Identifiers.org es un proyecto que proporciona identificadores estables y perennes para los registros de datos utilizados en las ciencias biológicas. Los identificadores se proporcionan en forma de identificadores uniformes de recursos (URI). Identifiers.org también es un sistema de resolución, que se basa en colecciones listadas en el Registro MIRIAM para proporcionar acceso directo a diferentes instancias de los registros identificados.
URI de Identifiers.org y sistema de resolución
Los URI de Identifiers.org [1] [2] son identificadores perennes, que especifican a la vez la recopilación de datos, utilizando los espacios de nombres del Registro, y el identificador de registro dentro de la colección en forma de un URI único que se puede resolver . El sistema de resolución de Identifiers.org se basa en la información almacenada en el Registro MIRIAM , [3] que es una base de datos que almacena los espacios de nombres asignados a las colecciones de datos de uso común (bases de datos y ontologías ) para las Ciencias de la Vida. Transforma un URI de Identifiers.org en varias URL que conducen a las diversas instancias del registro identificado por el URI. Identifiers.org es parte de la plataforma de interoperabilidad ELIXIR .
Estructura del identificador
Un URI de Identifiers.org está formado por varias partes:
- Protocolo. Los URI de Identifiers.org son HTTP URI y comienzan con "http: /"
- Recopilación de datos. Estos son espacios de nombres enumerados en el Registro MIRIAM . Por ejemplo, "pubmed" para el recurso de publicación PubMed , "ec-code" para la nomenclatura enzimática y "go" para la ontología genética.
- Registro en la colección. Por ejemplo, "9606" es "3-fluorotolueno" en la colección PubChem, es "Homo sapiens" en la colección "taxonomía" y es una publicación de ciencias sociales en la colección "pubmed".
- Opcional: Los URI de Identifiers.org se pueden agregar como sufijos de parámetros, por ejemplo, imponer qué recurso usar para resolver, "perfiles" que controlan el comportamiento del resolutor, etc.
Uso
Los sistemas permiten una anotación consistente y uniforme de conjuntos de datos. Esto a su vez facilita la alineación e integración de datos. Los URI de Identifiers.org se utilizan para codificar los metadatos en los formatos estándar de la iniciativa COMBINE, [4] como SBML . En particular, las bases de datos como BioModels Database y Reactome exportan sus datos en SBML con referencias cruzadas codificadas mediante URI de Identifiers.org. Estos URI también se utilizan en varios proyectos de web semántica como Bio2RDF , Open PHACTS y la plataforma EBI RDF [5] Identifiers.org forma parte de la plataforma de interoperabilidad de la infraestructura europea de ciencias de la vida para la información biológica .
Comparación con otros sistemas URI
Las URI de Identifiers.org se han desarrollado desde 2011 como una versión resoluble de los identificadores MIRIAM , desarrollados desde 2005, que tenían una forma URN y no se podían resolver directamente. Los URI de Identifiers.org son similares a los PURL , aunque proporcionan resoluciones alternativas para colecciones con varias instancias. También son similares a los DOI , pero proporcionan nombres de colección legibles por humanos y reutilizan el identificador de registro asignado por el proveedor de datos.
Ver también
Referencias
- ^ Juty, N; Le Novère, N; Laibe, C (2012). "Identifiers.org y MIRIAM Registry: recursos comunitarios para proporcionar una identificación persistente" . Investigación de ácidos nucleicos . 40 (Problema de la base de datos): D580–6. doi : 10.1093 / nar / gkr1097 . PMC 3245029 . PMID 22140103 .
- ^ http://identifiers.org/ Sitio web de Identifiers.org
- ^ Laibe, C; Le Novère, N (2007). "Recursos MIRIAM: herramientas para generar y resolver referencias cruzadas robustas en Biología de Sistemas" . Biología de sistemas BMC . 1 : 58. doi : 10.1186 / 1752-0509-1-58 . PMC 2259379 . PMID 18078503 .
- ^ http://co.mbine.org/ Sitio web de la red de modelado global en biología
- ^ S Jupp, J Malone, J Bolleman, M Brandizi, M Davies, L García, A Gaulton, S Gehant, C Laibe, N Redaschi, SM Wimalaratne, M Martin, N Le Novère, H Parkinson, E Birney, AM Jenkinson ( 2014) La plataforma EBI RDF: datos abiertos enlazados para las ciencias biológicas. Bioinformática doi : 10.1093 / bioinformatics / btt765
enlaces externos
- sitio web identificadores.org
- estándares de la iniciativa COMBINE
- Open PHACTS , el espacio farmacológico abierto