La lista de herramientas de software de bioinformática se puede dividir según la licencia utilizada:
Alternativamente, aquí hay una categorización de acuerdo con el subcampo de bioinformática respectivo especializado en:
- Software de análisis de secuencia
- Lista de software de alineación de secuencias
- Lista de software de visualización de alineación
- Análisis de secuencia sin alineación
- Ensambladores de secuencia de novo
- Lista de software de predicción de genes
- Comparación de software de predicción de fusión de ADN
- Lista de software de predicción de trastornos
- Lista de herramientas de predicción de localización subcelular de proteínas
- Lista de software filogenético
- Lista de software de visualización de árboles filogenéticos
- Categoría: Metagenomics_software
- Software de biología estructural
- Lista de sistemas de gráficos moleculares
- Lista de software de acoplamiento proteína-ligando
- Lista de software de predicción de estructura de ARN
- Lista de software para la verificación de errores del modelo de proteína
- Lista de programas de predicción de estructuras secundarias de proteínas
- Lista de software de predicción de la estructura de proteínas
- Categoría: software de dinámica molecular
- Software de alineación estructural
- Otro