En genética , una etiqueta de secuencia expresada ( EST ) es una subsecuencia corta de una secuencia de ADNc . [1] Las tecnologías ecológicamente racionales se pueden utilizar para identificar transcripciones de genes y fueron fundamentales en el descubrimiento de genes y en la determinación de secuencias de genes. [2] La identificación de tecnologías ecológicamente racionales ha avanzado rápidamente, con aproximadamente 74,2 millones de tecnologías ecológicamente racionales ahora disponibles en bases de datos públicas (por ejemplo, GenBank 1 de enero de 2013, todas las especies). Los enfoques de EST han sido reemplazados en gran medida por la secuenciación del transcriptoma y del genoma completo y la secuenciación del metagenoma.
Una EST resulta de la secuenciación de un solo disparo de un ADNc clonado . Los ADNc usados para la generación de EST son típicamente clones individuales de una biblioteca de ADNc . La secuencia resultante es un fragmento de calidad relativamente baja cuya longitud está limitada por la tecnología actual a aproximadamente 500 a 800 nucleótidos . Debido a que estos clones consisten en ADN que es complementario al ARNm, las tecnologías ecológicamente racionales representan porciones de genes expresados. Pueden representarse en bases de datos como secuencia de ADNc / ARNm o como complemento inverso del ARNm, la hebra molde .
Se pueden mapear tecnologías ecológicamente racionales en ubicaciones cromosómicas específicas utilizando técnicas de mapeo físico , como mapeo híbrido de radiación , mapeo Happy o FISH . Alternativamente, si se ha secuenciado el genoma del organismo que originó la EST, se puede alinear la secuencia de EST con ese genoma usando una computadora.
La comprensión actual del conjunto de genes humanos (a partir de 2006 [actualizar]) incluye la existencia de miles de genes basados únicamente en la evidencia EST. A este respecto, las tecnologías ecológicamente racionales se han convertido en una herramienta para refinar las transcripciones previstas para esos genes, lo que conduce a la predicción de sus productos proteicos y, en última instancia, de su función. Además, la situación en la que se obtienen esas tecnologías ecológicamente racionales (tejido, órgano, estado patológico, por ejemplo, cáncer ) proporciona información sobre las condiciones en las que actúa el gen correspondiente. Las tecnologías ecológicamente racionales contienen suficiente información para permitir el diseño de sondas precisas para microarrays de ADN que luego se pueden utilizar para determinar los perfiles de expresión génica .
Algunos autores utilizan el término "EST" para describir genes para los que existe poca o ninguna información adicional además de la etiqueta. [3]
En 1979, los equipos de Harvard y Caltech ampliaron la idea básica de hacer copias de ADN de ARNm in vitro para amplificar una biblioteca de los mismos en plásmidos bacterianos. [4]