Ginés de Mafra (1493-1546) fue un explorador portugués o español que navegó a Filipinas en el siglo XVI. Mafra fue miembro de las expediciones de Fernão de Magalhães de 1519-1521 y Ruy López de Villalobos de 1542-1545.
Mafra nació en la localidad de Mafra , al norte de Lisboa, Portugal , o, según otras fuentes, en la localidad de Jérez de la Frontera , en Cádiz , Andalucía . En 1519, se convirtió en miembro de la tripulación de la expedición Magalhães. Mafra comenzó como marinero en el galeón Trinidad , el buque insignia de la armada , y estaba a bordo cuando los portugueses capturaron el buque español en Benaconora, hoy Jailolo , en las Molucas . Estuvo preso 5 meses en Ternate (20 km al sur de Benaconora), trasladado a una cárcel de Islas Banda.donde permaneció durante 4 meses. A partir de entonces, fue trasladado a Malaca durante 5 meses después de lo que lo llevaron a Cochin , India , donde languideció durante dos años. Mafra fue finalmente traído por los portugueses a Lisboa junto con miembros de su tripulación, incluidos Gonzalo Gómez de Espinosa y Hans Bergen. A su llegada a Portugal en 1526, Mafra y los miembros de su tripulación fueron encarcelados. Bergen murió en la cárcel, mientras que Espinosa fue liberado ese año. El propio Mafra fue detenido por poseer importantes documentos que incluían los libros y papeles de la Trinidad.. Los manuscritos incluían notas de navegación de Andrés de San Martín, quien era el piloto y astrólogo jefe de la flota. Más tarde fue tomada y minada por historiadores portugueses. Estos manuscritos fueron posteriormente trasladados a España durante la Unión Ibérica en 1580-1640. Las cartas fueron consultadas por varios cronistas españoles, entre ellos Antonio de Herrera y Tordesillas . Estos artículos se han perdido y ahora solo existen entre citas, referencias y citas de estos historiadores.
Después de numerosas súplicas de Mafra al emperador del Sacro Imperio Romano Germánico , Carlos V de España para que lo liberara, fue liberado a principios de 1527 y procedió inmediatamente a España. Recibió una audiencia con el emperador, después de lo cual fue directamente a Palos solo para descubrir a su esposa, Catalina Martínez del Mercado, creyendo que había muerto durante el viaje, se había vuelto a casar y vendido sus fortunas personales y propiedades de la tierra. Mafra escribió al emperador quejándose de sus problemas matrimoniales y pidiendo su intercesión para la devolución de sus posesiones. El emperador estuvo de acuerdo y ordenó que los funcionarios hicieran una investigación y que se resolviera el asunto.
Mafra vuelve al mar en 1531 y navega hacia América Central y del Sur . El gobernador de Guatemala , Pedro de Alvarado , en carta escrita el 20 de noviembre de 1536, le dice al emperador que había contratado los servicios de Mafra como piloto, quien es considerado como uno de los mejores navegantes por sus experiencias con la travesía magallánica. No está claro a dónde fue la expedición, pero la mayoría de los estudiosos creen que la flota fue a Perú .