En 1862 fundó la Società dei Naturalisti Modenesi ( Sociedad de Naturalistas de Módena ), y en 1871, la Società Veneto-Trentina di Scienze Naturali ( Trento- Sociedad Veneciana de Ciencias Naturales). Se le atribuye el establecimiento del laboratorio de bacteriología en Padua .
Canestrini realizó contribuciones en diversas disciplinas biológicas, realizando importantes investigaciones en el campo de la acarología . Fue un defensor del darwinismo y fue el responsable de traducir las obras de Darwin. En 1864, fue el primero en traducir El origen de las especies de Darwin al italiano. [1] A través de estas traducciones, Canestrini fue un factor principal en relación con la popularidad del darwinismo en la Italia del siglo XIX. Escribió Origine dell'uomo ( El origen del hombre , 1866) que defendía la ascendencia común y defendía a Darwin de las críticas a Giovanni Giuseppe Bianconi y otros, este trabajo se publicó cinco años antes de Darwin.El Descenso del Hombre . [2] Sin embargo, aunque Canestrini era partidario de muchas de las ideas de Darwin, rechazó sus teorías sobre la pangénesis y la selección sexual . [2]
Durante su carrera fue autor de casi 200 publicaciones científicas.