grid.org fue un sitio web y una comunidad en línea establecida en 2001 para usuarios de software de computación en clúster y de computación en red . Durante seis años operó varios proyectos informáticos voluntarios diferentes que permitieron a los miembros donar sus ciclos de computadora de repuesto a causas valiosas. En 2007, se convirtió en una comunidad de software de computación en red y clúster de código abierto. Después de alrededor de 2010, se redirigió a otros sitios.
Proyectos informáticos voluntarios
Desde su establecimiento en abril de 2001 hasta el 27 de abril de 2007, [1] grid.org fue el sitio web y la organización que dirigió proyectos de computación distribuida como el Proyecto de Investigación del Cáncer de Dispositivos Unidos , dirigido por Jikku Venkat, Ph.D y patrocinado filantrópicamente por United Devices (UD) y sus miembros participaron en la informática voluntaria ejecutando el software UD Agent (versión 3.0).
Cronología de los proyectos alojados en grid.org |
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Proyecto de investigación del cáncer
El Proyecto de Investigación del Cáncer de United Devices, que comenzó en 2001, buscaba posibles fármacos para el tratamiento del cáncer mediante la informática distribuida . [2] Había alrededor de 150.000 usuarios en los Estados Unidos y 170.000 en Europa junto con cientos de miles más en otras partes del mundo.
El proyecto fue una alianza de varias empresas y organizaciones: [3]
- United Devices Inc.
- Fundación Nacional para la Investigación del Cáncer
- Departamento de Química de la Universidad de Oxford
- Donantes de investigación molecular
United Devices lanzó el protector de pantalla para la investigación del cáncer bajo el principio de usar potencia informática de reserva. El programa, que podía configurarse para que se ejecutara de forma continua, utilizaba un "cribado virtual" para encontrar posibles interacciones entre moléculas y proteínas diana, es decir, un fármaco. Estas moléculas ( ligandos ) se envían al agente UD de la computadora host. Cuando estas moléculas se acoplan con éxito a una proteína diana, esta interacción se puntúa para su posterior investigación.
La investigación constó de dos fases:
- La fase 1 probó más de 3 mil millones de moléculas similares a medicamentos contra 12 proteínas que se sabía que eran dianas adecuadas para medicamentos contra el cáncer. Se utilizó el software "THINK" para la simulación de las interacciones moleculares. [4]
- La Fase 2, utilizando el software "LigandFit" desarrollado por Accelrys para modelar interacciones, buscó refinar los datos de la Fase 1 para producir una lista más manejable de fármacos candidatos para pruebas que requerirían colaboradores experimentales, incluidos algunos de la industria. [5] [6]
Proyecto de plegado del proteoma humano, fase 1
El Proyecto de plegado del proteoma humano patrocinado por IBM ("HPF"), fase 1, se anunció el 16 de noviembre de 2004 y se completó el 3 de julio de 2006. El proyecto operó simultáneamente tanto en grid.org como en World Community Grid de IBM . [7]
Hizo uso del software "Rosetta" para predecir la estructura de las proteínas humanas con el fin de ayudar a predecir la función de las proteínas. Esta información puede usarse algún día para ayudar a curar una variedad de enfermedades y defectos genéticos.
Según un anuncio en los foros de grid.org, [8] después de que se completó el proyecto HPF1, se dejó que continuara ejecutándose en grid.org hasta el 9 de agosto de 2006. [9] Durante ese tiempo, los miembros cuyas computadoras estaban configuradas para funcionar este proyecto obtuvo nuevo trabajo y gastó recursos informáticos para calcular un resultado, pero el resultado se devolvió a grid.org solo para obtener puntos; no se usó para investigación científica.
El estado del Proyecto de plegado del proteoma humano provocó cierta discusión en los foros de grid.org. La mayoría de los miembros querían ver toda la potencia informática disponible dirigida hacia el proyecto de cáncer aún activo, [9] pero el representante de la UD, Robby Brewer, afirmó que "a algunos [usuarios] les gusta el protector de pantalla". [8] [10] Como se señaló anteriormente, al final se detuvo el trabajo redundante de HPF1 en grid.org. [9]
Proyecto de viruela
El Smallpox Research Grid fue parte de la iniciativa "Patriot Grid" de United Devices para combatir el terrorismo biológico. Este proyecto ayudó a analizar posibles candidatos a fármacos para una terapia médica en la lucha contra el virus de la viruela. Hizo uso del software "LigandFit" (que ya se había utilizado en la fase 2 del proyecto de investigación del cáncer), pero con un conjunto especializado de moléculas diana que se dirigían al virus de la viruela . [11]
Los socios del proyecto fueron la Universidad de Oxford , la Universidad de Western Ontario , el Centro Oncológico Memorial Sloan-Kettering , la Universidad de Essex , Evotec OAI , Accelrys e IBM . [12]
The World Community Grid comenzó en gran parte debido al éxito de este proyecto. [ cita requerida ]
Proyecto ántrax
El Proyecto de Investigación de Ántrax fue parte de la iniciativa "Patriot Grid" de United Devices para combatir el terrorismo biológico. Hizo uso del software "LigandFit" (que ya se había utilizado en la fase 2 del proyecto de investigación del cáncer), pero con un conjunto especializado de moléculas diana que se dirigían a las etapas avanzadas de la infección bacteriana por ántrax .
