GROMOS
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GROMOS
Desarrollador (es)Wilfred van Gunsteren. Philippe Hünenberger, Sereina Riniker y Chris Oostenbrink
Versión inicial1978 ; Hace 43 años ( 1978 )
Lanzamiento estable
GROMOS 11 v1.3.0 / mayo de 2011 ; Hace 10 años ( 2011-05 )
Escrito enFortran <= 1996,
C ++ => 2011
Sistema operativoTipo Unix
Plataformax86
Disponible eninglés
EscribeDinámica molecular
LicenciaPropiedad
Sitio webwww .gromos .net

GROningen MOlecular Simulation (GROMOS) es el nombre de un campo de fuerza para la simulación de dinámica molecular y un paquete de software relacionado . Ambos se desarrollan en la Universidad de Groningen y en el Grupo de Química Asistida por Computadora [1] en el Laboratorio de Química Física [2] en el Instituto Federal Suizo de Tecnología ( ETH Zurich ). En Groningen, Herman Berendsen participó en su desarrollo. [3]

El campo de fuerza del átomo unido se optimizó con respecto a las propiedades de fase condensada de los alcanos .

Versiones

GROMOS87

Los átomos de hidrógeno alifáticos y aromáticos se incluyeron implícitamente al representar el átomo de carbono y los átomos de hidrógeno unidos como un grupo centrado en el átomo de carbono, un campo de fuerza de átomos unidos. Los parámetros de fuerza de van der Waals se derivaron de cálculos de las estructuras cristalinas de los hidrocarburos y de los aminoácidos utilizando radios de corte cortos (0,8 nm) no enlazados. [4]

GROMOS96

En 1996, se lanzó una reescritura sustancial del paquete de software. [5] [6] El campo de fuerza también se mejoró, por ejemplo, de la siguiente manera: los grupos CH n alifáticos se representaron como átomos unidos con interacciones de van der Waals reparametrizadas sobre la base de una serie de simulaciones de dinámica molecular de alcanos líquidos modelo utilizando radios de corte no adheridos largos (1,4 nm). [7]Esta versión se perfecciona continuamente y se encuentran disponibles varios conjuntos de parámetros diferentes. GROMOS96 incluye estudios de dinámica molecular, dinámica estocástica y minimización de energía. El componente energético también formaba parte del GROMOS anterior, denominado GROMOS87. GROMOS96 fue planeado y concebido durante un tiempo de 20 meses. El paquete está compuesto por 40 programas diferentes, cada uno con una función esencial diferente. Un ejemplo de dos programas importantes dentro del GROMOS96 son PROGMT, encargado de construir la topología molecular y también PROPMT, cambiando la topología molecular clásica a la topología molecular de ruta integral.

GROMOS05

En 2005 se introdujo una versión actualizada del paquete de software [8].

GROMOS11

La versión actual de GROMOS está fechada en mayo de 2011.

Conjuntos de parámetros

Algunos de los conjuntos de parámetros de campo de fuerza que se basan en el campo de fuerza de GROMOS. La versión A se aplica a soluciones acuosas o apolares de proteínas , nucleótidos y azúcares . La versión B se aplica a moléculas aisladas (fase gaseosa).

54

  • 54A7 [9] - 53A6 se tomaron y ajustaron términos de ángulo de torsión para reproducir mejor las propensiones helicoidales, repulsión N – H alterada, C = O, nuevo grupo de carga CH 3 , parametrización de Na + y Cl - para mejorar la energía libre de hidratación y nueva inadecuada diedros.
  • 54B7 [9] - 53B6 in vacuo tomado y cambiado de la misma manera que 53A6 a 54A7.

53

  • 53A5 [10] - optimizado por primera adaptación para reproducir las propiedades termodinámicas de líquidos puros de una gama de pequeñas moléculas polares y las entalpías libres de solvatación de análogos de aminoácidos en ciclohexano, es una expansión y renumeración de 45A3.
  • 53A6 [10] - 53A5 cargas parciales tomadas y ajustadas para reproducir entalpías libres de hidratación en agua, recomendado para simulaciones de biomoléculas en agua explícita.

