La dinámica molecular de las mezclas ( MDynaMix ) es un paquete de software informático para la dinámica molecular de propósito general para simular mezclas de moléculas, que interactúan mediante campos de fuerza similares a AMBER y CHARMM en condiciones de contorno periódicas . [2] [3] Se incluyen algoritmos para conjuntos NVE, NVT, NPT, NPT anisotrópicos y suma de Ewald para tratar interacciones electrostáticas. El código fue escrito en una combinación de Fortran 77 y 90 (con Message Passing Interface (MPI) para ejecución en paralelo). El paquete se ejecuta en Unix yEstaciones de trabajo tipo Unix ( Linux ), grupos de estaciones de trabajo y en Windows en modo secuencial.
Autor (es) original (es) | Aatto Laaksonen, Alexander Lyubartsev |
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Desarrollador (es) | Universidad de Estocolmo , Departamento de Química de Materiales y Ambiental, División de Química Física |
Versión inicial | 1993 |
Lanzamiento estable | 5.3.0 / 15 de enero de 2019 [1] |
Escrito en | Fortran 77-90 |
Sistema operativo | Unix , similar a Unix , Linux , Windows |
Plataforma | x86 , x86-64 , Cray |
Disponible en | inglés |
Tipo | Dinámica molecular |
Licencia | GPL |
Sitio web | www |
MDynaMix se desarrolla en la División de Química Física, Departamento de Química de Materiales y Ambiental, Universidad de Estocolmo , Suecia. Se publica como software de código abierto bajo una Licencia Pública General GNU (GPL).
Programas
- md es el bloque principal de MDynaMix
- makemol es una utilidad que ayuda a crear archivos que describen la estructura molecular y el campo de fuerza
- tranal es un conjunto de utilidades para analizar trayectorias
- mdee es una versión del programa que implementa el método de conjunto expandido para calcular la energía libre y el potencial químico (no está en paralelo)
- mge proporciona una interfaz gráfica de usuario para construir modelos moleculares y monitorear procesos dinámicos
Campo de aplicación
- Propiedades termodinámicas de los líquidos [4]
- Interacción ácido nucleico -iones [5]
- Modelado de bicapas lipídicas [6]
- Polielectrolitos [7]
- Líquidos iónicos [8] [9]
- Espectros de rayos X de agua líquida [10]
- Desarrollo del campo de fuerza [11] [12]
Ver también
- Abulón (mecánica molecular)
- ÁMBAR
- Diseñador Ascalaph
- BOSS (mecánica molecular)
- CHARMM
- GROMACS
- MacroModel
- Editor de moléculas
- Modelado molecular
- Software de diseño molecular
- NAMD
- Tinker (software)
- Comparación de software para modelado de mecánica molecular
Referencias
- ^ "Página de inicio de MDynaMix" . fos.su.se . Consultado el 15 de abril de 2021 .
- ^ APLyubartsev, A. Laaksonen (2000). "MDynaMix - Un paquete de simulación MD paralelo portátil escalable para mezclas moleculares arbitrarias". Comunicaciones de Física Informática . 128 (3): 565–589. Código Bibliográfico : 2000CoPhC.128..565L . doi : 10.1016 / S0010-4655 (99) 00529-9 .
- ^ APLyubartsev, A. Laaksonen (1998). "Simulaciones de dinámica molecular paralela de sistemas biomoleculares". Computación paralela aplicada Problemas científicos e industriales a gran escala . Apuntes de conferencias en informática. 1541 . Heidelberg: Springer Berlín. págs. 296-303. doi : 10.1007 / BFb0095310 . ISBN 978-3-540-65414-8. S2CID 26892490 .
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- ^ ES Böesa; E. Bernardia; H. Stassena; PFB Gonçalves (2008). "Solvatación de aniones monovalentes en formamida y metanol: parametrización del modelo IEF-PCM". Física química . 344 (1–2): 101–113. Código Bibliográfico : 2008CP .... 344..101B . doi : 10.1016 / j.chemphys.2007.12.006 .
enlaces externos
- Página web oficial
- Ascalaph, shell gráfico para MDynaMix (GNU GPL)