David Baker (nacido el 6 de octubre de 1962 en Seattle, Washington [3] es un bioquímico y biólogo computacional estadounidense que ha sido pionero en métodos para predecir y diseñar las estructuras tridimensionales de las proteínas . profesor adjunto de Ciencias del Genoma, Bioingeniería, Ingeniería Química, Ciencias de la Computación y Física en la Universidad de Washington . Se desempeña como Director de Rosetta Commons, un consorcio de laboratorios e investigadores que desarrollan software de diseño y predicción de estructuras biomoleculares. aInvestigador del Instituto Médico Howard Hughes y miembro de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos . También es director del Instituto de Diseño de Proteínas de la Universidad de Washington . [4]
David Baker | |
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Nació | 6 de octubre de 1962 |
alma mater | |
Conocido por | |
Esposos) | Hannele Ruohola-Baker |
Premios | |
Carrera científica | |
Campos | biólogo computacional |
Instituciones | |
Asesor de doctorado | Randy Schekman |
Otros asesores académicos | David Agard |
Estudiantes de doctorado | Richard Bonneau |
Otros estudiantes notables | Brian Kuhlman , Tanja Kortemme |
Sitio web | www |
La vida
Baker hizo su trabajo de posgrado en bioquímica en la Universidad de California, Berkeley en el laboratorio de Randy Schekman , donde trabajó predominantemente en el transporte de proteínas y el tráfico de levadura . Hizo su trabajo postdoctoral con David Agard de la Universidad de California, San Francisco .
Por su trabajo en el plegamiento de proteínas, Baker recibió el Premio Internacional Sackler de Biofísica 2008 [5] y el Premio Breakthrough 2021 en Ciencias de la Vida . [6]
Baker fue elegido miembro de la Academia Estadounidense de Artes y Ciencias en 2009. [7] Está casado con Hannele Ruohola-Baker , otra bioquímica de la Universidad de Washington. Ellos tienen dos niños.
Carrera profesional
El grupo de Baker desarrolló el algoritmo Rosetta para la predicción ab initio de la estructura de la proteína , que se ha extendido a un proyecto de computación distribuida llamado Rosetta @ Home [8] [9] y Foldit . [10] [11] El proyecto tiene como objetivo producir modelos estructurales para complejos de proteínas , así como cadenas polipeptídicas individuales. El grupo se especializa en el experimento de predicción de la estructura CASP utilizando métodos ab initio , que incluyen variantes tanto asistidas manualmente como automatizadas del protocolo Rosetta. [12] [13]
Los miembros de su grupo están activos en el campo del diseño de proteínas ; [14] se destacan por diseñar una proteína, conocida como Top7 , con un pliegue completamente nuevo. [15]
Aunque es conocido principalmente por el desarrollo de métodos para la predicción computacional de la estructura y función de las proteínas, también está interesado en el uso de métodos computacionales para impulsar la evaluación experimental de la biología; su laboratorio mantiene un grupo de bioquímica experimental activo. También formó parte del jurado de Ciencias de la Vida para el Premio Infosys en 2016.
Apariciones
En diciembre de 2018, Baker habló en la conferencia "Antibody Engineering and Therapeutics" en San Diego, California . [dieciséis]
En abril de 2019, Baker dio una charla TED titulada "5 desafíos que podríamos resolver diseñando nuevas proteínas" en TED2019 en Vancouver, Canadá . [17]
Referencias
- ^ "David Baker" . Fundación Arnold y Mabel Beckman . Archivado desde el original el 2 de agosto de 2018 . Consultado el 1 de agosto de 2018 .
- ^ "Instituto de diseño de proteínas gana $ 45 millones en financiación del proyecto Audacious de TED" . 2019-04-17.
- ^ Howes, Laura. "Arreglador de proteínas, emprendedor en serie y constructor de comunidades". Noticias de Química e Ingeniería . 97 (30).
- ^ "UW para establecer el Instituto de diseño de proteínas - Instituto de diseño de proteínas" . Consultado el 14 de enero de 2019 .
