Luis de Aliaga Martínez nació en Mosqueruela en 1560, hijo de un noble que, sin embargo, regentaba un negocio de paños. Tras quedar huérfano, ingresó en el convento de los dominicos de Zaragoza en 1582. Fue invitado a enseñar teología en la Universidad de Zaragoza . Sin embargo, se mudó al monasterio de los dominicos en San Ildefonso en 1605.
En 1606, el padre Javierre, que había sido su prior en Zaragoza, lo convenció para que viniera a Madrid como su ayudante. El 6 de diciembre de 1608 fue nombrado confesor de Francisco Gómez de Sandoval, I duque de Lerma , favorito de Felipe III de España . Lerma pronto hizo nombrar a Aliaga confesor del rey (cargo que anteriormente había ocupado Diego Mardones, miembro de la Orden Franciscana , que se convirtió en obispo de Córdoba ). En este influyente cargo, Aliaga fue una de las principales voces que pedían la Expulsión de los moriscos en 1609. El rey le ofreció nombrarlo arzobispo de Toledo ., pero él se negó.
Aliaga aceptó la oferta del rey de nombrarlo archimandrita de Sicilia y miembro del Consejo de Estado español . Aunque estaba cerca de Lerma, en 1618 jugó un papel en la caída de Lerma. El nuevo favorito, Cristóbal de Sandoval, duque de Uceda , nombró a Aliaga Gran Inquisidor de España en 1619.
A la muerte de Felipe III en 1624, el nuevo rey Felipe IV de España destituyó a Aliaga y ordenó su exilio a Huete y más tarde a Aragón .