La presentación diferencial (también denominada DDRT-PCR o DD-PCR ) es una técnica de laboratorio que permite a un investigador comparar e identificar cambios en la expresión génica a nivel de ARNm entre dos o más muestras de células eucariotas. [1] Fue el método más utilizado para comparar los perfiles de expresión de dos muestras de células eucariotas en la década de 1990. [1] En 2000, la visualización diferencial fue reemplazada por enfoques de microarrays de ADN . [2]
En visualización diferencial, primero todo el ARN de cada muestra se transcribe de forma inversa utilizando un conjunto de " cebadores anclados" 3 ′ (que tienen una secuencia corta de nucleótidos de desoxi-timidina al final) para crear una biblioteca de ADNc para cada muestra, seguido de PCR amplificación utilizando cebadores 3 'arbitrarios para la amplificación de la cadena de ADNc junto con cebadores 3' anclados para la amplificación de la cadena de ARN, idénticos a los utilizados para crear la biblioteca; unos cuarenta cebadores arbitrarios es el número óptimo para transcribir casi todo el ARNm. A continuación, las transcripciones resultantes se separan mediante electroforesis y se visualizan para poder compararlas. [1]El método era propenso a errores debido a que los diferentes ARNm migraron en bandas únicas, diferencias en los ARNm menos abundantes ahogados por ARNm más abundantes, [1] sensibilidad a pequeños cambios en las condiciones de cultivo celular y una tendencia a amplificar los fragmentos 3 ′ en lugar de los completos. ARNm y la necesidad de utilizar unos 300 cebadores para capturar todo el ARNm. [3] : 316–317 El método se publicó por primera vez en Science en 1992. [1] [4]
Referencias
- ^ a b c d e Peale FV, Jr; Gerritsen, ME (septiembre de 2001). "Técnicas de perfilado de genes y su aplicación en angiogénesis y desarrollo vascular" . La Revista de Patología . 195 (1): 7–19. doi : 10.1002 / ruta.888 . PMID 11568887 .
- ^ Pandey, A; Mann, M (15 de junio de 2000). "Proteómica para estudiar genes y genomas". Naturaleza . 405 (6788): 837–46. doi : 10.1038 / 35015709 . PMID 10866210 .
- ^ Reece, Richard J. (2004). Análisis de genes y genomas . Chichester: Wiley. ISBN 978-0-470-84380-2.
- ^ Liang, P; Pardee, AB (14 de agosto de 1992). "Presentación diferencial de ARN mensajero eucariota mediante la reacción en cadena de la polimerasa". Ciencia . 257 (5072): 967–71. PMID 1354393 .