Haploview [1] es un software bioinformático de uso común que está diseñado para analizar y visualizar patrones de desequilibrio de ligamiento (LD) en datos genéticos . Haploview también puede realizar estudios de asociación, eligiendo etiquetas SNP [2] y estimando frecuencias de haplotipos . Haploview es desarrollado y mantenido por el laboratorio del Dr. Mark Daly en el MIT / Harvard Broad Institute .
Actualmente, Haploview admite las siguientes funcionalidades:
- LD y análisis de bloques de haplotipos
- Estimación de la frecuencia de la población de haplotipos
- Pruebas de asociación de haplotipos y SNP únicos
- Prueba de permutación para determinar la importancia de la asociación
- Implementación del algoritmo de selección de SNP de etiquetas Tagger de Paul de Bakker
- Descarga automática de datos de genotipos por fases de HapMap
- Visualización y trazado de resultados de asociación de genoma completo PLINK, incluidas opciones de filtrado avanzadas
Referencias
- ^ Barrett JC; Fry B .; Maller J .; Daly MJ (2005). "Haploview: análisis y visualización de mapas de LD y haplotipos" . Bioinformática . 21 (2): 263–5. doi : 10.1093 / bioinformatics / bth457 . PMID 15297300 .
- ^ de Bakker PI; Yelensky R .; Pe'er I .; Gabriel SB; Daly MJ; Altshuler D. (2005). "Eficiencia y potencia en estudios de asociación genética". Genética de la naturaleza . 37 (11): 1217–23. doi : 10.1038 / ng1669 . PMID 16244653 .