El proyecto se operó desde el 22 de enero de 2002 hasta el 14 de febrero de 2002 y finalizó después de que un total de 3,57 mil millones de moléculas hubieran terminado de analizarse. Los resultados del proyecto de investigación se transmitieron a los científicos biológicos con el fin de finalizar el cribado de las simulaciones computacionales. [13]
Los socios del proyecto incluyeron la Universidad de Oxford .
Proyecto HMMER
El proyecto de investigación genética HMMER hizo uso del modelo Hidden Markov para buscar patrones en secuencias genéticas de ADN. [14]
Proyecto Webload
El proyecto de prueba de rendimiento web se operó como una oportunidad comercial con proveedores selectos de alojamiento web para ayudarlos a probar la escalabilidad de sus infraestructuras de servidor en períodos de alta demanda. [15]
Comunidad de grid de código abierto
En noviembre de 2007, Univa reposicionó grid.org como una comunidad para permitir que los usuarios interactúen y discutan temas relacionados con clústeres y redes de código abierto. [16] Permitió a los usuarios descargar, obtener soporte, contribuir e informar problemas sobre los productos de código abierto basados en Globus Toolkit ofrecidos por Univa. Se reportaron más de 100,000 visitantes únicos en 2008. [17] A mediados de 2010 se redirigió a Unicluster.org (un producto de Univa) y en 2012 se redirigió al sitio principal de Univa.
Ver también
- Lista de proyectos de computación distribuida
Referencias
- ^ "Todas las cosas buenas llegan a su fin ..." . grid.org . Consultado el 26 de abril de 2007 .[ enlace muerto ]
- ^ "Salvapantallas ayuda a luchar contra el cáncer" . Noticias de la BBC. 2001-04-03 . Consultado el 20 de agosto de 2006 .
- ^ "Participantes del proyecto de cáncer" . grid.org. Archivado desde el original el 27 de septiembre de 2007 . Consultado el 20 de agosto de 2006 .
- ^ "Piense en el cálculo de la fase 1" . Universidad de Oxford. Archivado desde el original el 27 de agosto de 2006 . Consultado el 20 de agosto de 2006 .
- ^ "LigandFit explicó" . grid.org. Archivado desde el original el 27 de septiembre de 2007 . Consultado el 20 de agosto de 2006 .
- ^ "Fase 2 del Proyecto" . Universidad de Oxford. Archivado desde el original el 24 de septiembre de 2006 . Consultado el 20 de agosto de 2006 .
- ^ "Sobre el proyecto de plegado del proteoma humano" . grid.org. 2004. Archivado desde el original el 23 de junio de 2007 . Consultado el 20 de agosto de 2006 .
- ^ a b Brewer, Robby (10 de julio de 2006). "Estado de Grid.org" . foros de grid.org. Archivado desde el original el 6 de diciembre de 2006 . Consultado el 20 de agosto de 2006 .
- ^ a b c "Asumir la responsabilidad" . foros de grid.org. 2006-07-17 . Consultado el 20 de agosto de 2006 .[ enlace muerto ]
- ^ Brewer, Robby (21 de agosto de 2006). "Estado de Grid.org" . foros de grid.org. Archivado desde el original el 6 de diciembre de 2006 . Consultado el 20 de agosto de 2006 .
- ^ "Sobre el proyecto de la viruela" . grid.org. Archivado desde el original el 27 de septiembre de 2007 . Consultado el 20 de agosto de 2006 .
- ^ "Participantes de la viruela" . grid.org. Archivado desde el original el 27 de septiembre de 2007 . Consultado el 20 de agosto de 2006 .
- ^ "El proyecto de investigación del ántrax" . grid.org. Archivado desde el original el 10 de septiembre de 2006 . Consultado el 20 de agosto de 2006 .
- ^ "Pruebas genéticas con HMMR" . grid.org. Archivado desde el original el 27 de septiembre de 2007 . Consultado el 20 de agosto de 2006 .
- ^ "Pruebas de rendimiento web" . grid.org. Archivado desde el original el 27 de septiembre de 2007 . Consultado el 20 de agosto de 2006 .
- ^ "Acerca de grid.org" . Archivado desde el original el 20 de enero de 2008 . Consultado el 11 de noviembre de 2013 .
- ^ "La comunidad de HPC de código abierto de Grid.org alcanza un hito de crecimiento" . Comunicado de prensa . Univa. 14 de enero de 2009. Archivado desde el original el 21 de enero de 2009 . Consultado el 11 de noviembre de 2013 .