La H de Fay y Wu es una prueba estadística creada y nombrada en honor a dos investigadores Justin Fay y Chung-I Wu. [1] El propósito de la prueba es distinguir entre una secuencia de ADN que evoluciona al azar ("neutralmente") y una que evoluciona bajo selección positiva . Esta prueba es un avance sobre la D de Tajima , [2] que se utiliza para diferenciar secuencias de evolución neutra de aquellas que evolucionan de forma no aleatoria (mediante selección direccional o selección de equilibrio , expansión o contracción demográfica o autostop genético ). La H de Fay y Wu se utiliza con frecuencia para identificar secuencias que han experimentadobarridos selectivos en su historia evolutiva.
Concepto
Imagine una secuencia de ADN que tiene muy pocos polimorfismos en sus alelos en diferentes poblaciones. Esto podría deberse a al menos tres causas:
- La secuencia está experimentando una fuerte selección negativa, por lo que cualquier nueva mutación en la secuencia es perjudicial y se elimina de inmediato, o
- La secuencia acaba de experimentar un ataque de barrido selectivo (un alelo subió a fijación / casi fijación), por lo que todos los alelos se homogeneizaron. Los polimorfismos raros que ves son muy recientes o
- Hubo un cuello de botella en la población, por lo que todos los individuos de la población se derivan de un pequeño conjunto (o uno) antepasado común.
Ahora, cuando calcule la D de Tajima usando todos los alelos en todas las poblaciones, debido a que hay un exceso de polimorfismos raros , la D de Tajima se mostrará negativa y le dirá que la secuencia particular estaba evolucionando de manera no aleatoria. Sin embargo, no sabe si esto se debe a alguna acción de selección o si hubo un barrido selectivo recientemente o debido a la expansión / contracción de la población. Para saberlo, calcula la H. de Fay y Wu [3]
La H de Fay y Wu no solo usa datos de polimorfismo poblacional, sino también datos de una especie exógena. Debido a las especies exógenas, ahora puede saber cuál era el estado ancestral del alelo antes de que se dividieran los dos linajes. Si, por ejemplo, el alelo ancestral era diferente, ahora se puede decir que hubo un barrido selectivo en esa región (también podría deberse al enlace). La magnitud del barrido selectivo se decidirá por la fuerza de H. Si el alelo era el mismo, significa que la secuencia está experimentando una selección negativa y se mantiene el estado ancestral. Por otro lado, una H cercana a 0 significa que no hay evidencia de desviación de la neutralidad .
Interpretación
Una H de Fay y Wu significativamente positiva indica un déficit de polimorfismos de nucleótido único (SNP) derivados de frecuencia moderada y alta en relación con las expectativas de equilibrio, mientras que una H de Fay y Wu negativa significativa indica un exceso de SNP derivados de alta frecuencia. [4]
Referencias
- ^ Fay, JC .; Wu, CI. (Julio de 2000). "Haciendo autostop bajo la selección darwiniana positiva" . Genética . 155 (3): 1405-13. PMC 1461156 . PMID 10880498 .
- ^ Tajima F (noviembre de 1989). "Método estadístico para probar la hipótesis de mutación neutra por polimorfismo de ADN" . Genética . 123 (3): 585–95. doi : 10.1093 / genetics / 123.3.585 . PMC 1203831 . PMID 2513255 .
- ^ Hedrick, Philip W. (2005). Genética de Poblaciones . Jones y Bartlett Learning. pag. 436. ISBN 978-0-7637-4772-5.
- ^ Sterken R, Kiekens R, Coppens E, Vercauteren I, Zabeau M, Inzé D, Flowers J, Vuylsteke M (octubre de 2009). "Un estudio de genómica de la población de los genes del ciclo celular del núcleo de Arabidopsis muestra la firma de la selección natural" . Célula vegetal . 21 (10): 2987–98. doi : 10.1105 / tpc.109.067017 . PMC 2782269 . PMID 19880799 .
Otras lecturas
- Hartl, Daniel L .; Clark, Andrew G. (2007). Principios de genética de poblaciones (4ª ed.). Asociados Sinauer. ISBN 978-0878933082.
enlaces externos
Herramientas computacionales:
- DNAsp (Windows)
- Variscan (Mac OS X, Linux, Windows)
- Paquete PopGenome R (Mac OS X, Linux, Windows)