La filtración C 0 t , o CF , es una técnica que utiliza los principios de la cinética de renaturalización del ADN ( es decir, el análisis Cot ) para separar las secuencias repetitivas de ADN que dominan muchos genomas eucarióticos de las secuencias "ricas en genes" de copia única/baja . [1] [2] Esto permite que la secuenciación del ADN se concentre en las partes del genoma que son más informativas e interesantes.
Brevemente, cuando el ADN genómico cortado en solución se calienta a una temperatura cercana a la de ebullición , las fuerzas moleculares que mantienen unidos los pares de bases complementarias se interrumpen y las dos hebras de cada doble hélice se disocian o 'desnaturalizan'. Si el ADN desnaturalizado se devuelve lentamente a una temperatura más fría , las secuencias comenzarán a "reasociarse" (renaturalizarse) con cadenas complementarias.
La temperatura a la que se produce la renaturalización se puede regular de modo que se tolere poco o ningún desajuste de secuencia. La velocidad a la que una secuencia encuentra una hebra complementaria con la que hibridar está directamente relacionada con la frecuencia de esa secuencia en el genoma. En otras palabras, aquellas secuencias que son extremadamente abundantes (en promedio) encuentran cadenas complementarias con las que emparejarse relativamente rápido, mientras que las secuencias de una sola copia tardan mucho más en encontrar complementos.
En la FQ, el ADN genómico se desnaturaliza con calor y se le permite renaturalizarse a un valor de Cot (Cot = concentración de ADN x tiempo x factor basado en la concentración de cationes del tampón) en el que la mayoría de los elementos repetitivos se han vuelto a asociar, pero con una copia única y baja. los elementos permanecen monocatenarios. El ADN repetitivo de doble cadena se separa del ADN de una sola cadena con pocas copias mediante cromatografía de hidroxiapatita u otros medios.
CF permite que las secuencias de copia única/baja y las secuencias repetitivas de un genoma se estudien independientemente unas de otras. También se puede utilizar para fraccionar ADN altamente repetitivo a partir de secuencias moderadamente repetitivas o para fraccionar aún más componentes cinéticos aislados. CF se realiza con mayor precisión si el fraccionamiento se basa en los resultados de un análisis de Cot.