- ^ Leila Gray (24 de noviembre de 2008). "El bioquímico de la Universidad de Washington David Baker para recibir el premio internacional Sackler 2008 en biofísica por sus descubrimientos en el plegamiento de proteínas" . Universidad de Washington . Consultado el 29 de abril de 2013 .
- ^ Premio Breakthrough en Ciencias de la Vida 2021
- ^ "Libro de Miembros, 1780-2010: Capítulo B" (PDF) . Academia Estadounidense de Artes y Ciencias . Consultado el 5 de mayo de 2011 .
- ^ Castillo, Oscar; Melin, Patricia; Kacprzyk, Janusz, eds. (2018). Aumento de lógica difusa de algoritmos neuronales y de optimización: aspectos teóricos y aplicaciones reales . Saltador. pag. 455. ISBN 9783319710075. Consultado el 2 de agosto de 2018 .
- ^ Bonneau, Richard; Ruczinski, Ingo; Tsai, Jerry; Baker, David (agosto de 2002). "Orden de contacto y predicción de estructura proteica ab initio" . Ciencia de las proteínas . 11 (8): 1937-1944. doi : 10.1110 / ps.3790102 . PMC 2373674 . PMID 12142448 .
- ^ Mano, E. (2010). "Ciencia ciudadana: Poder popular" . Naturaleza . 466 (7307): 685–687. doi : 10.1038 / 466685a . PMID 20686547 .
- ^ Cooper, S .; Khatib, F .; Treuille, A .; Barbero, J .; Lee, J .; Beenen, M .; Leaver-Fay, A .; Baker, D .; Popović, Z .; Jugadores, F. (2010). "Predicción de estructuras de proteínas con un juego online multijugador" . Naturaleza . 466 (7307): 756–760. Código Bibliográfico : 2010Natur.466..756C . doi : 10.1038 / nature09304 . PMC 2956414 . PMID 20686574 .
- ^ Dimaio, F .; Terwilliger, TC; Leer, RJ ; Wlodawer, A .; Oberdorfer, G .; Wagner, U .; Valkov, E .; Alon, A .; Fass, D .; Axelrod, HL; Das, D .; Vorobiev, SM; Iwaï, H .; Pokkuluri, PR; Baker, D. (2011). "Reemplazo molecular mejorado por optimización de la estructura de la proteína guiada por densidad y energía" . Naturaleza . 473 (7348): 540–3. Código bibliográfico : 2011Natur.473..540D . doi : 10.1038 / nature09964 . PMC 3365536 . PMID 21532589 .
- ^ Qian, B .; Raman, S .; Das, R .; Bradley, P .; McCoy, AJ; Leer, RJ ; Baker, D. (2007). "Predicción de estructuras de alta resolución y el problema de la fase cristalográfica" . Naturaleza . 450 (7167): 259–64. Código Bibliográfico : 2007Natur.450..259Q . doi : 10.1038 / nature06249 . PMC 2504711 . PMID 17934447 .
- ^ Zimmer, Carl (26 de diciembre de 2017). "Los científicos están diseñando proteínas artesanales para su cuerpo" . The New York Times . Consultado el 2 de agosto de 2018 .
- ^ Kuhlman, Brian; Dantas, Gautam; Ireton, Gregory C .; Varani, Gabriele; Stoddard, Barry L .; Baker, David (21 de noviembre de 2003). "Diseño de un nuevo pliegue de proteína globular con precisión de nivel atómico". Ciencia . 302 (5649): 1364-1368. Código Bibliográfico : 2003Sci ... 302.1364K . doi : 10.1126 / science.1089427 . PMID 14631033 . S2CID 1939390 .
- ^ "Ingeniería de anticuerpos y terapéutica" .
- ^ "5 retos que podríamos solucionar diseñando nuevas proteínas" .
enlaces externos
- Charla en línea de David Baker: "Plegamiento de proteínas de abastecimiento colectivo: Rosetta @ Home y FoldIt"
- Seminario en línea de David Baker: "Introducción al diseño de proteínas"
- Seminario en línea de David Baker: "Diseño de nuevas funciones proteicas"