Jalview es una pieza de software de bioinformática que se utiliza para observar y editar múltiples alineaciones de secuencias . El programa fue escrito originalmente por Michele Clamp mientras trabajaba en el grupo de Geoff Barton en la Universidad de Oxford y el Instituto Europeo de Bioinformática (EBI). [2] Jalview 2, una versión re-ingeniería producido por Andrew Waterhouse y Jim Procter mientras trabajaba en el grupo de Geoff Barton en la Facultad de Ciencias de la Vida , Universidad de Dundee , fue lanzado en 2005, [3] y su desarrollo está apoyado por el Consejo de Investigación en Biotecnología y Ciencias Biológicas (BBSRC) yBienvenidos Confianza .
Desarrollador (es) | Andrew Waterhouse, James Procter, David Martin y Geoffrey Barton en la Universidad de Dundee . Versión original de Michele Clamp, James Cuff, Stephen Searle, Geoffrey Barton. |
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Lanzamiento estable | 2.11 [1] / 4 de julio de 2019 |
Escrito en | Java |
Sistema operativo | UNIX , Linux , Mac OS X , Microsoft Windows |
Tipo | Herramienta de bioinformática |
Licencia | GPL |
Sitio web | http://www.jalview.org |
Es ampliamente utilizado por una variedad de servidores web (por ejemplo, el servidor EBI ClustalW y la base de datos de dominio de proteínas Pfam ) pero también está disponible como un editor de alineación de propósito general.
Jalview tiene una amplia gama de funciones además de la generación, visualización y edición de alineación de múltiples secuencias, incluido el cálculo de árboles filogenéticos y la visualización de estructuras moleculares. Las versiones recientes de Jalview incluyen funciones para el análisis de la variación genética de bases de datos públicas o archivos locales de formato de llamada variante (VCF). Jalview se conecta a muchos servicios web externos para importar datos y realizar cálculos.
Ver también
Referencias
- ^ "Historial de versiones" .
- ^ Clamp M, Cuff J, Searle SM, Barton GJ (febrero de 2004). "El editor de alineación Jalview Java" . Bioinformática . 20 (3): 426–7. doi : 10.1093 / bioinformatics / btg430 . PMID 14960472 .
- ^ Waterhouse AM, Procter JB, Martin DM, Clamp M, Barton GJ (mayo de 2009). "Jalview Versión 2 - un banco de trabajo de análisis y editor de alineación de múltiples secuencias" . Bioinformática . 25 (9): 1189–91. doi : 10.1093 / bioinformatics / btp033 . PMC 2672624 . PMID 19151095 .