Harry Brookes Allen nació en Geelong, Victoria , hijo de Thomas Watts Allen. Fue educado en Flinders School , Geelong, y en 1869-1870 en Melbourne Church of England Grammar School . En el examen de matriculación de 1870 ganó las exposiciones de clásicos, matemáticas, inglés y francés. En la Universidad de Melbourne encabezó la clase en todos los años de su curso y se graduó como MB en 1876, MD en 1878 y BS en 1879.
En 1876, Allen fue nombrado demostrador en anatomía , en 1882 se convirtió en profesor de anatomía y patología, y desde principios de 1883 fue profesor en estas materias. También fue patólogo en el Hospital de Melbourne . Fue editor del Medical Journal of Australia 1879-1883, la presión del trabajo lo obligó a dejar este cargo.
Como resultado de fuertes representaciones, el gobierno de Victoria había proporcionado los fondos para un edificio para la escuela de medicina, y se le pidió a Allen que colaborara con los arquitectos del gobierno en la preparación de los planos. También logró que la colección de especímenes patológicos del Hospital de Melbourne se trasladara a la universidad, y así comenzó el museo patológico al que en adelante dedicaría mucho tiempo. Eventualmente se convirtió en una gran colección que fue invaluable en relación con la enseñanza del tema. El Museo de Anatomía y Patología Harry Brookes Allen sigue siendo un recurso valioso para los estudiantes que estudian medicina y disciplinas anatómicas relacionadas. [1]
En 1883, Allen fue nombrado miembro de la Junta Central de Salud, para lo cual elaboró un conjunto de estatutos para uso de las autoridades sanitarias locales, y realizó un valioso trabajo en relación con una investigación sobre la tuberculosis en el ganado , y también en conexión con cámaras de congelación para el comercio de carne congelada , entonces en su infancia.
En 1886, Allen se convirtió en decano de la facultad de medicina y logró introducir un plan de estudios modificado para el curso de medicina. En 1888 fue nombrado presidente de la comisión real designada para investigar el estado sanitario de Melbourne; La fiebre tifoidea era entonces común y el informe de la comisión incluía la recomendación de que se adoptara un sistema de alcantarillado por agua. Sin embargo, esto no se inició durante algunos años.
Allen fue nombrado presidente de la comisión intercolonial del conejo en 1889 a la edad de 35 años, pero su reputación ya se estaba extendiendo más allá de Victoria. Ese mismo año fue secretario general del congreso médico intercolonial, celebrado en Melbourne. Su siguiente trabajo importante fue la obtención del reconocimiento de títulos médicos de Melbourne en Gran Bretaña . La universidad solicitó al Consejo Privado del Reino Unido y Allen fue enviado a Inglaterra en 1890 para apoyar la petición. Logró convencer al consejo médico general de que el plan de estudios de Melbourne se encontraba entre los mejores que existen y se le otorgó el reconocimiento. En 1891 se casó con Ada Mason, hija de Henry Mason.