45

  • 45A3 [11] - adecuado para aplicar a agregados lipídicos como membranas y micelas , para sistemas mixtos de alifáticos con o sin agua, para polímeros y otros sistemas apolares que pueden interactuar con diferentes biomoléculas.
  • 45A4 [12] - 45A3 reparametrizado para mejorar la representación del ADN .

43

  • 43A1 [13]
  • 43A2 [13]

Ver también

  • GROMACS
  • Diseñador Ascalaph
  • Comparación de software para modelado de mecánica molecular
  • Comparación de implementaciones de campos de fuerza

Referencias

  1. ^ Grupo de química asistida por computadora, ETH Zurich
  2. ^ Laboratorio de Química Física, ETH Zurich
  3. ^ "Premio Berni J. Alder CECAM" . Centre européen de calcul atomique et moléculaire. Archivado desde el original el 13 de abril de 2016 . Consultado el 25 de abril de 2016 .
  4. ^ WF van Gunsteren y HJC Berendsen, Manual de biblioteca de simulación molecular de Groningen (GROMOS) , BIOMOS bv, Groningen, 1987.
  5. ^ van Gunsteren, WF; Billeter, SR; Eising, AA; Hünenberger, PH; Krüger, P .; Mark, AE; Scott, WRP; Tironi, IG Biomolecular Simulation: El manual y la guía del usuario de GROMOS96 ; vdf Hochschulverlag AG an der ETH Zürich y BIOMOS bv: Zürich, Groningen, 1996.
  6. ^ "El paquete del programa de simulación biomolecular GROMOS", WRP Scott, PH Huenenberger, IG Tironi, AE Mark, SR Billeter, J. Fennen, AE Torda, T. Huber, P. Krueger y WF van Gunsteren. J. Phys. Chem. A , 103 , 3596–3607.
  7. ^ "Un campo de fuerza GROMOS96 mejorado para hidrocarburos alifáticos en la fase condensada". Journal of Computational Chemistry 22 (11), agosto de 2001, 1205-1218 por Lukas D. Schuler, Xavier Daura, Wilfred F. van Gunsteren.
  8. ^ "El software GROMOS para simulación biomolecular: GROMOS05". Christen M, Hünenberger PH, Bakowies D, Baron R, Bürgi R, Geerke DP, Heinz TN, Kastenholz MA, Kräutler V, Oostenbrink C, Peter C, Trzesniak D, van Gunsteren WF. J Comput Chem 26 (16): 1719–51 PMID 16211540 
  9. ^ a b Schmid N., Eichenberger A., ​​Choutko A., Riniker S., Winger M., Mark A. & van Gunsteren W., "Definición y prueba de las versiones 54A7 y 54B7 del campo de fuerza de GROMOS", Biofísica europea Journal , 40 (7) , (2011), 843–856 [1] .
  10. ^ a b Oostenbrink C., Villa, A., Mark, AE y van Gunsteren, W., "Un campo de fuerza biomolecular basado en la entalpía libre de hidratación y solvatación: los conjuntos de parámetros de campo de fuerza de GROMOS 53A5 y 53A6", Journal of Computational Chemistry , 25 , (2004), 1656-1676 [2] .
  11. ^ Schuler, LD, Daura, X. y van Gusteren, WF, Un campo de fuerza GROMOS96 mejorado para hidrocarburos alifáticos en la fase condensada, Journal of Computational Chemistry 22 (11) , (2001), 1205-1218 [3] .
  12. ^ Soares, TA, Hünenberger, PH, Kastenholz, MA, Kräutler, V., Lenz, T., Lins, RD, Oostenbrink, C. y van Gunsteren, WF, Un conjunto de parámetros de ácido nucleico mejorado para el campo de fuerza de GROMOS, Journal of Computational Chemistry , 26 (7) , (2005), 725-737, [4] .
  13. ^ a b van Gunsteren, WF, Billeter, SR, Eking, AA, Hiinenberger, PH, Kriiger, P., Mark, AE, Scott, WRP y Tironi, IG, simulación biomolecular, el manual y guía del usuario GROMOS96, vdf Hochschulverlag AG an der ETH Ziirich y BIOMOS bv, Zurich, Groningen, 1996.

enlaces externos

  • Página web oficial
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