Probablemente nativo de Gloucester , aparece por primera vez como predicador laico entre los independientes allí; en 1648 se describió a sí mismo como un predicador del evangelio, anteriormente en Gloucester y sus alrededores. Estaba familiarizado con el texto griego del Nuevo Testamento y con los comentaristas latinos, y sus sentimientos antitrinitarios eran el resultado de sus propios estudios de las Escrituras. Mencionó haber conocido a John Biddle , quien dejó Gloucester en 1646, pero no adoptó las opiniones específicas de Biddle, siendo su doctrina del tipo arriano , no sociniano . Afirma expresamente en 1668 que no había leído ninguno de los escritos de FP Socinus .
Fue interrogado por el comité parlamentario de Gloucester (¿1646?) bajo sospecha de falta de solidez en el artículo de la Trinidad, y dio una declaración escrita en la que reconoce haber "tenido algunos cuestionamientos", pero da sus razones para estar ahora satisfecho de 'la Deidad del Espíritu Santo.' Parece haber dejado Gloucester para Londres, donde se alojó con Edward Atkinson, un antitrinitario, en Aldersgate Street . Al incorporarse al ejército parlamentario, perteneció en 1648, según su propio relato, al salvavidas de Sir Thomas Fairfax . Todavía continuó predicando, publicando una defensa de 'la predicación de un hombre privado'. A principios de 1650 se convirtió en predicador público de la guarnición de Chester , en la sucesión de Samuel Eaton . El biógrafo deJohn Murcot , escribiendo en 1657, habla de Knowles como si hubiera sido 'un cometa formidable y llameante en Chester', donde 'en sermones públicos, conferencias privadas y por un manuscrito', 'negaba a Jesucristo como el Dios Altísimo'.
Knowles publicó en 1650 un breve artículo de argumentos a favor de la deidad de Cristo, enviado por Eaton a Chester desde Dukinfield , con su propia respuesta. El folleto pretende haber sido 'impreso por TN' para Gyles Calvert , el editor de teología poco ortodoxa; y en julio de 1650 John Whittell, girdler, de Milk Street, Londres, fue llevado ante el consejo de estado acusado de haber hecho que se imprimiera. Las respuestas fueron publicadas por Eaton (1650 y 1651) y por Thomas Porter de Whitchurch, Shropshire.(1651). El imprimatur del folleto de Porter, titulado 'A Serious Exercitation', está fechado el 26 de diciembre de 1650, y en ese momento Knowles era 'predicador tardío en Chester'. Parece haber regresado a Gloucester, porque el 19 de noviembre de 1650 el consejo de estado ordenó al alcalde de esa ciudad que interrogara a los testigos bajo juramento con respecto a la predicación de Knowles contra la divinidad de Cristo. Se mudó a Pershore , Worcestershire , donde vivió unos quince años como 'un ministro profeso'.
En Pershore fue detenido el 9 de abril de 1665 por Thomas Windsor Hickman, séptimo barón de Windsor , y encarcelado primero en Worcester y luego en la prisión de Gatehouse , Westminster , el 23 de mayo. Los papeles encontrados en su casa se convirtieron en la base de los cargos de herejía ; había sido invitado el 5 de junio de 1662 por H. Hed de Huntingdon para encontrarse con Christopher Crell , el antitrinitario polaco exiliado, en Oxford; el 19 de noviembre de 1664 había sido invitado a Londres por Thomas Firmin. Se interpretó que las cartas de sus amigos implicaban que estaba dispuesto a tolerar la sedición. Se pensaba que una colecta en nombre de los exiliados polacos era realmente para los rebeldes ingleses. El 23 de junio y nuevamente el 7 de julio solicitó (escribiendo también a George Monck, primer duque de Albemarle ) la libertad de salir bajo fianza, ya que la peste se estaba extendiendo por Londres. Su petición se repitió el 2 de febrero de 1666 y poco después obtuvo su libertad. Tras su liberación, se mezcló en una polémica charla con el clero londinense, que respetó su aprendizaje y sinceridad. Con su publicación en respuesta a Justification onely upon a Satisfaction (1668) de Robert Ferguson , deja de ser noticia. Un panfletista de 1698 afirma que legó libros a una biblioteca de Gloucester.