El simulador masivo paralelo atómico / molecular a gran escala ( LAMMPS ) es un programa de dinámica molecular de Sandia National Laboratories . [1] LAMMPS hace uso de la interfaz de paso de mensajes (MPI) para la comunicación en paralelo y es un software gratuito y de código abierto , distribuido bajo los términos de la Licencia Pública General GNU . [1]
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Autor (es) original (es) | Steve Plimpton, Aidan Thompson, Stan Moore, Axel Kohlmeyer, Richard Berger |
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Desarrollador (es) | Sandia National Laboratories Temple University |
Versión inicial | 1995 |
Lanzamiento estable | 29 de octubre de 2020/29 de octubre de 2020 |
Repositorio | github |
Escrito en | C ++ |
Sistema operativo | Multiplataforma : Linux , macOS , Windows , FreeBSD |
Plataforma | x86 , x86-64 |
Tamaño | 470 MB |
Disponible en | inglés |
Tipo | Dinámica molecular |
Licencia | Licencia pública general GNU |
Sitio web | lámparas |
LAMMPS se desarrolló originalmente bajo un Acuerdo de Investigación y Desarrollo Cooperativo (CRADA) entre dos laboratorios del Departamento de Energía de los Estados Unidos y otros tres laboratorios de empresas del sector privado. [1] A partir de 2016 [actualizar], es mantenido y distribuido por investigadores de Sandia National Laboratories y Temple University . [1]
Características
Para la eficiencia informática, LAMMPS utiliza listas de vecinos ( listas de Verlet ) para realizar un seguimiento de las partículas cercanas. Las listas están optimizadas para sistemas con partículas que se repelen a distancias cortas, de modo que la densidad local de partículas nunca crezca demasiado. [2]
En equipos paralelos, LAMMPS utiliza técnicas de descomposición espacial para dividir el dominio de simulación en pequeños subdominios 3d, uno de los cuales se asigna a cada procesador. Los procesadores comunican y almacenan información de átomos fantasmas para los átomos que bordean su subdominio. LAMMPS es más eficiente (en un sentido de computación paralela) para sistemas cuyas partículas llenan una caja rectangular 3D con una densidad aproximadamente uniforme.
LAMMPS también permite el espín acoplado y la dinámica molecular de forma acelerada. [3]
LAMMPS también está acoplado a muchas herramientas y motores de análisis. [4] [5] [6]
Ver también
Referencias
- ^ a b c d "Simulador de dinámica molecular de LAMMPS" . Laboratorios Nacionales Sandia . Consultado el 3 de octubre de 2010 .
- ^ Plimpton, S. (1 de mayo de 1993). "Algoritmos rápidos paralelos para dinámica molecular de corto alcance" . doi : 10.2172 / 10176421 . Cite journal requiere
|journal=
( ayuda ) - ^ Tranchida, Julien Guy; Wood, Mitchell; Moore, Stan Gerald (1 de septiembre de 2018). "Dinámica de espín magnético acoplado y dinámica molecular en un marco masivamente paralelo: Informe final de LDRD" . doi : 10.2172 / 1493836 . OSTI 1493836 . Cite journal requiere
|journal=
( ayuda ) - ^ Stukowski, Alexander (15 de diciembre de 2009). "Visualización y análisis de datos de simulación atomística con OVITO - la herramienta de visualización abierta". Modelado y Simulación en Ciencia e Ingeniería de Materiales . 18 (1): 015012. doi : 10.1088 / 0965-0393 / 18/1/015012 . ISSN 0965-0393 .
- ^ "dSEAMS: análisis de elucidación estructural diferida para simulaciones moleculares". doi : 10.1021 / acs.jcim.0c00031.s001 . Cite journal requiere
|journal=
( ayuda ) - ^ McGibbon, Robert T; Beauchamp, Kyle A; Schwantes, Christian R; Wang, Lee-Ping; Hernández, Carlos X; Harrigan, Matthew P; Lane, Thomas J; Swails, Jason M; Pande, Vijay S (9 de septiembre de 2014). "MDTraj: una biblioteca abierta y moderna para el análisis de trayectorias de dinámica molecular" . Revista biofísica . 109 (8): 1528–32. bioRxiv 10.1101 / 008896 . doi : 10.1016 / j.bpj.2015.08.015 . PMC 4623899 . PMID 26488642 .
enlaces externos
- Página web oficial