Motivo de secuencia
En biología, un motivo de secuencia es un patrón de secuencia de nucleótidos o aminoácidos que está muy extendido y generalmente se asume que está relacionado con la función biológica de la macromolécula. Por ejemplo, un motivo de sitio de N -glicosilación puede definirse como Asn, seguido de cualquier cosa menos Pro, seguido de Ser o Thr, seguido de cualquier resto menos Pro .
Cuando un motivo de secuencia aparece en el exón de un gen , puede codificar el " motivo estructural " de una proteína ; ese es un elemento estereotipado de la estructura general de la proteína. Sin embargo, los motivos no necesitan estar asociados con una estructura secundaria distintiva . " No codificante secuencias" no se traducen en proteínas, y ácidos nucleicos con tales motivos no necesitan se desvían de la forma típica (por ejemplo, el "B-forma" doble hélice de ADN ).
Fuera de los exones de genes, existen motivos de secuencia reguladora y motivos dentro de la " basura ", como el ADN satélite . Se cree que algunos de estos afectan la forma de los ácidos nucleicos (ver, por ejemplo, autoempalme de ARN ), pero este es solo el caso a veces. Por ejemplo, muchas proteínas de unión al ADN que tienen afinidad por sitios específicos de unión al ADN se unen al ADN solo en su forma de doble hélice. Son capaces de reconocer motivos a través del contacto con el surco mayor o menor de la doble hélice.
Motivos de codificación corto, que parecen carecer de la estructura secundaria, incluyen los que la etiqueta proteínas para la entrega a partes particulares de una célula , o marcarlos para la fosforilación .
Dentro de una secuencia o base de datos de secuencias, los investigadores buscan y encuentran motivos utilizando técnicas informáticas de análisis de secuencias , como BLAST . Estas técnicas pertenecen a la disciplina de la bioinformática . Ver también secuencia de consenso .
Este patrón se puede escribir como N{P}[ST]{P}donde N= Asn, P= Pro, S= Ser, T= Thr; {X}significa cualquier aminoácido excepto X; y [XY]significa una Xo la otra Y.
