En espectrometría de masas , la adquisición independiente de datos ( DIA ) es un método de determinación de la estructura molecular en el que todos los iones dentro de un rango m / z seleccionado se fragmentan y analizan en una segunda etapa de espectrometría de masas en tándem . [1] [2] Los espectros de masas en tándem se adquieren fragmentando todos los iones que entran en el espectrómetro de masas en un momento dado (llamado DIA de banda ancha) o aislando y fragmentando secuencialmente rangos de m / z . [3] DIA es una alternativa a la adquisición dependiente de datos (DDA) en la que se selecciona y analiza un número fijo de iones precursores mediante espectrometría de masas en tándem..
Banda ancha
Uno de los primeros enfoques de DIA fue un método de disociación de boquilla-skimmer llamado disociación inducida por colisión de escopeta (CID). [4] [5] La fragmentación puede estar en la fuente de iones del espectrómetro de masas aumentando el voltaje de la boquilla-skimmer en la ionización por electropulverización .
MS E es una técnica DIA de banda ancha que utiliza CID de baja energía y CID de alta energía alternos. El CID de baja energía se utiliza para adquirir espectros de masas de iones precursores, mientras que el CID de alta energía se utiliza para obtener información de iones de producto mediante espectrometría de masas en tándem. [5]
Análisis de los datos
El análisis de datos es generalmente un desafío para los métodos DIA ya que los espectros de iones de fragmentos resultantes están altamente multiplexados. En los espectros DIA, por lo tanto, se pierde la relación directa entre un ión precursor y sus iones de fragmentos, ya que los iones de fragmentos en los espectros de DIA pueden resultar potencialmente de múltiples iones precursores (cualquier ión precursor presente en el rango m / z del que se derivó el espectro de DIA) .
Un enfoque para el análisis de datos DIA intenta utilizar motores de búsqueda basados en bases de datos utilizados en la adquisición dependiente de datos para buscar los espectros multiplexados producidos. [4] [6] Este enfoque puede mejorarse asignando iones de fragmentos individuales a iones precursores observados en barridos de iones precursores, utilizando el perfil de elución de los iones de fragmentos y los iones precursores, y luego buscando los "pseudo-espectros" resultantes. [5]
Un segundo enfoque para el análisis de datos DIA se basa en un análisis dirigido, también conocido como SWATH-MS (Adquisición secuencial en ventana de todos los espectros de masa de iones de fragmentos teóricos). [7] Este enfoque utiliza la extracción dirigida de trazas de iones de fragmentos directamente para la identificación y cuantificación sin un intento explícito de demultiplexar los espectros de iones de fragmentos DIA.
Ver también
Referencias
- ^ Doerr, Allison (2014). "Espectrometría de masas DIA". Métodos de la naturaleza . 12 (1): 35–35. doi : 10.1038 / nmeth.3234 . ISSN 1548-7091 .
- ^ Law, Kai Pong; Lim, Yoon Pin (2014). "Avances recientes en espectrometría de masas: análisis independiente de datos y monitoreo de hiperreacción". Revisión de expertos de proteómica . 10 (6): 551–566. doi : 10.1586 / 14789450.2013.858022 . ISSN 1478-9450 . PMID 24206228 .
- ^ Chapman, John D .; Goodlett, David R .; Masselon, Christophe D. (2014). "Espectrometría de masas en tándem multiplexada e independiente de datos para la elaboración de perfiles de proteoma global". Revisiones de espectrometría de masas . 33 (6): 452–470. doi : 10.1002 / mas.21400 . ISSN 0277-7037 .
- ^ a b Purvine, Samuel; Eppel, Jason-Thomas; Yi, Eugene C .; Goodlett, David R. (2003). "Disociación de péptidos inducida por colisión de escopeta usando un analizador de masas de tiempo de vuelo". Proteómica . 3 (6): 847–850. doi : 10.1002 / pmic.200300362 . ISSN 1615-9853 .
- ^ a b c Plumb, Robert S .; Johnson, Kelly A .; Rainville, Paul; Smith, Brian W .; Wilson, Ian D .; Castro-Pérez, José M .; Nicholson, Jeremy K. (2006). "UPLC / MSE; un nuevo enfoque para generar información de fragmentos moleculares para elucidación de la estructura de biomarcadores". Comunicaciones rápidas en espectrometría de masas . 20 (13): 1989-1994. doi : 10.1002 / rcm.2550 . ISSN 0951-4198 .
- ^ Venable JD, Dong MQ, Wohlschlegel J, Dillin A, Yates JR (2004). "Enfoque automatizado para el análisis cuantitativo de mezclas de péptidos complejos de espectros de masas en tándem". Nat. Métodos . 1 (1): 39–45. doi : 10.1038 / nmeth705 . PMID 15782151 .
- ^ Gillet LC, Navarro P, Tate S, Röst H, Selevsek N, Reiter L, Bonner R, Aebersold R (2012). "Extracción de datos dirigida de los espectros de MS / MS generados por adquisición independiente de datos: un nuevo concepto para el análisis de proteoma consistente y preciso" . Mol. Célula. Proteómica . 11 (6): O111.016717. doi : 10.1074 / mcp.O111.016717 . PMC 3433915 . PMID 22261725 .
Otras lecturas
- Bilbao, Aivett; Varesio, Emmanuel; Luban, Jeremy; Strambio-De-Castillia, Caterina; Hopfgartner, Gérard; Müller, Markus; Lisacek, Frédérique (2015). "Estrategias de procesamiento y soluciones de software para la adquisición independiente de datos en espectrometría de masas". Proteómica . 15 (5–6): 964–980. doi : 10.1002 / pmic.201400323 . ISSN 1615-9853 .