ilastik [1] es un software de código abierto gratuito y fácil de usar para la clasificación y segmentación de imágenes . No se requiere experiencia previa en procesamiento de imágenes para ejecutar el software.
Desarrollador (es) | Christoph Sommer, Christoph Straehle, Thorben Kröger, Bernhard X. Kausler, Ullrich Koethe, Fred A. Hamprecht y otros |
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Versión inicial | 2011 |
Lanzamiento estable | 1.3.3 / 7 de octubre de 2019 |
Repositorio | ![]() |
Sistema operativo | Cualquiera ( basado en Python ) |
Tipo | El procesamiento de imágenes y visión por ordenador y Aprendizaje Automático |
Licencia | GPL2 |
Sitio web | www |
Características
ilastik permite al usuario anotar un número arbitrario de clases en imágenes con una interfaz de mouse . Con estas anotaciones de usuario y las características de imagen genéricas ( no lineales ) , el usuario puede entrenar un clasificador de bosque aleatorio . ilastik tiene un módulo CellProfiler para usar clasificadores ilastik para procesar imágenes dentro de un marco CellProfiler .
Historia
ilastik fue lanzado por primera vez en 2011 por científicos del Laboratorio de Procesamiento de Imágenes de Heidelberg (HCI) de la Universidad de Heidelberg .
Solicitud
Recursos
El proyecto ilastik está alojado en GitHub . Es un proyecto colaborativo, cualquier contribución como comentarios, informes de errores, correcciones de errores o contribuciones de código son bienvenidas.
Referencias
- ^ Sommer, C; Straehle C; Koethe U; Hamprecht FA (2011). ilastik: Kit de herramientas de segmentación y aprendizaje interactivo . Simposio internacional de IEEE sobre imágenes biomédicas . págs. 230–33. doi : 10.1109 / ISBI.2011.5872394 . ISBN 978-1-4244-4127-3. S2CID 206949135 .
- ^ Straehle, C; Köthe U; Briggman K; Denk W; Hamprecht FA (2012). "Estimadores de incertidumbre de corte de cuencas hidrográficas sembradas para segmentación interactiva guiada". CVPR .
- ^ Straehle, CN; Köthe U; Knott G; Hamprecht FA (2011). "Tallado: segmentación interactiva escalable de imágenes de microscopía electrónica de volumen neural" . MICCAI . 14 (Pt 1): 653–60. doi : 10.1007 / 978-3-642-23623-5_82 . PMID 22003674 .
- ^ Kreshuk, A; Straehle CN; Sommer C; Koethe U; Cantoni M; et al. (2011). "Detección y segmentación automatizada de contactos sinápticos en imágenes de microscopía electrónica en serie casi isotrópicas" . PLOS ONE . 6 (10): e24899. doi : 10.1371 / journal.pone.0024899 . PMC 3198725 . PMID 22031814 .
- ^ Berg, Stuart; Kutra, Dominik; Kroeger, Thorben; Straehle, Christoph N .; Kausler, Bernhard X .; Haubold, Carsten; Schiegg, Martin; Ales, Janez; Beier, Thorsten; Rudy, Markus; Eren, Kemal; Cervantes, Jaime I; Xu, Buote; Beuttenmueller, Fynn; Wolny, Adrian; Zhang, Chong; Koethe, Ullrich; Hamprecht, Fred A .; Kreshuk, Anna (30 de septiembre de 2019). "ilastik: aprendizaje automático interactivo para el análisis de (bio) imágenes" . Métodos de la naturaleza . 16 (12): 1226-1232. doi : 10.1038 / s41592-019-0582-9 . PMID 31570887 . S2CID 203609613 .
enlaces externos
- Página web oficial
- ilastik en GitHub