LIPID MAPS (Lipid Metabolites and Pathways Strategy) es un portal web diseñado para ser una puerta de entrada a los recursos de Lipidomics . El recurso ha encabezado una clasificación de lípidos biológicos , dividiéndolos en ocho categorías generales. [1] LIPID MAPS proporciona metodologías estandarizadas para el análisis de espectrometría de masas de lípidos, por ejemplo, [2] [3] [4]
Contenido | |
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Descripción | Lipidómica |
Contacto | |
Cita primaria | PMID 17584797 |
Fecha de lanzamiento | 2003 |
Acceso | |
Sitio web | www.lipidmaps.org |
LIPID MAPS se ha citado como evidencia de una creciente apreciación del estudio del metabolismo de los lípidos [5] y el rápido desarrollo y estandarización del campo de la lipidómica [6] [7].
Los recursos clave de LIPID MAPS incluyen:
- LIPID MAPS Structure Database (LMSD): una base de datos de estructuras y anotaciones de lípidos biológicamente relevantes, [8] que contiene más de 44000 lípidos diferentes. El artículo que describe este recurso, según PubMed , ha sido citado más de 200 veces.
- LIPID MAPS In-Silico Structure Database (LMISSD): una base de datos de lípidos pronosticados computacionalmente generados por la expansión de grupos de cabeza para clases de lípidos comunes.
- LIPID MAPS Base de datos de genes / proteomas (LMPD): una base de datos de genes y productos génicos que participan en el metabolismo de los lípidos [9]
Las herramientas disponibles de LIPID MAPS permiten a los científicos identificar posibles lípidos en sus muestras a partir de datos de espectrometría de masas , un método común para analizar lípidos en muestras biológicas. En particular, LipidFinder [10] permite el análisis de datos de EM. También se encuentran disponibles tutoriales y material educativo sobre lípidos en el sitio. [11]
En enero de 2020, LIPID MAPS se convirtió en un servicio ELIXIR . [12]
Historia
LIPID MAPS se fundó en 2003 con financiación de los NIH . Desde 2016, ha sido un proyecto conjunto entre la Universidad de Cardiff dirigido por la profesora Valerie O'Donnell, el Instituto Babraham bajo la dirección de Michael Wakelam y los científicos de UCSD Shankar Subramaniam y Ed Dennis financiado por Wellcome Trust . El obituario de Wakelam describe LIPID MAPS como unificador del campo de la lipidómica. [13]
LIPID MAPS está patrocinado por Avanti Polar lipids y Cayman Chemicals
Referencias
- ^ Fahy E, Subramaniam S, Murphy RC, Nishijima M, Raetz CR, Shimizu T, Spener F, van Meer G, Wakelam MJ, Dennis EA (abril de 2009). "Actualización del sistema de clasificación integral LIPID MAPS de lípidos" . Revista de investigación de lípidos . 50 Suppl (S1): S9-14. doi : 10.1194 / jlr.R800095-JLR200 . PMC 2674711 . PMID 19098281 .
- ^ Valeria Pereira Serafim P, Figueiredo JR, de Adiel G, Vitor Felipe A, Guimaraes Lo Turco E, Silva, Manoukian Forones N. "ESTUDIO DE BIOMARCADORES LIPIDOS DE PACIENTES CON POLIPOS Y CÂNCER COLORECTAL" . Arquivos de Gastroenterologia . 56 : 399–404. doi : 10.1590 / S0004-2803.201900000-80 .
- ^ Zheng H, Yang R, Wang Z, Wang J, Zhang J, Sun H (2020). "Caracterización de triacilgliceroles estructurados farmacéuticamente por cromatografía líquida de alta resolución / espectrometría de masas de alta resolución en tándem y su aplicación a la inyección de emulsión de grasa estructurada" . Comunicaciones rápidas en espectrometría de masas . 34 . doi : 10.1002 / rcm.8557 .
- ^ Sasaki H, Blanco SH (2008). "Comportamiento de agregación de un lipopolisacárido ultrapuro que estimula los receptores TLR-4" . Revista biofísica . 95 : 986–993. doi : 10.1529 / biophysj.108.129197 . PMC 2440428 .
- ^ Muralikrishna Adibhatla R, Hatcher JF (2007). "Papel de los lípidos en enfermedades y lesiones cerebrales" . Lipidología futura . 2 : 403–422. doi : 10.2217 / 17460875.2.4.403 . PMC 2174836 .
- ^ "Phat on potencial, lipidomics está ganando peso" . Alerta Eureka . 10 de enero de 2019 . Consultado el 10 de junio de 2020 .
- ^ "Lipidomics - un nicho pero campo de rápido crecimiento" . Redes tecnológicas . 11 de septiembre de 2019 . Consultado el 10 de junio de 2020 .
- ^ Sud M, Fahy E, Cotter D y col. (Enero de 2007). "LMSD: base de datos de estructura LIPID MAPS" . Ácidos nucleicos Res . 35 : D527–32. doi : 10.1093 / nar / gkl838 . PMC 1669719 . PMID 17098933 .
- ^ Cotter D, Maer A, Guda C, Saunders B, Subramaniam S (enero de 2006). "LMPD: base de datos del proteoma LIPID MAPS" . Ácidos nucleicos Res . 34 : D507–10. doi : 10.1093 / nar / gkj122 . PMC 1347484 . PMID 16381922 .
- ^ Fahy E, Alvarez-Jarreta J, Brasher CJ, Nguyen A, Hawksworth JI, Rodrigues P, Meckelmann S, Allen SM, O'Donnell VB (2019). "LipidFinder en LIPID MAPS: filtrado de picos, búsqueda de MS y análisis estadístico para lipidomics" . Bioinformática . 35 : 685–687. doi : 10.1093 / bioinformatics / bty679 . PMC 6378932 . PMID 30101336 .
- ^ Sud M, Fahy E, Cotter D, Dennis EA, Subramaniam S (diciembre de 2011). "LIPID MAPS-Nature Lipidomics Gateway: un recurso en línea para estudiantes y educadores interesados en lípidos" . Revista de educación química . 89 : 291-292. doi : 10.1021 / ed200088u . PMC 3995124 . PMID 24764601 .
- ^ "Lista de servicios" . elixir-europe.org . Consultado el 10 de junio de 2020 .
- ^ Ferry, Georgina (24 de abril de 2020). "Obituario de Michael Wakelam" . The Guardian . Manchester . Consultado el 10 de junio de 2020 .