI es un ejemplo de una endonucleasa específica de secuencia cuyo dominio de nucleasa no específico introduce roturas de doble cadena y se ha utilizado en una variedad de experimentos que incluyen la identificación de sitios de unión de alta y baja afinidad de factores de transcripción in vitro , para estudiar el reclutamiento de factores a los sitios promotores in vivo utilizando la identificación de la posición de la proteína con un ensayo de cola de nucleasa y para estudiar proteínas específicas para la interacción con el ADN en la conformación Z-DNA (Durai et al., 2005 y referencias allí).